Didelio druskos suvartojimo poveikis natūraliai laukinių pelių žarnyno ekosistemai

Abstraktus: Žinduolių holobiontas turi sudėtingą ir tarpusavyje susijusią abipusę žarnyno bakterijų bendruomenę. Žinoma, kad šio bakterijų konsorciumo sudėties pokyčiai yra pagrindinis šeimininko sveikatos, imuniteto ir ligų elementas. Be daugelio kitų, mitybos įpročiai turi įtakos galimiems bakterijų ir šeimininkų tarpusavio sąveikos sutrikimams. Šiame kontekste anksčiau įrodėme, kad daug druskos turinti dieta (HSD) sukelia pelių žarnyno mikrobiotos disbiotinę būklę, kuriai būdingas gerai žinomų sveikatą stiprinančių žarnyno bakterijų sumažėjimas arba išeikvojimas. Tačiau dėl kontroliuojamos ir dezinfekuotos aplinkos įprastos laboratorinės pelės (CLM) turi mažiau skirtingą žarnyno mikrobiotą, palyginti su laukinėmis pelėmis, todėl žarnyno mikrobiomų tyrimų rezultatai yra prasti, nes sumažėjusi žarnyno mikrobiotos įvairovė gali neatvaizduoti sudėtingos tarpusavyje susijusios priklausomybės. mikrobiomų tinklai. Čia įvertinome HSD poveikį žarnyno mikrobiotai CLM, palyginti su laukinėmis pelėmis, kurios turi natūralią žarnyno ekosistemą, labiau imituojančią žmonių situaciją. Pelės buvo gydomos kontroliniu maistu arba HSD, o žarnyno mikrobiota buvo profiliuojama naudojant amplikonų metodus, nukreiptus į 16S ribosomų geną. Remiantis ankstesniais rezultatais, mūsų rezultatai atskleidė, kad HSD sukėlė reikšmingą alfa įvairovės praradimą ir platų žarnyno mikrobiotos sudėties moduliavimą CLM, kuriam būdingas potencialiai naudingų bakterijų iš Firmicutes prieglobsčio, tokių kaip Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Anaerovorax ir gentys, sumažėjimas. Akkermansia ir Parasutterella padidėjimas. Tačiau HSD gydytų laukinių pelių alfa įvairovė ir Firmicutes bakterijų praradimas neparodė tų pačių pokyčių, kaip ir CLM, o apskritai laukinių gyvūnų žarnyno mikrobiotos sudėtis HSD atžvilgiu pasikeitė tik nežymiai. Atsižvelgiant į tai, 16S pagrįsta funkcinė analizė parodė tik didelius žarnyno mikrobiotos ekologinių funkcijų pokyčius CLM, palyginti su laukinėmis pelėmis, sergančiomis HSD. Mūsų išvados rodo, kad turtingesnė ir laukinės kilmės žarnyno mikrobiota yra atsparesnė dietinėms intervencijoms, tokioms kaip HSD, palyginti su CLM žarnyno mikrobiota, kuri gali turėti svarbių pasekmių būsimiems transliacijos mikrobiomo tyrimams.

cistanche tubulosa - stiprina imuninę sistemą

Raktažodžiai: mikrobiomas; daug druskos turinti dieta; imunitetas; laukinis

1. Įvadas

Žinduolių žarnyną kolonizuoja sudėtinga ir įvairi bakterijų bendruomenė, kuri kartu su šeimininku sukuria subtilų simbiotinį ryšį [1,2]. Ši bakterijų bendruomenė atlieka daugybę šeimininkui naudingų funkcijų, įskaitant metabolines, imunomoduliuojančias ir trofines funkcijas [3–7], o žarnyno mikrobiotos sudėtis gali keistis per gyvenimą, atsižvelgiant į specifinius šeimininko poreikius ir fiziologiją [1,8, 9]. Daugelį naudingų žarnyno sveikatą stiprinančių bakterijų funkcijų tarpininkauja anaerobinės fermentacijos būdu gauti metabolitai [10–13], o disbiotinės sąlygos gali reikšmingai paveikti šeimininko sveikatą [2,11,14,15]. Didėjantis susirūpinimas dėl gyvenimo būdo poveikio sveikatai padidino mokslinį susidomėjimą žarnyno mikrobiotos dalyvavimu ir jo transliaciniais padariniais [16, 17]. Iš tiesų, žarnyno mikrobiotą formuoja ir išoriniai (pvz., gyvenimo būdas, dieta ir medicininis gydymas), ir vidiniai (pvz., šeimininko genetika, imuninės ir medžiagų apykaitos reguliavimas) veiksniai [8, 18–20]. Visuotinai pripažįstama, kad išoriniai elementai gali turėti įtakos, o dieta yra vienas iš pagrindinių veiksnių, turinčių įtakos žarnyno mikrobiotos sudėčiai ir funkcijai [1, 2, 21]. Yra žinoma, kad vakarietiški mitybos komponentai, tokie kaip didelis druskos suvartojimas, kenkia šeimininko homeostazei, paveikdami imuninę sistemą ir keisdami žarnyno mikrobiotą bei ligas [18, 22–37]. Pelių žarnyno mikrobiotoje daug druskos turinti dieta (HSD) yra susijusi su sveikatą stiprinančių bakterijų, žinomų kaip trumpos grandinės riebalų rūgščių (SCFA) gamintojos, tokių kaip Lactobacillus spp., Bifidobacterium, Blautia ir Faecalibaculum, skaičiaus mažėjimu [28, 29, 38–41], kartu su Akkermansia, kito oportunistinio SCFA gamintojo, kuris, kaip įrodyta, turi įtakos šeimininko imunitetui ir ligoms skirtingose ​​modelių sistemose, gausa [42, 43]. Pelių gyvūnų modeliai dažnai naudojami tiriant, kaip mitybos veiksniai gali formuoti žarnyno mikrobiotą, imuninę sistemą ir ligas [29,44–46]. Nors įprastų laboratorinių pelių (CLM) naudojimas vis dar yra tinkamas pasirinkimas daugeliui tyrimų, kartais nepavyksta tinkamai išversti į žarnyno mikrobiotą orientuotų programų [47–49]. Pavyzdžiui, buvo įrodyta, kad imunologiniai ir metabolominiai pelių uždegiminės žarnų ligos (IBD) ir nutukimo modelių tyrimai blogai prognozuoja žarnyno mikrobiotos tyrimų transliacinius rezultatus [50]. Tai gali būti dėl daugelio būdingų šių modelių sistemų skirtumų, tokių kaip skirtinga žarnyno anatomija, genetika ir fiziologija [16,50]. Tačiau kita CLM naudojimo problema tiriant mikrobiotos ir imuninės sąveikos sąveiką yra žarnyno bakterijų sudėties prijaukinimas CLM, o tai atspindi CLM žarnyno mikrobiotos sudėtingumo ir atsparumo sumažėjimą, palyginti su laukinėmis pelėmis [51]. Dezinfekuotos ir kontroliuojamos aplinkos poreikis susiduria su mažesniu galimų patogenų ir parazitų buvimu, todėl manoma, kad dėl to CLM imuninė sistema yra mažiau „išsilavinta“, palyginti su laukinėmis pelėmis [51–53]. Siekiant išspręsti šią problemą, laukinių pelių modelis buvo sukurtas iš pelių C57BL/6 gautus embrionus perkeliant į laukines peles, siekiant gauti laukinės kilmės žarnyno mikrobiotą ir įveikti imunologinių žarnyno mikrobiotos tyrimų transliacinę problemą [54]. Naujausi tyrimai, kuriuose dalyvavo šis pelės modelis, parodė geresnius rezultatus numatant eksperimentinės imunoterapijos transliacinę vertę, palyginti su CLM [54,55]. Be to, laukinių žarnyno mikrobiota buvo atsparesnė ir atsparesnė gydymui antibiotikais ir riebiai dietai, palyginti su CLM, palyginti su sudėtingesne žmonių situacija [54, 55]. Tačiau, nepaisant nustatyto HSD poveikio žarnyno mikrobiotai, imuninei sistemai ir įvairiems ligų modeliams CLM, didelio druskos vartojimo poveikis natūraliai, laukinės kilmės žarnyno mikrobiotai nėra žinomas. Šiame tyrime įvertinome HSD poveikį skirtingoms žarnyno bakterijų ekosistemų kompozicijoms ir nuspėjamoms CLM funkcijoms, palyginti su laukinėmis pelėmis.

2. Medžiagos ir metodai

2.1. Gyvūnai ir dieta

Laukinio tipo C57BL/6 pelės (7–8 savaičių amžiaus patelės, n=20) buvo įsigytos iš Charles River ir standartizuotomis sąlygomis laikomos Haselto universiteto gyvūnų patalpoje. Laukinės pelės (C57BL/6 genetinis fonas, patinai n=12 ir patelės n=11) [54] buvo laikomos UHasselt gyvūnų patalpoje standartizuotomis sąlygomis. Tyrimus su gyvūnais patvirtino Haselto universiteto Eksperimentų su gyvūnais etikos komitetas (ECAE) (ID201618A4V1, ID202235). Pelės buvo laikomos (4 pelės narve) kontroliuojamoje patalpoje (21–23 ◦C) su 12:12 h šviesos / tamsos šviesos ciklu. Iš Ssniff (Soest, Vokietija) buvo nupirktos šios išgrynintos dietos: 0,5 % NaCl/kontrolinė dieta (E15430-04) ir 4 % NaCl/HSD (E15431-34). HSD atveju gyvūnai buvo šeriami 1 % NaCl geriamajame vandenyje, be E15431-34, kaip aprašyta [28]. CLM pelės buvo vienodai paskirstytos tarp kontrolinės grupės (n=10) ir HSD (n=10). Laukinių pelių patinai ir patelės taip pat buvo vienodai pasiskirstę kontrolinėse ir HSD mitybos grupėse (6 patinai – kontroliniai, 6 patinai – HSD, 5 patelės – kontroliniai ir 6 patelės – HSD).

cistanche augalą stiprinanti imuninė sistema

2.2. DNR ekstrahavimas

Mikrobų DNR ekstrahavimas buvo atliktas, kaip aprašyta [28], naudojant modifikuotą QIAmp Fast DNA Stool Mini Kit (Qiagen, Hilden, Vokietija) protokolą. Trumpai tariant, išmatų granulės buvo pridėtos į 2- ml Eppendorf, kuriame yra 0,5 mm stiklo rutuliukų ir 1,5 ml lizės buferio (ASL) (Qiagen, Hilden, Vokietija). Mechaniniam granulių homogenizavimui buvo naudojamas granulių plakimas. Visiškas ekstrahavimas buvo atliktas pagal gamintojo protokolą su nedideliais pakeitimais (proteinazės K inkubacijos laikas pailgintas iki 2 valandų 70 ◦C temperatūroje). DNR koncentracijos buvo įvertintos naudojant NanoDrop ND-1000 spektrofotometrą (NanoDrop Technologies, Wilmington, DE, JAV) ir laikomos –20 ◦C temperatūroje prieš 16S rRNR geno amplifikaciją.

2.3. 16S rRNR genų amplifikacija ir sekos nustatymas

16S rRNR geno seka buvo amplifikuota naudojant pradmenį, būdingą V4 sričiai (F515/R806), kaip aprašyta anksčiau [56]. Trumpai tariant, 25 ng DNR buvo panaudota vienai PGR reakcijai (30 µL) (KAPA HiFi HotStart ReadyMix, Roche, Bazelis, CH, JAV) pradiniam denatūravimui 30 s 98 ◦ C temperatūroje, po to 25 ciklai (10 s 98 ◦ temperatūroje). C, 20 s esant 55 ◦C ir 20 s prie 72 ◦C). Reakcijos buvo atliktos trimis egzemplioriais, sujungtos kiekvienam mėginiui ir išgrynintos magnetinio rutuliuko valymo sistema (Agencourt AMPure XP, Beckman Coulter, Brea, CA, JAV). Bibliotekos paruošimas buvo atliktas riboto ciklo PGR, kad būtų gauta indeksuota biblioteka naudojant Nextera technologiją (Nextera XT Index Kit, Illumina, San Diego, CA, JAV), o po to buvo atliktas antrasis AMPure XP magnetinių karoliukų valymo etapas. Tada indeksuoti mėginiai buvo normalizuoti iki tos pačios 4 nM koncentracijos, sujungti ir sekvenuoti Illumina MiSeq platformoje PE300 su 2 × 300 bp suporuoto galo protokolu pagal įmonės protokolą (Illumina, Inc., San Diegas, CA, JAV).

cistanche tubulosa - stiprina imuninę sistemą

Spustelėkite čia norėdami pamatyti Cistanche Enhance Immunity produktus

【Klauskite daugiau】 El. paštas:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

2.4. 16S rRNR genų sekos duomenų apdorojimas ir statistinė analizė

Neapdorotos sekos buvo apdorotos naudojant QIIME 2 [57] konvejerį. Po ilgio ir kokybės filtravimo (numatytieji parametrai), skaitymai buvo filtruojami ir priskirti operaciniams taksonominiams vienetams (OTU), naudojant DADA2 [58]. Taksonominį priskyrimą atliko VSEARCH algoritmas (https://github.com/torognes/vsearch; pasiektas lapkričio 9 d. 2022) ir Silva duomenų bazė v128 (https://www.arb-silva.de /; žiūrėta lapkričio 9 d. 2{{40}}22). Tada ASV lentelė buvo normalizuota retinimo būdu 6,147 gylyje, kad kiekvienas mėginys pasiektų plato retėjimo kreivės pabaigoje. Alfa įvairovė buvo įvertinta naudojant dvi skirtingas metrikas: OTU turtingumo (stebimas), Chao1, Shannon, Simpson, Inverse Simpson (InvSimpson) ekologinius indeksus. Beta įvairovei, Bray-Curtis skirtumams, Jaccard panašumui ir svertinei bei nesvertinei UniFrac metrikai [59] buvo apskaičiuotos ir nubraižytos principų koordinačių analizė (PCoA), kad būtų galima vizualizuoti tikrąjį atstumą tarp mėginių. Norint normalizuoti OTU skaičiaus lentelę, retinimas buvo atliktas 6305 sekų gylyje kiekvienam mėginiui 100 kartą. Išvestis, gauta iš OTU taksonomijos priskyrimo, kaip taksonomijos lentelė, buvo panaudota normalizuotai OTU lentelei sutraukti į taksonomijos lygių L2 (Phylum), L5 (šeima) ir L6 (genus) lenteles. Statistinė analizė buvo atlikta naudojant R (https://www.R-project.org/; žiūrėta lapkričio 25 d. 022; 4.2.0 versija). R paketas „vegan“ (2 versija.{28}}) [60] buvo naudojamas beta įvairovės metrikai generuoti, kad būtų galima palyginti grupių sudėties skirtumus pagal PCoA arba pagrindinių komponentų analizę (PCA). Paketai ir duomenų atskyrimas buvo išbandyti permutacijos testu su pseudo-F santykiais (funkcija "Adonis" "vegan"). Atskyrimas pagal beta įvairovę tarp grupių buvo patikrintas naudojant permutacinę daugiamatę dispersijos analizę, naudojant atstumo matricas (PERMANOVA, funkcija "Adonis" "vegan"), o skirtumai tarp grupių dispersijos buvo tikrinami daugiamačių grupių homogeniškumo testu (PERMDISP). , funkcija „betadisper“ kalba „vegan“). Taksai, kurių nebuvo bent 4 mėginiuose, buvo neįtraukti į analizę. Taksonų santykinio gausumo skirtumai pirmiausia buvo įvertinti naudojant preliminarų Kruskal-Wallis testą tarp 4 grupių, o po to toliau vertinant Wilcoxon testą tarp šių palyginimo porų: CLM Control vs. CLM HSD, laukinių gyvūnų kontrolė prieš laukinių gyvūnų HSD, CLM Control. prieš laukinį valdymą, CLM HSD ir laukinį HSD. Laukinių gyvūnų ir CLM taksonominiams skirtumams įvertinti buvo naudojamas linijinės diskriminacinės analizės efekto dydis (LEfSe: https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/; gauta 2022 m. lapkričio 25 d.), siekiant atskirti pagrindinius požymius genties lygiu [ 61]. Tada LEfSe rezultatai buvo parodyti kaip juostinė diagrama, o tiesinės diskriminacinės analizės (LDA) balo riba buvo didesnė nei 1,0. Kai reikia, kelių palyginimų p vertės buvo koreguojamos Benjamini – Hochberg metodu. Klaidingų atradimų dažnis (FDR), mažesnis arba lygus 0,05, buvo laikomas statistiškai reikšmingu: * p Mažesnis arba lygus 0,05; ** p Mažesnis arba lygus 0,01; *** p Mažesnis arba lygus 0,001. Funkciniai skirtumai tarp skirtingo NaCl kiekio maiste mikrobiomų (0,5% ir 4% NaCl maisto kiekis) buvo analizuojami naudojant PICRUSt2, bioinformatikos programinės įrangos paketą, skirtą numatyti metagenomo funkcinį turinį iš 16s rDNR genų sekos duomenų (//huttenhower.sph. harvard.edu/picrust/; pasiekta 2022 m. lapkričio 29 d.; PICRUSt2 2.4.1) [62]. PICRUSt2 dujotiekis buvo pritaikytas tipinėms sekoms ir jų gausos lentelei iš DADA2 naudojant standartinius parametrus (https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Full-pipeline-script; pasiekta 2022 m. lapkričio 29 d.). Iš viso dujotiekio išvesties KEGG Orthology ir MetaCyc takų metagenominės prognozės buvo sukurtos kaip lentelės, su nuspėjamosiomis funkcijomis kaip eilutėmis ir pavyzdžiai kaip stulpeliai, ir naudojami žarnyno mikrobiotos funkcijoms palyginti laukinėje gamtoje ir CLM HSD režimu. Mikrobų bendruomenės nuspėjamosios funkcijos, kurios labiausiai prisidėjo prie skirtumo tarp laukinių gyvūnų ir CLM pagal pirmąjį (PC1), antrąjį (PC2) ir trečiąjį pagrindinį komponentą (PC3), buvo pasirinktos tolesnei HSD vartojimo analizei dviejuose modeliuose. Tada matrica su nuspėjamųjų funkcijų gausa buvo normalizuota, transformuota į centrinio žurnalo santykio (CLR) reikšmes ir apskaičiuotas log2 vidutinis santykis (HSD/Control) tiek laukiniams gyvūnams, tiek CLM. Galiausiai, log2 vidutiniai santykiai buvo palyginti tarp grupių Wilcoxon testu ir nubraižyti kaip dantiraštis. Skirtumai tarp grupių statistiškai palyginti R programinėje įrangoje, naudojant Wilcoxon test ir Kruskal-Wallis testo funkcijas ir p reikšmes pakoreguotos Holmo arba Benjamini-Hochberg metodu.

3. Rezultatai

3.1. HSD veikia CLM ir laukinių žarnyno mikrobiotų įvairovę ir sudėtį

Norėdami ištirti HSD poveikį laukinių pelių žarnyno mikrobų ekosistemai, laukines peles ir CLM šėrėme HSD arba kontroliniu maistu. Pelės buvo laikomos dietos režimu dvi savaites, o išmatų žarnyno mikrobiotos sudėtis vėliau buvo tiriama 16S RNR geno seka iš išmatų granulių, surinktų 14 dieną (1A pav.). Remiantis ankstesne ataskaita, nebuvo aptikta didelių skirtumų pagal kūno svorį tarp kontrolinių ir HSD grupių CLM ir laukinių pelių [29]. Norėdami įvertinti skirtingą žarnyno mikrobiotą tarp dviejų modelių CLM ir laukinių pelių pradžioje, įvertinome alfa įvairovę (stebėtojo arba turtingumo, Chao1, Shannon, Simpson ir Inverse Simpson indeksus), beta įvairovę (Bray-Curtis skirtumai) ir pagrindinį. taksonominiai skirtumai. Remiantis ankstesniais tyrimais [54], laukinių žarnyno mikrobiotai buvo būdingas didesnis mikrobų gausumas (1B pav., visi alfa įvairovės indeksai), taip pat skirtinga ir heterogeniškesnė mikrobų sudėtis nei CLM (1C pav., PERMANOVA p {{9} }.001 & PERMDISP p=0.0009, wildling vs. CLM; ir S1 pav.). Kalbant apie mikrobų parašus, CLM ir laukinių pelių žarnyno mikrobiota pasižymėjo skirtingais bakterijų taksonais (S1 pav.). Remiantis Rosshart ir kt. [54], laukinių pelių bakterijų taksonai priklauso Intestinomonas, Desulfovibrio, Tuzzerella, Oscillobacter, Orodibacter ir patogeninei Helicobacter genčiai, kuri apibūdino laukinės kilmės neprijaukintą šio modelio profilį (S1 pav.).

1 pav. HSD poveikis CLM (n=10/grupė) ir laukinių pelių (n=11 laukinių Ctrl ir n=12 laukinių HSD) bakterinei sudėčiai. (A) Eksperimentinis dizainas. C57BL/6 CLM arba laukinės pelės buvo šeriamos 0,5 % NaCl (kontrolė, Ctrl) arba daug druskos 4 % NaCl (HSD) ir žarnyno bakterijų bendruomenės žarnynas, kuriam būdinga 16S rRNR geno amplikono seka. (B) CLM ir laukinių gyvūnų išmatų žarnyno mikrobiotos alfa įvairovės indeksai; iš kairės į dešinę rodomi šie indeksai: Stebėtas (OUT richness), Chao1, Shannon, Simpson, Simpson (Inverse Simpson). Skirtumai tarp grupių statistiškai įvertinami Wilcoxon testu. (C) Pagrindinis koordinačių analizės sklypas beta įvairovės ordinacijos iš Bray-Curtis skirtumų metrikos tarp CLM vs Wildling (viršuje), CLM kontrolės vs CLM HSD (apačioje kairėje) ir Wildling kontrolės vs Wildling HSD (apačioje dešinėje); Atskyrimas ir homogeniškumas tarp grupių buvo apskaičiuoti atitinkamai PERMANOVA ir PERMDISP testais. * p Mažesnis arba lygus 0.05; ** p Mažesnis arba lygus 0.01; **** p Mažiau arba lygu 0.0001. 1 pav. HSD poveikis CLM (n=10/grupė) ir laukinių pelių (n=11 laukinių Ctrl ir n=12 laukinių HSD) bakterinei sudėčiai. (A) Eksperimentinis dizainas. C57BL/6 CLM arba laukinės pelės buvo šeriamos 0,5 % NaCl (kontrolė, Ctrl) arba daug druskos turinčiu 4 % NaCl (HSD) ir žarnyno bakterijų bendruomenės žarnynas, kuriam būdingas 16S rRNR geno amplikono seka. (B) CLM ir laukinių gyvūnų išmatų žarnyno mikrobiotos alfa įvairovės indeksai; iš kairės į dešinę rodomi šie indeksai: Stebėtas (OUT richness), Chao1, Shannon, Simpson, Simpson (Inverse Simpson). Skirtumai tarp grupių statistiškai įvertinami Wilcoxon testu. (C) Pagrindinis koordinačių analizės sklypas beta įvairovės ordinacijos iš Bray-Curtis skirtumų metrikos tarp CLM vs Wildling (viršuje), CLM kontrolės vs CLM HSD (apačioje kairėje) ir Wildling kontrolės vs Wildling HSD (apačioje dešinėje); Atskyrimas ir homogeniškumas tarp grupių buvo apskaičiuoti atitinkamai PERMANOVA ir PERMDISP testais. * p Mažesnis arba lygus 0,05; ** p Mažesnis arba lygus 0,01; **** p Mažesnis arba lygus 0,0001.

HSD sukėlė reikšmingą bakterijų įvairovės sumažėjimą (1B pav., visi alfa įvairovės indeksai), taip pat reikšmingą mikrobų pokytį CLM sudėtyje (1C pav., PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0 .1, CLM Ctrl prieš CLM HSD). Priešingai, laukinių pelių žarnyno mikrobiota pasižymėjo didesne įvairove HSD (1B pav., Stebėti ir Chao1 indeksai), skirtingai nuo CLM, ir joms taip pat buvo būdingas ne toks ryškus mikrobų sudėties pokytis sergant HSD, palyginti su CLM (1C pav., PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0.5, laukinis Ctrl prieš laukinį HSD).

3.2. Laukinių pelių žarnyno mikrobų sudėtis yra atsparesnė HSD nei CLM

Bakterijų sudėties skirtumai tarp laukinių gyvūnų ir CLM buvo toliau taksonomiškai apibūdinti. Prieglaudos lygmeniu, pagal santykinį gausumą, gausiausios genties rūšys buvo: Firmicutes (CLM: 52 ± 12%, laukiniai: 32 ± 34%), Bacteroidota (CLM: 24 ± 23%, laukiniai: 57 ± 19%), Actinobacteriota (CLM: 1{{10}} ± 7%, laukiniai: 0,7 ± 1,3%) ir Verrucomicrobiota (CLM: 24 ± 23%, laukiniai: 0% / neaptikta) (2 pav.). Žarnyno mikrobų profilis parodė dar skirtingą visų laukinių pelių ir CLM išmatų mėginiuose aptiktų filų gausumą (2 pav.). Visų pirma, pagrindinės mikrobiotos phyla Firmicutes, Bacteroidota ir Verrucomicrobiota labai skyrėsi tarp dviejų modelių (2 pav.). Konkrečiau, šeimos lygmeniu, daugumos bakterijų, kurios anksčiau buvo nurodytos kaip jautrios HSD [28], įskaitant Lactobacillaceae, Clostridiaceae, Peptostreptococcaceae ir Akkermansiaceae, indėlis į laukinių gyvūnų ir CLM žarnyno mikrobiotą buvo skirtingas (3 pav.). Atsižvelgiant į tai, panašios tendencijos buvo patvirtintos genties lygiu tarp laukinių gyvūnų ir CLM mėginių pagrindinių pirmiau minėtų šeimų narių; Tarp jų reprezentatyviausi buvo Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Faecalibaculum ir Akkermansia (S1 ir 4 paveikslai). Norėdami toliau apibūdinti HSD poveikį CLM ir laukinių žarnyno mikrobiotų kompozicijoms, mes taip pat išanalizavome mitybos režimo poveikį įvairiais klasifikacijos lygiais. Prieglobsčio lygmeniu HSD apdorotai CLM žarnyno mikrobiotai buvo būdingas reikšmingas Firmicutes išeikvojimas ir Verrucomicrobiota praturtėjimas (2 pav.), tačiau laukinių gyvūnų mėginiuose HSD nepaveikė nė vienos iš pagrindinių filų (2 pav.). Šeimos lygiu CLM žarnyno mikrobiotai buvo būdingas reikšmingas pieno rūgštį gaminančių bakterijų, tokių kaip Lactobacillaceae, taip pat SCFA gamintojų, tokių kaip Peptostreptococcaceae ir Clostridiaceae, išeikvojimas (3 pav.). Be to, HSD maitinamoje CLM stebėjome Akkermansiaceae, Sutterellaceae, Defluvitaleaceae ir Eggerthellaceae augimą (3 pav.). Priešingai, HSD paveikė skirtingas laukinių žarnyno mikrobiotos bakterijų šeimas, tarp jų dvi labai gausias Muribaculaceae ir Prevotellaceae, kurių abiejų padidėjo HSD (3 pav.). Bakterijų moduliavimas, labiausiai prisidėjęs prie HSD poveikio CLM, apėmė Akkermansia, Parasutterella ir Enterorhabdus genčių padidėjimą, taip pat Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, (Eubacterium) oksidoreducens grupės, Muribaculum ir Anaerovorax skaičiaus sumažėjimą (4 pav.). Išskyrus Roseburia, nė viena iš pirmiau minėtų genčių nebuvo paveikta HSD laukinėje žarnyno mikrobiotoje, o Anaerovorax gentis parodė priešingą tendenciją nei CLM (4 pav.).

2 pav. HSD poveikis bakterijų filai iš CLM žarnyno mikrobiotos (n=10/grupė) ir laukinių pelių (n=11 laukiniams Ctrl ir n=12 laukiniams HSD). Bendra sudėtis, atsižvelgiant į santykinį filų gausumą, rodoma kiekvieno individo stulpelyje (viršuje) ir stulpelių diagrama (apačioje); statistiniai palyginimai tarp grupių atlikti Wilcoxon testu. * p Mažesnis arba lygus 0.05; ** p Mažiau arba lygu {{10}}.01; *** p Mažesnis arba lygus 0,001; **** p Mažesnis arba lygus 0,0001.

3 pav. Daug druskos turinčio maisto vartojimo poveikis CLM bakterijų šeimoms (n=10/grupei) ir laukinėms pelėms (n=11 laukiniams Ctrl ir n=12 laukiniams HSD). Bendra sudėtis šeimos lygmeniu yra pavaizduota stulpelių diagrama kiekvienam asmeniui (viršuje) ir dėžutės diagrama konkrečioms šeimoms (apačioje); statistiniai palyginimai tarp grupių atlikti Wilcoxon testu. * p Mažesnis arba lygus 0.05; ** p Mažiau arba lygu {{10}}.01; *** p Mažesnis arba lygus 0,001; **** p Mažesnis arba lygus 0,0001.

4 pav. Bakterijų genčių pokyčiai CLM (n=10/grupė) ir laukinių pelių (n=11 laukiniams Ctrl ir n=12 laukiniams HSD). Bendras santykinis gausos indėlis genties lygmeniu pavaizduotas kaip apskritimo juostos diagrama kiekvienam individui (viršuje) ir langelio diagrama konkrečioms gentims (apačioje); statistiniai palyginimai tarp grupių atlikti Wilcoxon testu. * p Mažesnis arba lygus 0.05; ** p Mažesnis arba lygus 0.01; *** p Mažesnis arba lygus 0,001; **** p Mažesnis arba lygus 0,0001.

3.3. HSD veikia nuspėjamas mikrobų funkcijas CLM, bet ne laukinėse pelėse

PICRUSt 2 išvestis neaptiko jokio reikšmingo skirtumo tarp laukinių HSD ir negydytų laukinių pelių mikrobų bendruomenės funkcijų tiek KEGG Orthology, tiek MetaCyc kelio anotacijose, išskyrus vienintelę HSD sukeltą padidėjusią recG geno funkciją nuo ATP priklausomai helikazei. KEGG ortologija (5A pav.). HSD poveikiui CLM buvo būdingas reikšmingas KEGG ortologijos nuspėjimo funkcijų sumažėjimas, įskaitant geną spp (sacharozės -6-fosfatazę) ir pfkA (fosfofruktokinazę 1), kurie abu dalyvauja krakmolo ir sacharozės metabolizme, kuris yra suderinamas. su ankstesniais radiniais [28] (5A pav.). Be to, HSD maitinamo CLM žarnyno mikrobiotai buvo būdingos sumažėjusios nuspėjamosios genų, dalyvaujančių membranos transporte (feoB geležies transportavimui, AB 2P AB 2 permeazės baltymas, AB 2A AB 2 ATP surišantis baltymas), glutamino biosintezė (glnA) , LacI šeimos transkripcijos reguliatorius (lacI, galR) ir transketolazė (tktA, tktB) (5A pav.). Kalbant apie MetaCyc kelius, HSD žymiai praturtino CLM žarnyno mikrobiotą nuspėjamomis funkcijomis, susijusiomis su nitratų mažinimu (denitrifikacijos kelias), galaktozės skilimu (D-galaktarato skilimas, superinis D-gliukarato ir D-galaktarato skilimo kelias), fenil-propanoato skaidymu, riebalų skilimu. rūgšties gelbėjimas, sukcinato skaidymas į butano rūgštį ir aminorūgščių skaidymas (aromatinio amino skaidymas, L-leucino skaidymas) (5B pav.). Be to, remiantis ankstesniais atradimais [28], HSD žarnyno mikrobiota CLM prarado aminorūgščių biosintezės (super kelias L-alanino biosintezės, L-lizino biosintezės), mišrios rūgštinės fermentacijos nuspėjamąsias funkcijas ir prarandamas papildomas naujas parašas, pvz., N- acetilgliukozamino/N-acetilmanozamino/N-acetilneuramino skaidymas ir dezoksiribonukleozidų skilimas (pirimidino ir purino skaidymas, inozino-5 fosfato biosintezė III) (5B pav.).

5 pav. Tęsinys.

5 pav. HSD poveikis žarnyno nuspėjamoms metagenominėms funkcijoms CLM (n=10/grupei) ir laukinių gyvūnų (n=11 laukiniam Ctrl ir n=12 laukiniam HSD) žarnyno mikrobiotai. PICRUSt2 išvestis nubraižyta kaip KEGG ortologijos anotacijos (A) ir MetaCyc takų (B) dantraštis, išreikštas kaip log2 vidutinis nuspėjamųjų funkcijų skaičiaus santykis tarp HSD ir Ctrl pavyzdžių. Visi statistiniai palyginimai tarp Ctrl ir HSD grupių buvo atlikti Wilcoxon testu.

4. Diskusija

Yra žinoma, kad sudėtinga ir įvairi laukinių gyvūnų žarnyno mikrobiota yra atsparesnė tam tikriems ligų modeliams [51] ir mitybos režimams, pavyzdžiui, vartojant daug riebalų [54, 55]. Tačiau jokiame ankstesniame tyrime nebuvo įvertintas didelio natrio suvartojimo poveikis pelių laukinės kilmės žarnyno mikrobiotai. Čia pirmą kartą ištyrėme, kaip HSD veikia laukinę žarnyno mikrobiotą, palyginti su CLM. Įdomu tai, kad mūsų rezultatai parodė, kad, palyginti su CLM, laukinis mikrobiomas yra atsparesnis HSD sutrikimams tiek kompoziciniu, tiek nuspėjamu funkciniu lygiu. Nustatyta, kad didelis druskos suvartojimas gali padidinti įvairių ligų, tokių kaip širdies ir kraujagyslių ar autoimuninės ligos, riziką, pakeisdamas žarnyno mikrobiomų sudėtį ir imuninę homeostazę [25, 29, 31, 34, 63–65]. Kaip ir ankstesnėse ataskaitose, HSD sukeltiems žarnyno mikrobiotos pokyčiams CLM buvo būdingi reikšmingi mikrobų įvairovės, sudėties ir nuspėjamųjų funkcijų pokyčiai [28]. Sveikatos bakterijų, tokių kaip Peptostreptococcaceae šeima ir Lactobacillus, Roseburia ir Tuzzerella gentys, santykinis gausumas sumažėjo CLM, o Akkermansia žymiai padidėjo HSDfed grupėse. Mes taip pat nustatėme didesnį santykinį HSD gausumą Defluvitaleaceae, Enterorhabdus ir Parasutterella. Įdomu tai, kad Parasutterella gentis yra pagrindinė CLM ir žmonių žarnyno mikrobiotos sudedamoji dalis, kur ji elgiasi kaip asacharolitikas ir sukcinato gamintoja [66]. Yra žinoma, kad tiek Enterorhabdus iš Eggerthellaceae šeimos, tiek Parasutterella iš Sutterellaceae šeimos yra praturtinti pacientams, sergantiems IBD [67,68], o tai dar labiau rodo, kaip HSD gali paveikti ligos vystymąsi. Tačiau įdomu tai, kad laukinės pelės neparodė panašaus HSD sukeltų mikrobų poslinkių, tokių kaip CLM. Nepaisant to, stebint OTU ir Chao1 metriką HSD labai padidėjo laukinių gyvūnų įvairovė, ir tik keli taksonai buvo susiję su HSD sutrikimu laukinės žarnos mikrobiotoje, įskaitant Anaerovorax padidėjimą, kartu su Erysipelatoclostridium, Roseburia ir Lachnospiraceae sumažėjimu. UCG-004 gentis. Roseburia buvo vienintelis bakterijų požymis, kurį paprastai dalijasi HSD grupės, palyginti su atitinkamomis kontrolinėmis grupėmis, nepaisant to, kad HSD maitinamoms CLM vis dar būdingas didesnis šių bakterijų gausumas, palyginti su HSD maitinamomis laukinėmis pelėmis. Pažymėtina, kad butiratą gaminančių bakterijų, tokių kaip Roseburia, santykinis gausumas pacientams, sergantiems opiniu kolitu [69], taip pat buvo pastebėta, kad šis sumažėjimas yra susijęs su IBD genetine rizika žmonėms [70]. Tai atitinka ankstesnius rezultatus, kai buvo nustatyta, kad bakterijų genčių, tokių kaip Roseburia ar Lactobacillus, pokyčiai yra susiję su hipertenzijos rizika, kurią galbūt skatina vakarietiška dieta [71]. Žarnyno bakterinė sudėtis taip pat susijusi su žarnyno judrumu ir fiziologija [72].

cistanche nauda vyrams - stiprina imuninę sistemą

Anaerovorax gentis anksčiau buvo pastebėta pelėms, kurių žarnyno fiziologija yra nenormali ir sumažėjęs judrumas [73]; tačiau Anaerovorax praturtinimas HSD laukinėms pelėms gali lemti skirtingą šio taksonų vaidmenį žarnyno homeostazės ir tinkamos funkcijos kontekste. Remiantis ankstesniais atradimais, mes stebėjome Akkermansia genties padidėjimą HSD grupėje CLM [28], o laukinių pelių žarnyno mikrobiota buvo išeikvota šios genties, o tai taip pat atitinka ankstesnius šio modelio tyrimus [51, 53–55]. Nors Akkermansia gentis yra potencialus probiotikas dėl teigiamo poveikio gerinant šeimininko imunologinius ir metabolinius profilius (pvz., sergant nutukimu ir 2 tipo cukriniu diabetu) [42,74–77], šios genties vaidmuo vis dar neaiškus dėl jos neigiamo poveikio. koreliacija su gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžiu [78], Parkinsono liga [79, 80] ir išsėtine skleroze [81] sergančių pacientų klinikiniais rezultatais. Remiantis ankstesniais rezultatais, gautais naudojant MetaCyc kelius [28], CLM po HSD parodė sumažėjusias nuspėjamas mikrobų funkcijas, susijusias su krakmolo ir sacharozės metabolizmu KEGG ortologijai. Tačiau nedideli HSD maitinamų laukinių pelių žarnyno bakterijų sudėties pokyčiai nesukėlė jokių reikšmingų nuspėjamų bakterijų funkcijų pokyčių, o tai rodo, kad laukinių gyvūnų žarnyno mikrobiota ir medžiagų apykaitos / ekologiniai tinklai yra daug stabilesni ir gali daug lengviau prisitaikyti. HSD sukeltos mitybos skirtumai, palyginti su CLM žarnyno ekosistemomis, todėl reikia tolesnio tyrimo. Taip pat verta paminėti galimą žarnyno grybelių bendruomenės įtaką žarnyno bakterijų tinklui skirtingam mitybos režimui. Ankstesni tyrimai jau parodė, kaip galima bakterijų ir grybelių sąveika yra susijusi su šeimininko imuninės sistemos homeostaze ir ligos vystymusi [82–85]. Šiame kontekste CLM dar labiau riboja jų mažesnis bakterijų sudėtingumas, palyginti su laukinėmis pelėmis, o tai gali trukdyti sukurti įvairią žarnyno mikobiotą [54]. Būsimuose tyrimuose bus galima nustatyti žarnyno grybelių bendruomenių indėlį į žarnyno mikrobiotą ir šeimininko imunitetą, naudojant laukinių gyvūnų modelį. Apibendrinant, mūsų tyrime pateikiami duomenys apie tai, kaip didelis natrio suvartojimas veikia natūralią, laukinės kilmės žarnyno mikrobų ekosistemą, palyginti su prijaukinta žarnyno bakterijų bendruomene CLM. Mūsų tyrimas parodė, kad HSD neturi įtakos laukinių pelių bakterijų taksonams ir žarnyno mikrobiotai taip pat, kaip ir prijaukintai žarnyno mikrobiotai iš CLM. Šis skirtumas, kaip anksčiau buvo nurodytas kitiems mitybos režimams ar sąlygoms, tokioms kaip daug riebalų turinčios dietos [54, 55], rodo, kad ateityje reikia atlikti natūralių pelių modelių sistemų tyrimus, kad būtų galima apibendrinti ir įvertinti mitybos intervencijų poveikį sudėtingesnėms žarnyno ekosistemoms. kaip pas žmones.

cistanche tubulosa - stiprina imuninę sistemą

Nuorodos

1. Candela, M.; Biagi, E.; Turroni, S.; Maccaferri, S.; Figini, P.; Brigidi, P. Dinaminis žmogaus žarnyno mikrobiotos efektyvumas. Krit. Rev. Microbiol. 2015, 41, 165–171. [CrossRef] [PubMed]

2. Kandela, M.; Biagi, E.; Maccaferri, S.; Turroni, S.; Brigidi, P. Žarnyno mikrobiota yra plastinis veiksnys, reaguojantis į aplinkos pokyčius. Trends Microbiol. 2012, 20, 385–391. [CrossRef] [PubMed]

3. Boetsas, E.; Gomandas, SV; Deroover, L.; Prestonas, T.; Vermeulen, K.; De Preter, V.; Hamer, HM; Van den Mooter, G.; De Vuyst, L.; Courtin, CM Sisteminis storosios žarnos trumpos grandinės riebalų rūgščių prieinamumas ir metabolizmas sveikiems asmenims: stabilių izotopų tyrimas. J. Physiol. 2017, 595, 541–555. [CrossRef] [PubMed] 4. Tan, J.; McKenzie, C.; Potamitis, M.; Torburnas, AN; Mackay, CR; Macia, L. Trumpos grandinės riebalų rūgščių vaidmuo sveikatai ir ligoms. Adv. Immunol. 2014, 121, 91–119. [PubMed]

5. Kumar, J.; Rani, K.; Datt, C. Molekulinis ryšys tarp maistinių skaidulų, žarnyno mikrobiotos ir sveikatos. Mol. Biol. Rep. 2020, 47, 6229–6237. [CrossRef] [PubMed]

6. Bilotta, AJ; Cong, Y. Žarnų mikrobiotos metabolito šeimininko gynybos reguliavimas gleivinės paviršiuose: reikšmė tiksliajai medicinai. Precis. Clin. Med. 2019, 2, 110–119. [CrossRef]

7. Rooksas, MG; Garrett, WS Žarnyno mikrobiota, metabolitai ir šeimininko imunitetas. Nat. Rev. Immunol. 2016, 16, 341–352. [CrossRef]

8. Rodríguezas, JM; Merfis, K.; Stanton, C.; Ross, RP; Kober, OI; Teisėjas, N.; Avershina, E.; Rudis, K.; Narbadas, A.; Jenmalm, MC Žarnyno mikrobiotos sudėtis visą gyvenimą, pabrėžiant ankstyvą gyvenimą. Mikrob. Ecol. Sveikata Dis. 2015, 26, 26050. [CrossRef]

9. Arrieta, M.-C.; Stiemsma, LT; Amenyogbe, N.; Ruda, EM; Finlay, B. Žarnyno mikrobiomas ankstyvame amžiuje: sveikata ir ligos. Priekyje. Immunol. 2014, 5, 427. [CrossRef]

10. Chung, WSF; Walkeris, AW; Louis, P.; Parkhill, J.; Vermeiren, J.; Boscheris, D.; Duncan, SH; Flint, HJ Žmogaus žarnyno mikrobiotos moduliavimas maistinėmis skaidulomis vyksta rūšies lygmeniu. BMC Biol. 2016, 14, 3. [CrossRef]

11. Danneskiold-Samsøe, NB; Barrosas, HDdFQ; Santosas, R.; Bicas, JL; Cazarin, CBB; Madsenas, L.; Kristiansenas, K.; Pastore, GM; Brixas, S.; Júnior, MRM Maisto ir žarnyno mikrobiotos sąveika sveikatos ir ligų srityje. Food Res. Tarpt. 2019, 115, 23–31. [CrossRef] 12. Scott, KP; Duncan, SH; Titnagas, HJ Maistinės skaidulos ir žarnyno mikrobiota. Nutr. Bull. 2008, 33, 201–211. [CrossRef]

13. Donohoe, DR; Garžas, N.; Zhang, X.; Saulė, W.; O'Connell, TM; Bungeris, MK; Bultman, SJ Mikrobiomas ir butiratas reguliuoja energijos apykaitą ir autofagiją žinduolių gaubtinėje žarnoje. Ląstelės metab. 2011, 13, 517–526. [CrossRef]

14. Gomaa, EZ Žmogaus žarnyno mikrobiota / mikrobiomas sveikatos ir ligų srityje: apžvalga. Antonie Van Leeuwenhoek 2020, 113, 2019–2040. [CrossRef]

15. Requena, T.; Martínez-Cuesta, MC; Peláez, C. Dieta ir mikrobiota susiję su sveikata ir ligomis. Maisto funkcija. 2018, 9, 688–704. [CrossRef] [PubMed]

16. Ericsson, AC; Franklin, CL Laboratorinių pelių žarnyno mikrobiomas: svarstymai ir geriausia praktika atliekant transliacinius tyrimus. Mamm. Genomas 2021, 32, 239–250. [CrossRef] [PubMed]

17. Beresfordas-Jonesas, BS; Forster, SC; Stares, MD; Notley, G.; Viciani, E.; Browne, HP; Boehmleris, didžėjus; Soderholmas, AT; Kumaras, N.; Vervier, K. Pelės virškinimo trakto bakterijų katalogas leidžia perkelti pelės ir žmogaus žarnyno mikrobiotas naudojant funkcinį kartografavimą. Ląstelių šeimininkas mikrobas 2022, 30, 124–138.e8. [CrossRef]

18. Fava, F.; Rizzetto, L.; Tuohy, K. Žarnų mikrobiota ir sveikata: jungiantys veikėjus per medžiagų apykaitos sistemą. Proc. Nutr. Soc. 2019, 78, 177–188. [CrossRef]

19. Deividas, Los Andželas; Materna, AC; Friedmanas, J.; Campos-Baptista, MI; Blackburn, MC; Perrotta, A.; Erdmanas, SE; Alm, EJ Šeimininko gyvenimo būdas kasdien paveikia žmogaus mikrobiotą. Genome Biol. 2014, 15, R89. [CrossRef]

20. Tanaka, M.; Nakayama, J. Žarnyno mikrobiotos vystymasis kūdikystėje ir jo poveikis sveikatai vėlesniame amžiuje. Alergolis. Tarpt. 2017, 66, 515–522. [CrossRef]

21. Deividas, Los Andželas; Maurice'as, CF; Carmody, RN; Gootenbergas, DB; Mygtukas, JE; Wolfe, BE; Ling, AV; Devlinas, AS; Varma, Y.; Fischbach, MA Dieta greitai ir atkuriamai keičia žmogaus žarnyno mikrobiomą. Gamta 2014, 505, 559–563. [CrossRef] [PubMed]

22. García-Montero, C.; Fraile-Martinez, O.; Gómez-Lahoz, AM; Pekarek, L.; Castellanos, AJ; Noguerales-Fraguas, F.; Coca, S.; Guijarro, LG; García-Honduvilla, N.; Asúnsolo, A. Vakarų dietos ir Viduržemio jūros dietos mitybos komponentai žarnyno mikrobiotos ir imuninės sistemos sąveikoje. Poveikis sveikatai ir ligoms. Nutrients 2021, 13, 699. [CrossRef] [PubMed]

23. Soverini, M.; Rampelli, S.; Turroni, S.; Schnorr, SL; Quercia, S.; Castagnetti, A.; Biagi, E.; Brigidi, P.; Candela, M. Žmogaus žarnyno metagenomo profilio po nujunkymo pokyčiai dėl bifidobakterijų įsigijimo Vakarų mikrobiome. Priekyje. Microbiol. 2016, 7, 1058. [CrossRef] [PubMed]

25. Manzelis, A.; Muller, DN; Hafleris, DA; Erdmanas, SE; Linkeris, RA; Kleinewietfeld, M. „Vakarų dietos“ vaidmuo sergant uždegiminėmis autoimuninėmis ligomis. Curr. Allergy Asthma Rep. 2014, 14, 404. [CrossRef] [PubMed]

25. Kleinewietfeld, M.; Manzelis, A.; Titze, J.; Kvakanas, H.; Josefas, N.; Linkeris, RA; Muller, DN; Hafler, DA Natrio chloridas skatina autoimunines ligas, indukuodamas patogenines TH17 ląsteles. Gamta 2013, 496, 518–522. [CrossRef] [PubMed]

26. Haase, S.; Wilck, N.; Kleinewietfeld, M.; Miuleris, DN; Linkeris, RA Natrio chloridas sukelia Th17 sukeltą autoimunitetą. J. Neuroimmunol. 2019, 329, 9–13. [CrossRef] [PubMed]

27. Hernandezas, AL; Kitzas, A.; Wu, C.; Lowther, DE; Rodriguezas, DM; Vudattu, N.; Dengas, S.; Heroldas, KC; Kuchroo, VK; Kleinewietfeld, M. Natrio chloridas slopina FOXP3+ reguliuojančių T ląstelių slopinamą funkciją. J. Clin. Ištirti. 2015, 125, 4212–4222. [CrossRef]

28. Hamadas, I.; Cardilli, A.; Corte-Real, BF; Dyczko, A.; Vangronsveldas, J.; Kleinewietfeld, M. Daug druskos dieta sukelia pieno rūgštį gaminančių bakterijų išeikvojimą pelių žarnyne. Nutrients 2022, 14, 1171. [CrossRef]

29. Vilkas, N.; Matusas, MG; Kearney, SM; Olesenas, SW; Forslundas, K.; Bartolomaeus, H.; Haase, S.; Mähleris, A.; Balogh, A.; Markó, L. Į druską reaguojantis žarnyno kommensalinis moduliuoja TH 17 ašį ir ligą. Gamta 2017, 551, 585–589. [CrossRef]

30. Wei, Y.; Lu, C.; Chen, J.; Cui, G.; Wang, L.; Yu, T.; Yang, Y.; Wu, W.; Dingas, Y.; Li, L. Daug druskos dieta stimuliuoja žarnyno Th17 atsaką ir pablogina TNBS sukeltą pelių kolitą. Oncotarget 2017, 8, 70. [CrossRef]

31. Jis, FJ; Li, J.; MacGregor, GA Ilgalaikio nedidelio druskos kiekio mažinimo poveikis kraujospūdžiui. Cochrane duomenų bazės sistema. Rev. 2013, 346, f1325. [CrossRef] [PubMed]

32. Hu, L.; Zhu, S.; Pengas, X.; Li, K.; Pengas, W.; Zhong, Y.; Kangas, C.; Cao, X.; Liu, Z.; Zhao, B. Didelis druskos kiekis sukelia smegenų uždegimą ir pažinimo sutrikimus, kartu su žarnyno mikrobiotos kaita ir sumažėjusia SCFA gamyba. J. Alzheimerio liga. 2020, 77, 629–640. [CrossRef]

33. Tubbs, AL; Liu, B.; Rogersas, TD; Sartor, RB; Miao, EA Dietinė druska pablogina eksperimentinį kolitą. J. Immunol. 2017, 199, 1051–1059. [CrossRef]

34. Mulleris, D. N.; Wilck, N.; Haase, S.; Kleinewietfeld, M.; Linker, RA Natris mikroaplinkoje reguliuoja imuninį atsaką ir audinių homeostazę. Nat. Rev. Immunol. 2019, 19, 243–254. [CrossRef] [PubMed]

35. Burr, AH; Bhattacharjee, A.; Ranka, TW Mikrobiomo ir imuninio atsako mitybos moduliavimas. J. Immunol. 2020, 205, 1479–1487. [CrossRef] [PubMed]

36. Roca-Saavedra, P.; Mendez-Vilabrilis, V.; Miranda, JM; Nebot, C.; Cardelle-Cobas, A.; Franco, CM; Cepeda, A. Maisto priedai, teršalai ir kiti smulkūs komponentai: poveikis žmogaus žarnyno mikrobiotai – apžvalga. J. Physiol. Biochem. 2018, 74, 69–83. [CrossRef]

37. „Côrte-Real“, BF; Hamadas, I.; Hornero, RA; Geisbergeris, S.; Roels, J.; Van Zeebroeck, L.; Dyczko, A.; van Gisbergenas, MW; Kurniawan, H.; Wagner, A. Natris trikdo mitochondrijų kvėpavimą ir sukelia disfunkcinius Tregus. Ląstelės metab. 2023, 35, 299–315.e298. [CrossRef] [PubMed]

38. Žagato, E.; Pozzi, C.; Bertocchi, A.; Schioppa, T.; Saccheri, F.; Guglietta, S.; Fosso, B.; Melocchi, L.; Nizzoli, G.; Troisi, J. Endogeninis pelių mikrobiotos narys Faecalibaculum rodentium ir jo žmogaus homologas apsaugo nuo žarnyno naviko augimo. Nat. Microbiol. 2020, 5, 511–524. [CrossRef] [PubMed]

39. Mao, G.; Li, S.; Orfila, C.; Shen, X.; Zhou, S.; Linhardtas, RJ; Taip, X.; Chen, S. Depolimerizuotas RG-I praturtintas pektinas iš citrusinių vaisių segmento membranų moduliuoja žarnyno mikrobiotą, didina SCFA gamybą ir skatina Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp. ir Faecalibaculum spp. Maisto funkcija. 2019, 10, 7828–7843. [CrossRef]

40. Miranda, PM; De Palma, G.; Serkis, V.; Lu, J.; Louis-Auguste, parlamentaras; McCarville, JL; Verdu, EF; Collinsas, SM; Bercik, P. Didelė druskos dieta pablogina pelių kolitą, nes mažėja Lactobacillus kiekis ir butirato gamyba. Microbiome, 2018, 6, 57. [CrossRef]

41. Chen, L.; Jis, FJ; Dongas, Y.; Huangas, Y.; Wang, C.; Harshfield, GA; Zhu, H. Nedidelis natrio kiekio sumažinimas padidina cirkuliuojančių trumpos grandinės riebalų rūgščių kiekį negydomiems hipertenzija sergantiems pacientams: atsitiktinių imčių, dvigubai aklas, placebu kontroliuojamas tyrimas. Hipertenzija, 2020, 76, 73–79. [CrossRef] [PubMed]

42. Lukovac, S.; Belzeris, C.; Pellis, L.; Keijseris, BJ; de Vosas, WM; Montijn, RC; Roeselers, G. Akkermansia muciniphila ir Faecalibacterium prausnitzii diferencinis moduliavimas šeimininko periferinio lipidų metabolizmo ir histono acetilinimo pelių žarnų organoiduose. MBio 2014, 5, e01438-14. [CrossRef] [PubMed]

43. Dao, MC; Everardas, A.; Aronas-Wisnewsky, J.; Sokolovska, N.; Prifti, E.; Verger, EO; Kaiser, BD; Levenez, F.; Chilloux, J.; Hoyles, L. Akkermansia muciniphila ir pagerėjusi medžiagų apykaitos sveikata dietos intervencijos metu nutukimo atveju: Ryšys su žarnyno mikrobiomų turtingumu ir ekologija. Gut 2016, 65, 426–436. [CrossRef] [PubMed]

44. Llewellyn, SR; Brittonas, GJ; Contijoch, EJ; Vennaro, OH; Morta, A.; Colombel, J.-F.; Grinspanas, A.; Clemente, JC; Merad, M.; Faith, JJ Dietos ir žarnyno mikrobiotos sąveika keičia pelių žarnyno pralaidumą ir kolito sunkumą. Gastroenterologija 2018, 154, 1037–1046.e1032. [CrossRef]

45. Berberis, K.; Gerdesas, LA; Čekanavičiūtė, E.; Jia, X.; Xiao, L.; Xia, Z.; Liu, C.; Klotz, L.; Staufferis, U.; Baranzini, SE Išsėtine skleroze sergančių pacientų žarnyno mikrobiota leidžia pelėms spontaniškai susirgti autoimuniniu encefalomielitu. Proc. Natl. Akad. Sci. JAV, 2017, 114, 10719–10724. [CrossRef]

46. ​​Sanchezas, JMS; „DePaula-Silva“, AB; Libbey, JE; Fujinami, RS Dietos vaidmuo reguliuojant žarnyno mikrobiotą ir išsėtinę sklerozę. Clin. Immunol. 2022, 235, 108379. [CrossRef]

47. Mak, IW; Evanijus, N.; Ghert, M. Lost in translation: Gyvūnų modeliai ir klinikiniai tyrimai vėžio gydymui. Esu. J. Vertimas Res. 2014, 6, 114.

48. Payne, KJ; Crooks, GM Imuninių ląstelių linijos įsipareigojimas: vertimas iš pelių į žmones. Imunitetas 2007, 26, 674–677. [CrossRef]

49. Seok, J.; Warren, HS; Cuenca, AG; Mindrinos, MN; Baker, HV; Xu, W.; Richardsas, DR; McDonald-Smith, GP; Gao, H.; Hennessy, L. Genominiai atsakai pelių modeliuose prastai imituoja žmogaus uždegimines ligas. Proc. Natl. Akad. Sci. JAV, 2013, 110, 3507–3512. [CrossRef] [PubMed]

50. Nguyen, TLA; Vieira-Silva, S.; Listonas, A.; Raes, J. Ar pelė yra informatyvi žmogaus žarnyno mikrobiotos tyrimams? Dis. Modelis. Mech. 2015, 8, 1–16. [CrossRef]

51. Rosshart, SP; Vassallo, BG; Angeletti, D.; Hutchinson, DS; Morgan, AP; Takeda, K.; Hickman, HD; McCulloch, JA; Barsukas, JH; Ajami, NJ Laukinių pelių žarnyno mikrobiota skatina šeimininko tinkamumą ir pagerina atsparumą ligoms. Ląstelė 2017, 171, 1015–1028.e1013. [CrossRef] [PubMed]

53. Suzuki, TA; Phifer-Rixey, M.; Mack, KL; Sheehan, MJ; Linas, D.; Bi, K.; Nachman, MW Laukinių pelių žarnyno mikrobiotos šeimininko genetiniai veiksniai. Mol. Ecol. 2019, 28, 3197–3207. [CrossRef] [PubMed]

53. Maurice, CF; CL Knowles, S.; Ladau, J.; Pollard, KS; Fentonas, A.; Pedersen, AB; Turnbaugh, PJ Žymi sezoniniai laukinių pelių žarnyno mikrobiotos pokyčiai. ISME J. 2015, 9, 2423–2434. [CrossRef] [PubMed]

54. Rosshart, SP; Herzas, J.; Vassallo, BG; Medžiotojas, A.; Siena, MK; Barsukas, JH; McCulloch, JA; Anastasakis, DG; Sarshad, AA; Leonardi, I. Laukinių pelių laboratorinės pelės turi natūralią mikrobiotą ir modeliuoja žmogaus imuninį atsaką. Mokslas, 2019, 365, eaaw4361. [CrossRef] [PubMed]

55. Hildas, B.; Dreieris, MS; O, JH; McCulloch, JA; Barsukas, JH; Guo, J.; Tefainas, CE; Umarova, R.; salė, KD; Gavrilova, O. Naujagimių sąlytis su laukinės kilmės mikrobiomu apsaugo peles nuo dietos sukelto nutukimo. Nat. Metab. 2021, 3, 1042–1057. [CrossRef] [PubMed]

56. Caporaso, JG; Lauber, CL; Walters, WA; Berg-Lyons, D.; Lozuponė, Kalifornija; Turnbaugh, PJ; Fierer, N.; Knight, R. Pasauliniai 16S rRNR įvairovės modeliai milijonų sekų gylyje viename mėginyje. Proc. Natl. Akad. Sci. JAV, 2011, 108, 4516–4522. [CrossRef] [PubMed]

57. Bolyen, E.; Rideout, JR; Dilonas, MR; Bokulich, NA; Abnet, CC; Al-Ghalith, GA; Aleksandras, H.; Alm, EJ; Arumugam, M.; Asnicar, F. Atkuriami, interaktyvūs, keičiamo dydžio ir išplečiami mikrobiomų duomenų mokslas naudojant QIIME 2. Nat. Biotechnol. 2019, 37, 852–857. [CrossRef]

58. Callahan, BJ; McMurdie, PJ; Rosenas, MJ; Hanas, AW; Johnsonas, AJA; Holmes, SP DADA2: didelės raiškos mėginio išvada iš Illumina amplikono duomenų. Nat. Metodai 2016, 13, 581–583. [CrossRef]

59. Lozuponė, C.; Lladser, ME; Riteriai, D.; Stombaugh, J.; Knight, R. UniFrac: efektyvi atstumo metrika mikrobų bendruomenės palyginimui. ISME J. 2011, 5, 169–172. [CrossRef]

60. Oksanen, J.; Simpsonas, G.; Blanšet, F.; Kindt, R.; Legendras, P.; Minčinas, P.; O'Hara, R.; Solymos, P.; Stevensas, M.; Szoecs, E.; ir kt. Vegan: bendruomenės ekologijos paketas. 2 versija.6-4. 2022 m. spalio 11 d. Prieiga per internetą: https://CRAN.R-project.org/package= vegan (prieiga 2022 m. lapkričio 26 d.).

61. Segata, N.; Izard, J.; Valdronas, L.; Gevers, D.; Miropolskis, L.; Garrett, WS; Huttenhower, C. Metagenominio biomarkerio atradimas ir paaiškinimas. Genome Biol. 2011, 12, 60 RUB. [CrossRef]

62. Douglas, GM; Maffei, VJ; Zaneveldas, JR; Jurgelis, SN; Brownas, JR; Taylor, CM; Huttenhower, C.; Langille, MG PICRUSt2 metagenomų funkcijų prognozavimui. Nat. Biotechnol. 2020, 38, 685–688. [CrossRef]

63. Nilas, B.; Wu, Y.; Feng, X.; Zhang, R.; Zhang, Y.; Ši, J.; Zhang, J.; Tianas, M.; Huangas, L.; Li, Z. Druskos pakeitimo poveikis širdies ir kraujagyslių reiškiniams ir mirčiai. N. Engl. J. Med. 2021, 385, 1067–1077. [CrossRef]

64. Arroyo Hornero, R.; Hamadas, I.; Côrte-Real, B.; Kleinewietfeld, M. Mitybos komponentų įtaka reguliuojančioms T ląstelėms ir ligoms. Priekyje. Immunol. 2020, 11, 253. [CrossRef] [PubMed]

65. Wu, GD; Chen, J.; Hoffmann, C.; Bittingeris, K.; Chen, YY; Keilbaugh, SA; Bewtra, M.; Riteriai, D.; Walters, WA; Riteris, R.; ir kt. Ilgalaikių mitybos modelių susiejimas su žarnyno mikrobų enterotipais. Mokslas 2011, 334, 105–108. [CrossRef] [PubMed]

66. Ju, T.; Kongas, JY; Stothardas, P.; Willing, BP Apibrėžia Parasutterella, anksčiau nebūdingos pagrindinės žarnyno mikrobiotos narės, vaidmenį. ISME J. 2019, 13, 1520–1534. [CrossRef] [PubMed]