Daugiafaktorinis seroproiliavimas atskleidžia jau egzistuojančių žmogaus koronavirusų reakciją į SARS-CoV-2 imunitetą (2 dalis)

Norėdami sužinoti daugiau informacijos, susisiekitedavid.wan@wecistanche.com

Rezoliucija apie laiko antikūnas dinamika pateikė ABCORA ser-oprofimolva.  Kirsti-skersinisanalizė apie antikūnų reaktyvumas po SARS-CoV-2diagnozė RT-PCR (N = 369) irpo pradžios apiesimptomai (N = 333) pabraukta į talpa apie ABCORA ser- oprofilynas, skirtas išpjaustyti SARS-CoV pradžią, piką ir nykimą-2 antikūnas atsakymus (Fig. 5a, b, papildomas 11 pav.). Asmenyse su a žinomas data apie fipirmas SARS-CoV-2 RT-PGR diagnostika arba simptomų atsiradimą, ABCORA 2.3 aptinkared anksti serokonvertas-sijos in 98 procentai (48apie 49) ir100 procentų (9apie 9) apie asmenys viduje7 dienų atitinkamai po RT-PGR ir simptomų atsiradimo. Be to IgM ir IgA reaktyvumas, IgG atsakas buvo lengvai aptinkamas ABCORA 2.{1}} po kelių dienų nuo užsikrėtimo (SupplementaryFig. 11a).

Išilginis kohortos vertinimasapie sveikstantis pacientai aukštynį  11  mėnesių po užsikrėtimo (251 matavimas 120 pacientai)  paryškintasįlaikodinamikaapie SARS-CoV-2 surišantys antikūnai. Mes įvertinome skilimą of privalomas reaktyvumas įdarbinant agalios dėsnis mišrus modelis ir nustatė reikšmingą reduveiksmų in UBR, S1, ir N in visi Ig potipių (Fig. 5b) supusinės eliminacijos laikas diapazonas iš 67 į 404 dienas, o IgG N titrai mažėja greičiausias,inlinijasuankstesnis   pranešimus10.   Pusė-gyvybiųapieį neutralusizacija Aktualus IgG atsakymus į UBR ir S1 buvo 125 ir atitinkamai 404 dienas. Įdomu tai, kad neutralizavimo kinetika antikūnų padarė ne veidrodis į irimas tarifus stebimas surišimas antikūnų. Neutralizavimo aktyvumas sumažėjoll adresu a lėčiaunorma, su a pusė-tarnavimo laikas 991 diena (pav.5c). Tai iš dalies lėmė asumaišytasreaktyvumasmodelissukai kurieasmenysrodantisanpadidinti in neutralizavimas veikla paštu teigiamas SARS-CoV-2 RT- PGR5, o neutralizavimo aktyvumas kitose greitai sumažėjo (Papildomas 11c pav.).

Efektai apie HCV imunitetas įjungta SARS-CoV-2 įsigijimas. Į

leidžia ištirti esamų egzistavimo sąsajasng immvienybė į HCoV ir SARS-CoV-2 infekcija, mes išplėstas įABCORA karoliukas antigenas masyvas į įtraukti S1 baltymai apie visi keturi cirkuliuoja  HCoV  (HCV-NL63,  HCV-229E, HCV-HKU1,HCV-OC43) (Supapildomas Fig. 12a). Pagal į jostalpa į stebėti antikūnų į five koronavirusai, mes vadinamas tyrimas ABCORA 5.0 ir treniruotas ir patvirtinta tai įjungta į tas patskohortos kaip ABCORA 2.0 (Fig. 1). Kad būtų galima tiesiogiai palyginti su ABCORA 2.0 irįnaudoti neutralizacijos prognozavimo modelių, mesnaudojamas į slenkstis-/ABCORA 2 analizės nustatymai, pagrįsti SOC.{2}} taip pat dėl ABCORA 5.0. Remiantis įjungta ABCORA 5.{1}} išmatavimai mokymas kohortos I–III, mes sugalvota du atsitiktinis miškas-pagrįsta analize modeliai. ANKORA 5.4 įskaitant vien tik į 12 SARS-CoV-2 parametrus, o ABCORA 5.5 apimad inpapildymas į  S1  HCoV matavimai pridedant iš viso iki 24 parametrų. Analogiškai suABCORA 2.3, įtraukimas apie HCV reaktyvumas į į modelisbuvo pranašesnis. ANKORA 5.5 suteikė didžiausią jautrumą irspecfimiestas tarp į analizė algoritmai zonduota ABCORA 5.0 (Papildomas 12b pav., 10 papildoma lentelė).

Tarpusavio priklausomybės tarpantikūnas  reaktyvumas  į  į  keturi HCV ir SARS-CoV-2 veidrodinis ką mes anksčiau Pastebėjus

dėl HKU1 su a ypač aukštas koreliacija apie IgM reaktyvumas apie

SARS-CoV-2 ir HCoV in išankstinis-pandemija asmenys, ypač intiesuneseniai  HCV  infekcija  (Papildomas13 pav.). HCV infekcijos yra dažnos, tačiau priklauso nuo sezoniškumoirįpaplitimas apie individualus HCV infekcijos svyruoja41,42. Eilėje tai HCV atsakų paplitimas, išmatuotas ABCORA 5.0 in vietinis kraujo donorų in sausio mėn 2019 (N = 285), Gegužė  2019   (N=288) ir 2020 m. sausio mėn. (N=252) skiriasigerokai  (Fig. 6). Į įjungti a laikas-kontroliuojamas palyginimas HCV reaktyvumas tarp SARS-CoV-2-užkrėstas ir sveikų donorų, mes patikrinta kraujo donorų iš Gegužė 2020  (N = 672), kada SARS-CoV-2 paplitimas buvo manoma, kad Ciuriche mažiau nei 2 proc. Šveicarija43, pateikė ABCORA 2.{{0}}/5.0 ir neįtraukė visų pavyzdžių su SARS-CoV-2 reaktyvumas. The likutinis Gegužė 2020kohorta (N=653)susiformavo a pandemija, sveikas donoras kontrolė grupė. Įdomu,HCV reaktyvumo modeliai 2019 ir 2020 m. Skirtatsirado iš esmės kaip įvertinti pateikė vienas-būdu ANOVA, su 2020 m. sausio mėnpalyginti Žemiausia ir Gegužė 2020 į aukščiausias IgA ir IgGreaktyvusty, kurios Gegužė nurodyti a vėliau pradžia apie an HCV epidemija 2020 m., palyginti su 2019 m. (2020 m. gegužės mėn. t testai, palyginti su kitais grupės skaip in Fig. 6).

Labiausiai intriguoja tai, kad laiko atitikimo analizės kompjaustymas Gegužė2020 m. sveiki donorai, turintys SARS-CoV{2}}teigiamo pacientų mėginįlredAbalandžio mėn, Gegužė, ir birželio mėn 2020 (N = 65) atskleista signifikandžiai žemesnėHCV reaktyvumas in SARS-CoV-2 teigiamas pacientai (Fig. 7a). Tai modelis buvo taip pat akivaizdu kada mes išplėtė analizę, įtraukdama įpilnaskohortaapie SARS-CoV-2  išmatuoti užsikrėtę asmenyssu  ABCORA  5.0 (N=389, imtas nuo 2020 m. kovo mėn. ikivasario mėn  2021,  Papildomas  Fig. 14). Apskritai šie rezultatai indikuotas kad išankstinis-esamas imuninis atsakymus į HCoV Gegužė į a tam tikru laipsniu apsaugo nuo SARS-CoV-2 infekcijosiįjungta.

Spustelėkite čia, kad sužinotumėte daugiau apie Cistanche

Fig. 5 Stebėjimas laiko evoliucija apie antikūnas atsakymus. an ABCORA 2.3 apibrėžimas apie seropozityvumas in donorų su teigiamas RT-PGR patvirtino SARS- CoV-2 infekcija ir žinoma RT-PGR data (N = 369). Seropozityvumas įvertinimasapie plazma mėginių ėmimas laikas taškąpo diagnozės yra pavaizduota. Pilka tamsesnė sritis pabrėžia į Pirmas septyni dienų nuo teigiamas RT-PGR aptikimas. bGalios teisė modelis, su laikas nuo RT-PGR kaip fiksuotas poveikis o individualus kaip atsitiktinis efektas, įvertinant į irimas apie antikūnų surišimo aktyvumas, pagrįstas ABCORA 2.{1}} matavimai 1–4 išilginiais laiko taškais iš viso 120 asmenų251 matasnts. Violetinė linijos atitikti į į modelio įvertinimas irpurpurinio atspalvio srityse į į95 procpasitikėjimą intervalais. Antikūnas pusė-gyvybių (t1/2 dienomis) iš reikšmingas modeliai yra pavaizduota. Reikšmė buvo įvertinti naudojant Satterthwaite'as aproksimacija dėl a du-šoninis t-bandymas įjungta į nuolydis parametrus. c Galios dėsnis modelis, su laikas nuo RT-PGR kaip fiksuotas poveikis ir individualus kaip a atsitiktinis poveikis, įvertinant į irimas apie neutralizuojantis talpa įjungta 251matavimai iš 120 asmenys. Tik asmenys su NT50 > 100adresu jų Pirmas matavimas buvo naudojamas į sąmata į pusė-gyvenimą. The violetinė eilutė atitinka į į modelis įvertinimas ir į violetinė užtamsintas plotas į į95 procpasitikėjimą intervalais. Reikšmė buvo įvertinti naudojant Satterthwaite aproksimacija dėl a du-šoninis t-bandymas įjungta į nuolydis parametrus.

Fig. 6 Sezoninis ir metinis flkėlimas in HCV reaktyvumas. Reaktyvumas į žmogus koronavirusai (HCV-NL63, HCV-229E, HCV-HKU1, HCV-OC43)buvo palyginti pateikė ABCORA 5.0. Reaktyvumas in sveikas kraujo donorų iš 2019 ir 2020 buvo palyginti. Pre-pandemija pavyzdžiai įskaitant: sausio mėn 2019 (N = 285), Gegužė 2019 (N = 288), sausio mėn 2020 (N = 252). Pavyzdžiai iš Gegužė 2020 (N = 672) buvo surinkti metu į pandemija in Šveicarija. Tik pavyzdžiai be SARS-CoV-2 specifinis reaktyvumas kaip apibrėžta pateikė ABCORA buvo įskaitant (N = 653). Žvaigždės atitikti į lygius apie reikšmę apie du-šoninis t-bandymai lyginant į nurodytas grupės. Lygiai apie reikšmę yra pataisyta pateikė į Bonferronis metodas dėl daugkartinis testavimas ir nurodytas kaip seka:        *p< 0.05/36, **p < 0.01/36,="">p< 0.001/36.Boxplots atstovauti į sekantis: mediana su į vidurio linija, viršutinė ir žemesnė kvartiliai su į dėžė ribos, 1.5x tarpkvartilis diapazonus su į ūsai, ir nuokrypiai su taškų.

Efektai apie  HCV  imunitetas in  SARS-CoV-2  infekcija.  Į

toliau tirti tarpusavio priklausomybę su HCV imunitetu, mes nextištirta ar HCV atsakymus yra susieta į evoliucijąapie SARS-CoV-2 antikūnų. Į tai pabaigoje išanalizavome antikūnusatsakai plazmoje iš 204 asmenų, paimtų suin 60 dienos po SARS-CoV-2diagnozė naudojant tiesinės regresijos modelį pakoreguota pagal amžių, lytį ir laiką nuo teigiamo RT-PGR bei HCVreaktyvumas. Į stratifikuoti HCoV reaktyvumas į aukštas ir žemas HCoV aktyvumas, medianažurnalas PFI-FOE buvo defined dėl kiekviena HCV irantikūnasklasė. LogMFI-FOE didesnis nei atitinkamasmediana bentt trys HCoV (HKU1, OC43, NL63, arba 229E) konkrečiojec Ig klasė buvo reitinguojami kaip turintys aukštas HCV veiklašios klasės viduje. Pirma, tik reaktyvumas tarp tų pačių antibOdyklasė were ištyrinėta in į modelis (i.e., HCV IgG aukštas įjungta SARS- CoV{0}} IgG). Mes pastebėjome išimtisllystiprustarpusavio priklausomybės dėl IgA ir IgM atsakymus į SARS-CoV-2, kurivisibuvosignifikandžiaiaukštesnėinasmenyssuaukštas HCVreaktyvumas (Fig. 7b). Tai primygtinai rodo, kad jau yra HCV imunitetas gali suteiktie an pranašumas in montavimas SARS-CoV-2 atsakymus.HCV IgG ir SARS tarpusavio priklausomybės CoV-2  specifinis IgG buvo stebimas tik S2 atsakui. Įdomu tai, kad palaikydamas šį atradimą, HCV S2 helperis atsakymusbuvo neseniai rasta į paskatinti SARS-CoV-2 imunitetas, inypač S2 antikūnų aktyvumas31. Norėdami išsiaiškinti, ar SARS-CoV-2 IgG galistatyti įjungta neseniai HCV IgA ir IgM atsakymus mes Kitas zonduotaar HCV IgM ir IgA yra susiję su elevatuotas SARS-CoV-2 specfic  IgGlygius.Nors IgM poveikis nebuvo akivaizdus, ​​mes pastebėjo ženkląifinegaliu asociacija apie aukštas HCV IgA veikla įjungtavisiketuriišmatuotas  SARS-CoV-2  atsakymus  (Fig.  7c,  d). Tai primygtinai siūlokadneseniai  HCV  infekcija turia beneficial poveikį SARS-CoV-2 antikūnų atsakuises.

Į į Kitas analizė, mes zonduota jeigu išankstinis-esamas HCV imunitetasturi an įtakos ligos sunkumui sergant COVID{0}}. Šiuo tikslu meszonduota HCoV imunitetas in 80 paguldytas į ligoninę ir nepaguldytas į ligoninęasmenys užkrėstas dėl mažiau nei 30 dienų (pav.8a). Kontroliuoti už amžiaus ir lyties, nustatėme, kad asmenys su high išankstinis-esamas HCV reaktyvumas buvo reikšmingasskruzdėlynasžemesnė  DDSįreikalautihospitalizacija  (logistikosregresija  ARBA = 0.16, 95 proc. PI (0.04, 0.67), pav.8b, papildomas 15 pav.). Kitas sluoksnisifikatijonas apieppacientai pateikė ar jie reikalaujama gydymas adresu an ICU parodė a sumažino tikimybę, kad pacientasts su aukštas HCoV atsakymą reikalingi tarifai hospitalizacija su intensyvus priežiūra (eilinis regresijaARBA {{0}},36, 95 proc. PI (0. 13, 0,96), pav.8b, papildomasFig. 15). Taigi, asmenys su aukštas HCoV lygius turėjo a 64 procentais sumažėjo šansai dėl būtinybės hospitalizuoti pagal arbadinal rangas regresinė analizė lyginant paguldytas į ligoninę in reguliarus globotiniai, in ICU, irnestacionizuotid asmenys   (Fig.  8a,  b).   Bendrai,  šie stebėjimai tvirtai rodo kryžminį apsauginį poveikįof HCVimunitetas formuojant imuninę apsaugą nuo SARSCoV-2.

Fig. 7 Efektai apie išankstinis-esamas HCV imunitetas metu SARS-CoV-2 įsigijimas. a Laikas-atitiko palyginimas apie ABCORA 5.0 reaktyvumas dėl SARS-CoV-2ir HCoV in sveikas ir SARS-CoV-2 užkrėstas asmenys. Sveikas donorų buvo paimti mėginiai in Gegužė 2020 (N = 653; mėlyna). Plazma iš SARS-CoV-2     užsikrėtęs asmuos buvo surinkti tarp Balandis–birželio mėn 2020 (N = 65; raudona). Pamatyti Papildomas Fig. 14 dėlananalizė apie į pilnas SARS-CoV-2 teigiamas kohorta(N = 389). Pilka dėžės nurodyti vertybes aukščiau į individualus PFI-FOE supjaustyti-offs dėl SARS-CoV-2 specifinis atsakymus dėl kiekviena antigenas. Žvaigždės atitikti į lygius apie reikšmę apie du-šoninis t-bandymai lyginant neigiamas prieš teigiamas pacientai. Lygiai apie reikšmę yra pataisyta pateikė į Bonferronis metodas keliems testavimas ir nurodytas kaip seka: *p< 0.05/12, **p< 0.01/12, ***p< 0.001/12 (IgG HKU1: p = 0.66, IgG OC43: p = 0.45, IgG NL63: p=3.3 × 10−04, IgG 229E: p = 1.6 × 10−05, IgA HKU1: p=1,8 × 10−03, IgA OC43: p=1,3 × 10−05, IgA NL63: p=1.4 × 10−07, IgA 229E: p=3.0 × 10−05, IgM HKU1: p = 3.3 × 10−08, IgM OC43: p = 4.3 × 10−03, IgM NL63: p = 1.1 × 10−07, IgM 229E: p = 2.7 × 10−02). Boxplots atstovauti į sekantis: mediana su vidurys linija, viršutinė ir žemesnė kvartiliai su į dėžė ribos, 1.5x tarpkvartilis diapazonus su į ūsai, ir nuokrypiai su taškų. b Linijinis regresija modeliai rodomi į asociacija tarp SARS-CoV-2 ir HCV signalus in 204 SARS-CoV-2 teigiamas pacientai su žinomas datos apie irst teigiamas RT-PGR aptikimas. Įtakos viduje į tas pats antikūnas klasė yra ištirta. The modeliai buvo pakoreguota įjungta amžiaus (spline su 3 laipsnių apie laisvė), Lytis, laikas nuo teigiamas RT-PGR (spline su 3 laipsnių apie laisvė), ir lygiu apie HCoV reaktyvumas. Pavyzdžiai yra suprojektuoti į uostas aukštas HCV reaktyvumas jeigu jie parodyti ABCORA 5.0 HCVžurnalas PFI-FOE vertybes aukštesnė nei į atitinkamas mediana in adresu mažiausiai 3 HCoV matavimai (HKU1, OC43, NL63, arba 229E). Kreivės atitinka į į modelio įvertinimas ir užtamsintas srityse į į95 procpasitikėjimą intervalais. p-vertybes buvo gautas pateikė bėgimas a du-šoninis Studentas t-bandymas ant parametras susiję su HCV reaktyvumas in į linijinis regresija. c Linijinis regresija modelis rodantis į asociacija tarp SARS-CoV-2 IgG ir HCV IgA signalus. Kreivės atitikti į į modelio įvertinimas ir užtamsintas srityse į į95 procpasitikėjimą intervalais. p-vertybes buvo gautas pateikė bėgimas du-šoninis Studentas t-bandymas įjungta į parametras susiję su HCV reaktyvumas in į linijinis regresija. d Linijinis regresija modelis rodantis į asociacijatarp SARS-CoV-2 IgG ir HCV IgM signalų. Kreivės atitinka modelio įvertinimą, o nuspalvintos sritys – 95 procentų pasikliautinuosius intervalus. p-reikšmės buvo gautas pateikė bėgimas a du-šoninis Studentas t-bandymas įjungta į parametras susiję su HCV reaktyvumas in į linijinis regresija.

Aptartijonų

Definicija apie  SARS-CoV-2  imunitetas po vakcinacijos irinfekcija yra labai svarbi44–46. Iššifruojant antikūnaskoreliuojaapie SARS-CoV-2  apsaugairstebėjimas vakcina reagavimas yra sudėtingos užduotys. Dydis air ilgaamžiškumas apie apsauginis antikūnas atsakymus į natūralus infekcija ir skirtinga skiepai reikia į būti išnagrinėjo į suprastiparametrus kad figūra apsauginis atsakymus ir orientuojasi į sprendimus apie nereaguojančių asmenų revakcinaciją ir vėl imunizacijąnŠvromanas kylantis SARS-CoV{0}} variantai47. Taip pat kurti reiškia serologiškai atskirti de novo infekciją, reinfekcija,ir vakcina atsakymus, jų ilgaamžiškumas ir nesėkmes valios liktikrItical dėl klinikinis diagnozė.

Čia mes demonstruoti į aukštas naudingumas apie keli-parametras ser- oprofiliavimas sprendžiant pagrindinius defining  SARS-CoV-2 imunitetas.  Vienalaikisaptikimasapie antikūnų atsakas į a diapazonasapie SARS-CoV-2  antigenaiirskirtinga  Igklasessu ABCORA  seroprofimolvapateikė išsamų vaizdą SARS-CoV-2 serologinė būklė vieno tyrimo metu, kuris apytiksliain būti naudinga klinikinei diagnozei nustatyti e buvimąof pakartotinė infekcija,  definepakartotinė infekcija,  iratsilieptiįvakcinacija. Skaičiavimomodeliavimastaip patleidžiamanumatant plazmos neu-realizavimas talpa iš ABCORA rezultatus, leidžianti avisapusiškas įvertinimas apie SARS-CoV-2 antikūnas dinamika ir jų žaisti suHCV atsakymus. Mes studijavo du ABCORA tyrimasversijos thadresu tiek išmatuotas HCV reaktyvumas greta į  12 SARS-CoV-2 parametrus.ANCORA 2 apėmė S1 antigenąHKU1. ANKORA 5 įskaitant S1 apie visi keturi cirkuliuojančių HCV.Pažymėtina, skaičiavimo modeliai kad įskaitant į HCVmatavimai leidžiama a aukštesnė tikslumas in nustatantis SARS-CoV- 2 seropozityvumas, didelisapšvietimas tarpusavio priklausomybės tarp HCoVir SARS-CoV-2 atsakymai, kuriuos reikia išspręsti.

Įrašymas reaktyvumas prieš visi keturi HCoV in SARS-CoV-2neužkrėstas iružkrėstasasmenysmesPastebėjusintriguojantisasociacijos. Uninfekuotasasmenysrodomasaukštesnė  HCVreaktyvumas, palyginti su užsikrėtusiais asmenimisaįnašas apie HCV imunitetas į anksti gynyba prieš SARS-CoV- 2. Imunitetas nuo HCV taip pat gali turėti teigiamą poveikį SARS-CoV-2infekcija. Į susitarimą su kitas pranešimus, mes pažymėjo akryžminis maitinimas apie SARS-CoV-2 ir HCV atsakas sergant SARS-CoV-2 infekcija31,48 su asmenys su aukštas HCV reaktyvumas vystytis-atidarymas aukštesnė SARS-CoV-2 antikūnas lygius. Dauguma ypač, jau egzistuojanti HCV imunitetas turėjo an poveikį įjungta liga sunkumo mūsų kohorta. SARS-CoV-2 užkrėstas asmenys su žemas HCV reaktyvumas turėjo a aukštesnė tikimybė apie reikalaujantis hospitalizacija.

Norsmūsųstudijuotitik išmatuotas antikūnų atsakas, apotencialusapsauginispoveikisapie HCoVimunitetas nuo SARS;CoV-2 įsigijimas turėtų ne būti peržiūrėtakaipapribotas į antikūnų aktyvumas. Antikūnai ir ląstelinis imunitetas gali būti svarbūsir aktyviai koncertuoja31,49–51. Arba antikūnų atsakassesmišmatuotas in į pateikti studijuoti Gegužė vien tik dokumentas neseniai HCV infekcijan ir pristatyti a surogatas matavimas apie kitas apsauginisHCV atsakymus. The nuoroda tarp aukštesnė HCV  ir SARS-CoV-2 reaktyvumas infekuotiems asmenims yra ypač intriguojantis. Stipriausias efektai buvo matytas dėl IgM ir IgA HCoV atsakymus, suggesti kad neseniai HCV imunitetas numato an anksti paskatinti į SARS-CoV-2 antikūnų atsiradimasent.  artaiyradėlį kryžmiškai reaktyvūs B ląstelių atsakai, ant kuriųį  SARS-CoV-2imunitetas stato įjungta ir bręsta arba ar kirsti-reaktyvus T pagalbininkasveiklažaistidominuojantis vaidmuo, kaip siūloma31  bus svarbu į išspręsti in pirmyn-ateina studijos. The tikslus vaidmuo ir laikasg apie HCoVatsakymusdarantis įtaką  SARS-CoV-2  antikūnasatsakymus taip pat likti į būti defined. Anksti žemas-affiNity HCoV atsakai Gegužė turėti a teigiamas poveikį įjungta į plėtra nuo SARS-CoV-2 imunitetą formuojant imuninę atmintį, kurioje į statyti, kadangi amplifikatijonas apie ne-apsauginiskryžminė reakcijaHCV ankūnai pagal į į antigeninis nuodėmė principu Gegužė turėti neigiamų padarinių30.

Norsasociacijatokios studijos kaip mūsų formaliai negali define priežastingumas, į pasekmės apie mūsų išvados yra akivaizdžios: Išankstinisimunitetas į HCV Gegužė apsaugoti į kai kurie apimtis prieš SARS-CoV-2 įsigijimas, irGegužė teikti a paskatinti į į plėtra nuo SARS-CoV-2 specfic imunitetas ir su tai žemesnė į rizika dėlsunkushospitalizacija.  A  kuklusapsauginis HCoV poveikisimunitetas būtų būti a tikėtinas paaiškinimas dėl į aukštasproporcijaiš asimppomidorų ir švelnus SARS-CoV-2 infekcijos52,53. Netgi daugiau intriguojančios yra ateities perspektyvos. Kaip ir kiti, ir mesturėti parodyta, SARS-CoV-2 ir HCV imunitetas į infekcija yradažnai ne ilgai-ilgalaikis (Fig. 5, Papildomas Fig. 11)5,54, apribojimaskad  SARS-CoV-2  skiepaiviltisįįveikti. Turėtų SARS-CoV-2  atsakymusinpasuktiteiktigynybos laipsnis prieš HCV infekcija, platus apsauga prieš koronavirusai gali būti rkiekviena.

Fig. 8 Poveikis apie HCoV imunitetas įjungta COVID-19 sunkumo. a asociacija apie hospitalizacija statusą (ne paguldytas į ligoninę (N = 16); paguldytas į ligoninę ne in ICU(N = 42); paguldytas į ligoninę in ICU (N = 22)) ir aukštas arba žemas IgG HCoV reaktyvumas. Stačiakampis dydžiai atitikti į į proporcija apie įskaitant pacientai. b Įtaka HCoV reaktyvumas (žemas/aukštas) įjungta į hospitalizacija statusą in a poaibis apie N = 80 pacientai, kaip įvertintas su šansai santykius, in an eilinis regresija (su lygiais = ne paguldytas į ligoninę (N = 16); paguldytas į ligoninę ne in ICU (N = 42); paguldytas į ligoninę in ICU (N = 22)) ir a logistikos regresija (nuoroda = ne paguldytas į ligoninę(N = 16); prieš visi paguldytas į ligoninę (N = 64)). Duomenys yra pateikta kaip parametras įvertinimas ir jos95 procpasitikėjimas intervalas. Lygis apie reikšmę apie parametras yra gautas su a du-šoninis t-bandymas (p-vertė yra rodomas jeigu <>kitaip nurodytas kaip n.s.).

Ašthods

Žmogus egzempliorius. Serumas ir plazmos mėginiai buvo paimti prieš ir po jo atsiradimo

SARS-CoV-2 colŠveicarija (išankstinis irpo vasario mėn 2020, atitinkamai) buvoįskaitant. Nr kantrus registracija buvo atliekami dėl į pateikti studijuoti. Visieksperimentai įtraukiant pavyzdžiai iš žmogus donorų buvo atliekami su pritarimu atsakymusgali vietinis Etika komitetas (Kantonale Etikomisija) Ciurichas,

Šveicarija (BASEC Nrs 2020-01327, 2020-00363; 2021-00437; 2020-00787), autorius į nuostatas apie į Deklaracija apie Helsinkis ir į Gera klinikinė Praktika Gairės apie Tarptautinė harmonizavimo konferencija. Pavyzdžiai buvo gautas iš iš šių šaltinių: i) Ciuricho kraujo donorystėtarnybinises (ZHBDS): Anonimizuota sveikas suaugęs plazma iš išankstinis-pandemija laikastaškų (sausio mėn 2019, Gegužė 2019,ir 2020 m. sausio mėn.) ir nuo pirmosios bangos pandemija Ciuriche, Šveicarijoje (Gegužė 2020) buvo jeigu pateikė į ZHBDS vidinis serumo saugykla ir trūkumaient dėl tai studijuoti buvo atsisakė pateikė į Etika komitetas(BASEC 2021-00437). (ii) Anonimizuota po įprastinės diagnostikos likusių mėginių adresu į institutas apie Medicinos Virusologija, universitetas apie Ciurichas, į Universiteto vaikai Ligoninė Ciurichas, ir į Kantonas Ligoninė Vinterturas (BASEC Nrs2020-01327, 2021-00437). Iš visų dalyvių buvo gautas raštiškas sutikimaskurio pavyzdys was paimtas metu į pandemija adresu į universitetas LigoninėCiurichas (BASEC 2020-01327). Pandemijos mėginiams iš kitų ligoninių and išankstinispandemija pavyzdžiai sutikimas buvo atsisakė pateikė į Etika komitetas. (iii) sveikatos priežiūradarbuotojų, kurių RT-PCR patvirtinta, kad užsikrėtė SARS-CoV{2}}jonų dalyvaujantys in a studijuoti prie universitetas Ligoninė Ciurichas (BASEC 2020-00363). Parašyta informuotas sutikimas buvo gautas iš visi dalyvių. (iv) Patinas plazma donorų dalyvaujantys in SARS-CoV-2 plazma terapija studijuoti atlikta Ciuricho universitetinėje ligoninėje(CPT-ZHP, Šveicarijos medikas 2020TpP1004; PAGRINDINIS 2020-00787). Raštu informuotassutikimas tyrimui buvo gautas iš visų dalyvių. Tjis ataskaitų teikimas apie visi žmogus ir kantrybent duomenisatitinka suįSTROBAS pareiškimas. Pre-pandemija (SARS- CoV{0}} neigiamasve, N = 825) ir confirmed SARS-CoV-2 teigiamas pavyzdžiai (N = 389)buvo padalintas į mokymas ir patvirtinimas kohortos (Papildomas Lentelė 3).          Galimi demografiniai duomenys data įjungta Lytis, amžiaus, laikas nuo teigiamas RT-PGR irssimptomas pradžia, ir hospitalizacija statusą yra pranešė in Papildomas Lentelė 11.The SARS-CoV-2 mokymas kohorta (N = 175) įtraukta plazma, surinkta perinfekcija (N=114) ir sveikimas (N=61). Per donor tik vienas mėginių ėmimas laikaspunktas buvo įtrauktas, longitudinis pavyzdžiai apie donorų įskaitant in į mokymas kohorta buvo ne įskaitant in į patvirtinimas kohorta išsiaiškinti nepriklausomybę, kadavertinant į jautrumas ir įvairių diagnostikos metodų specifiką. The   SARS-CoV-2 patvirtinimas kohorta (N = 214), sudarytas plazma surinkti infekcijos metu (N = 90, vienas mėginių ėmimo laikas kiekvienam donorui) ir sveikimas

(N = 124, 79 sveikstantys pacientai su 1–4 išilginiais mėginiais). Kelis kartustaškų apie sveikstantis pacientai buvo įskaitant in į patvirtinimo duomenų rinkinys, skirtas užfiksuoti a platus w spektrasaning antikūnas titrai. Skerspjūvis analizė buvo remiantis įjungtapavyzdžiai su žinomas laikas nuo teigiamas RT-PGR (N = 369) arba žinomas laikas nuo simptomo pradžia (N = 333), abu įskaitant išilginės analizės stebėjimus.Tiek laikas nuo teigiamo RT-PGR, tiek laikasnuo pradžia buvo žinomas dėl330 pavyzdžių, kurio vidutinis laikas yra trys days tarp simptomas pradžia ir RT-PGR(1Šv–3rdkvartilis: 1–7 dienos). Buvo atlikta išilginė antikūnų reaktyvumo analizė 251 stebėjimas iš 120 sveikuoliųcento pacientai su žinomas laikas nuo teigiamas RT-PGR ir laikas nuo simptomų atsiradimo. Neutralizacija was išmatuotas įjungta 467 SARS-CoV-2 RT-PCRteigiamas pavyzdžiai (N = 369 su žinomas laikas nuo teigiamas RT-PGR, N = 333 su žinomas laikas nuo simptomas pradžia).

Toliau įvertinome kryžminį ABCORA 2.0 ir 5.0 reaktyvumą kairėje pusėje.t-baigta plazmaiš įprastinės diagnostikos priešpandeminėje kontrolinėje grupėje with dokumentuota, neseniai užsikrėtęs HCV infekcija (Treniruotės II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63      (N = 22), 229E (N = 9)). Cirkuliuojantis HCV yra paprastai tik patikrinta dėl inhospitalizuoti, sunkios kvėpavimo takų infekcijos ir susilpnėjęs imunitetas asmenyskurie reguliariai patiria broReklama atranka dėl kvėpavimo infekcijos. Vadinasi, in šis pacientas grupė, tiek sumažintas antikūnas reaktyvumas dėl į imuninis kompromituojantis arbapadidėjęs HCV irtibody reaktyvumas dėl į neseniai arba pasikartojantis HCV infekcija Gegužėatsirasti. Kadangi ši grupė yra diagnozėstichiškai Aktualus mes laikomas tai apdairus į įtraukti tai kohorta kaip Treniruotės II duomenis rinkinys į patikrinti jeigu kirsti-reaktyvumas su SARS-CoV-2 inABCORA atsiranda šioje nustatyme. II mokymo duomenys nebuvo įtraukti į slenkstį definicija į ne baigta-atstovauti asmenys su sunkia liga. Šis HCV užsikrėtęsgrupė rodomas apskritai žemesnė reaktyvumas su SARS-CoV-2 nei plazma išsveikas suaugusieji bet svarbu parodė ne indikacija apie kryžminis reaktyvumas (pav.1a, b). Pandemijos pavyzdysles iš Anoniminis kraujo donorų su nežinomas SARS-CoV-2statusą surinkti in Gegužė 2020 (N = 672) buvo ne įskaitant in mokymas ir patvirtinimas kohortos.

Reagentai ir ląstelių linijos. Jo-tpagyvenęs SARS-CoV-2-išvestinė antigenai (receptorius

rišantis domenas (RBD), subvienetas S1 (S1), subvienetas S2 (S2), nukleokapsidas baltymas (N)) ir S1 iš tjis keturi cirkuliuojančių HCoV (HKU1, OC43, NL63, 229E) buvo pirktas iš Sino Biological Europe GmbH, Eschborn, Vokietija (PapildomasLentelė 12). Aptikimo ir kontrolės antikūnų šaltiniai, specifikacijos ir koncentracija ir serumai, naudojami ABCORA ir neutralizavimo tests yra išvardyti in Papildoma lentelė 13. 293-T ląstelės buvo gautos iš Amerikos tipo kultūrų kolekcijos(ATCC CRL- 11268)55. HT1080/ACE2kl. 14 ląstelės33 buvo maloniai pateikė P.Bieniasz, Rokfeleris universitetas, NY. Abu ląstelė linijos buvo kultūringas in DMEMyrang10 procFCS.

Dizainas apie multipleksas karoliukas tyrimas ABCORA 2.0. Mes nustatyta du karoliukas-remiantismultipleksuotas SARS-CoV-2 imunologiniai tyrimai (ABCORA 2.0 ir ABCORA 5.0) kadapėmė SARS-CoV-2 ir HCoV antigenai (Sino Biologinis EuropaGmbH, Eschborn, Vokietija, 12 papildoma lentelė). Keturi SARS-CoV-2 antigeliains- UBR, S1, S2, ir N - buvo įskaitant in tiek ABCORA 2.0 ir ABCORA 5.0.ANKORA 2.0 įskaitant in papildymas S1 apie HCV-HKU1 irABCORA 5.0 įskaitant S1apie visi cirkuliuojančių HCoV (HCV-NL63, HCV-229E, HCV-HKU1, HCV-OC43). Į trumpai, individualus MagPlex karoliukai (Luminex Korporacija, Ostinas, TX)    su unikaliuue fluorescencinis karoliukas regionuose buvo pasirinktas dėl kiekviena antigenas, karoliukai buvosusietų ir su antigenu susietų granulių mišiniaisbuvoinkubuojamas su kantrus plazma in a 96-gerai plokštelė rinkinys-aukštyn. TheMediana Fluorescencinis Intensyvumas (PFI) apie su granulėmis surišta plazmaantibodius buvo išmatuotas naudojant a FlexMap 3D skaitytojas (Luminex Korporacija,Ostinas, TX). Mes suprojektuoti į tyrimas į pilnasfill į sekantis kriterijai: (i) aukštas greitis-cifimiestas, jautrumas, ir atkuriamumas, (ii) lankstus multipleksas dizainas kad leidžia tiesiai šviesiai papildymas ir/arba pakeitimas apie antigenai; (iii) platus dinamiškas diapazonas;  (iv) neprivaloma quantifikatijonas apie antikūnas atsakymus; (v) neprivaloma įrašymas apieantikūnasatsakas į HCoV ir (vi) naudojimas įprastiniu būdune diagnostika ir tyrimai.

Mes pasirinkome steriką orientacija užfiksuoti per anti-Jo antikūnų į užtikrinti a homogeninio antigeno ekranas. Todėl karboksilintas MagPlex karoliukai (Luminex

Korporacija, Ostinas, TX) buvo susietas su anti-Jo antikūnas (Sino Biologinis

Europa GmbH, Eschborn,Vokietija, 13 papildoma lentelė) ir tada susieta su Jo žymaantigenai naudojant Biografija-Plex Aminas sukabinimas (Biografija-Rad LaboratorijosAG, Cressier, Šveicarija) pagal gamintojo inurodymus ir kaipaprašyta56.

Serumo/plazmos titravimas apskritai laikomas tiksliausiu strtegy įretriišvakarės kiekybinis informacija įjungta antikūnas reaktyvumas. Tačiau, in diagnostinis naudotibandymai idealiai turėtų pristatyti (pusiau)-kiekybinis informacija iš a vienas serumaspraskiedimas į leidimas pakankamas pralaidumas. Galutinės tyrimo sąlygos apėmė a 2-log MFI diapazonas visuose tirtuose antigeno-Ig deriniuose (papildomas 1 pav.).Ratifikuojamas į galiojimas apie naudojant a vienišas plazma praskiedimas, mes confirmed kad plazmaiš SARS-CoV-2 teigiamas pacientai ir išankstinis-pandemija SARS-CoV-2neigiamasplazmos mėginiai rodo optimalų atsaką į dozę kreivės baigta a platus plazma praskiedimasdiapazonas (Papildomas Fig. 1f). Svarbu, a 1/100 praskiedimas apie plazma buvo in visiatvejų Uždaryti iki maksimalaus signalo, pabrėždamas, kad didėja plazmakoncentracija nepadidintų signalo intensyvumo, o greičiau pakenktųer mažėjasignalai dėl į prozonas efektai (Papildomas Fig. 1f).

Maksimalus anti-Jo antikūnas pakrovimas buvo pasiekti adresu 5 µg antikūnas per milijonaskaroliukai (Supplemįėjimas Fig. 1c) ir naudojamas kaip a standartinis sukabinimas sąlyga. Į į finalprotokolas,buvo inkubuojami penki milijonai su jo antikūnais susietų magnetinių granulių Jo-pažymėti antigenai praskiestas PBS, esant 320 nM koncentracijai.Fikoeritrinu (PE) pažymėti antriniai antikūnai, specifiniai IgG, IgA, arba IgM buvonaudojami kaip detektoriaus antikūnai (papildomasLentelė 13). Kokybė kontrolė apie įantigenas loading buvo atlikta pateikė inkubuojantis į karoliukai su monokloninisantikūnai, nukreipti į atitinkamą CoV-derived antigenas kaip detalus inPapildoma 12 lentelė. Analizė atlikta suh į FlexMap 3D skaitytojas(Luminex Corporation, Ostinas, TX) su į įsigijimas apie adresu mažiausiai 50 karoliukai perkaroliukų regionas. Rezultatai are įrašytas kaip PFI per karoliukas regione.

Keletas kontrolės priemonių buvo instkaltas į išsiaiškintitarp-ir intra-tyrimasspektaklis. Norėdami nustatyti žemą tyrimo rezultatątyrimas kintamumas, didelis partijos apieindividualus antigenas, beads buvo paruoštas ir sustingęs in alikvotinės dalys iki naudojamas adresu-20 laipsnisC į apeitiįirimas apie į antigenas-susietas karoliukai (papildomas 1 pav.). Atskiros sujungtos granulės buvo sumaišytos bandymo dieną su yield į reikalaujama antigenaskaroliukų kokteilis. Kokteiliuose buvo 60 karoliukų per karoliukas regione per µl. Į papildymas įSARS-CoV-2 ir HCV granulių regionuose, kiekviename kokteilyje buvo tuščiasy karoliukų regionas (ne antigenas susietas) į kontrolė dėl nespecifinisfic privalomas. Kokybė kontrolė ir patvirtinimas procedūras dėl į FlexMap 3D instrumentas buvo padaryta įjungta kiekviena dieną išeksperimentas pagalįsakymas įįgamintojas's nurodymus. The kintamumas apie į tyrimasbuvo analizuojama kaip seka56: plazma pavyzdžiai iš 20 RT-PGR confirmed SARS-CoV- 2 užsikrėtę pacientai buvo sujungti ir ištirti over a diapazonas apie septyni skiedimai in 31  skirtingos titrations atlikta įjungta 10 skirtinga dienų (Papildomas Fig. 2). Skersaivisi antigenai ir Ig klases, signalus buvo išlaikytas baigta į bandymas laikotarpį apie 25dienų paštas karoliukų sujungimas. Surišimo signalo variacijos koeficientai (CV) per titrationsiš 12 antigeno-Ig klasės kombinacijųtautų įrodytas žemas (diapazonas: 0.010–0. 128, mediana  0.059, 3c, d papildomas pav., 1, 2 papildomos lentelės). Tą pačią dieną ir kasdienkintamumas pkraustėsi žemas ir palyginamas (Papildomas Fig. 3e, f). Žemiau a 1/ 100 plazma koncentracija, CV padidėjo ženkliai (Papildomas 3d pav.),         apibrėžiant 1/100 kaip didžiausią koncentracijąįjungta (Žemiausia plazma praskiedimas) į būti išbandyta in į tyrimas. Taigi 1/100 plazmos praskiedimas buvo apibrėžtas kaip pagrindinispraskiedimas dėl atranka plazma in ABCORA 2.0 kada a kokybinis (ty SARS-CoV buvimas ar nebuvimas 2specifinių antikūnų) arba pusiau kiekybinis (ty PFI signalo intensyvumo) rodmuo yrarreikalingos.

Visi ABCORA matavimai buvo desuplėšytas iš vienišas matavimai nebentnurodyta kitaip. Norėdami išmatuoti SARS-CoV-2 specifikacijąc antikūnų in kantrus plazma,termiškai inaktyvuotas plazma (1 h adresu56 laipsniųC) buvo praskiestas 1/100 in PBS-BSA1 procnebentkitaip nurodyta. 50 µl praskieskitered plazma buvo inkubuojamas su 50 µl apie į ABCORAantigenas karoliukas kokteilis dėl 30 minučių adresu kambarys temperatūros in 96-šulinių lėkštės, išplautos tris kartus su PBS-BSA 1 proc. ir inkubuojamas atskirose reakcijose wifikoeritrinas (PE)-pažymėtas detektorius antikūnų dėl IgG, IgA arba IgM adresu a finalinė koncentracija apie 1/500 PBS-BSA 1 proc. Šis skiedimas anksčiau buvo apibrėžtasdetektoriaus antikūnų titravimas, kad būtų gauti optimalūs MFI signalai. Po 45 minutes apieinkubuojant kambario temperatūroje, karoliukai tris kartus plaunami PBS-BSA1 procir analizuojama in 96-gerai lėkštės „FlexMap 3D“ skaitytuve („Luminex Corporation“, Ostinas, TX). A minimumas apie 50 karoliukas skaito per antigenas buvo įgytas.

Kontroliuoti, ar nėra tikrų kryžmiškai reaktyvių antikūnųies, kiekviena plazma mėginys buvoįvertino beads be antigenas (tuščia karoliukas kontrolė) in derinys kurioskiekvienas detektorius aantikūnas. Dėl analizė, neapdorotas PFI vertybes buvo transformavosi į PFI-FOE į teisinga dėl fone privalomas.Mes nustatėme tuščią karoliuką MFI-Prieš pandemiją sveikų donorų (N=1016) IgG, IgA ir IgM FOE ir set vidurkis PFI-FOEpliusas4x standartinis nuokrypis kaip tuščios granulės valdymo slenkstis.Į absoliutus lygius, šie slenksčiai sumos į PFI-FOE 41,58 (IgG), 55,91 (IgA), ir 269,47 (IgM).Mmatavimai dėl kurios į tuščia karoliukas kontrolė įrašytas vertybes above tai slenkstis buvo laikomas negaliojančiais ir kartojo.

Kiekviena Luminex analizės 96-šulinėlių plokštelė buvo nustatyta kaip contain į tas pats rinkinys apiekontrolė pavyzdžiai, būtent 7 serijinis 4-sulankstyti SARS-CoV-2 teigiamos kontrolės skiedimaidonoras baseinas (N = 20 donorų, pradedant praskiedimas 1/100, Papildomas Fig. 1f) ir išankstinis-pandemija sveikas donoras baseinas (praskiedimas 1/100, N =20 donorų, papildomas1f pav.). Šios teigiamos ir neigiamos kontrolės leidžia kontroliuoti tyrimo rezultatusncenepriklausomus matavimus ir papildomai įgalinaretrospektyvusjei reikia, standartizavimas prieš išorinę kontrolęded.

Apibrėžimas apie SARS-CoV-2 seropozityvumas in ABCORA 2.0 ir ABCORA 5.0. Įatskirti SARS-CoV-2-specifinius antikūnus nuo kryžmiškai reaguojančių antikūnų,efined PFI- FOE slenksčiai kiekvienam iš 12 SARS-CoV-2 antigenų ir Ig klasės derinios remiantis plazmos antikūnų reveikla in mokymas kohortos (Papildomas Lentelės 3 ir 4). Tarp jų buvo prieš pandeminį sveiką donorą plasma (Treniruotės I, N = 573),donorų su neseniai HCV infekcija (Treniruotės II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63 (N = 22), 229E (N=9)) ir donorams, kuriems patvirtinta SARS-CoV-2 infekcija (Treniruotės III, N = 175). Slenksčiai buvo rinkinys į sumažintiklaidingi teigiami rezultataikol užtikrinant jautrumas dėl SARS-CoV-2aptikti antikūnus ir pasiektibendra specifika aukščiaue99 procir įskaitant lygius dėl siena-linija reaktyvumas dėl IgGUBR,IgG S1, ir IgG N į leisti taip pat kuklus antikūnas reaktyvumas į šie antigenai to būti išnagrinėjo. PFI-FOE skaito apie individualus pavyzdžiai buvo transformavosi įsignalo viršijimo ribinės vertės (SOC) (PFI-FOE/slenkstis). SOC vdydžiai yra naudojamas dėlasilaidainuoti teigiamas reaktyvumas dėl kiekviena individualus antigenas-antikūnas klasė derinys, su SOC > 1 reiškia teigiamą reaktyvumą, o SOC < 1 reiškia neigiamą reaktyvumą.Kada nustatymas individualus slenksčiai, tai privalo būti laikomas kad dėl kiekviena apie į 12 zonduota veikla gali atsirasti kryžminė reakcija. Su 12 atskirų SOC parametrų įrašytas, bendras spcifimiestas valios mažinti jeigu bet koks teigiamas SOC savarankiškai suffices į norma a mėginys apskritai kaip SARS-CoV-2 antikūnas teigiamas. Į pavyzdžiu:Darant prielaidą nepriklausomų atsakų, net didelis 99 procentų specifiškumas kiekvienam antigenui sudarys to bendras mažas 88 procentų specifiškumas viso tyrimo metu. Taigi mums reikėjo užr SARS-CoV-2 teigiamas skambinant in ABCORA 2.0 a minimumas apie du specfimiestai į pasiektiveikla aukščiauįslenkstis. Kombinuotos SOC reikšmės, naudojamos bendrai apibrėžtitam tikro mėginio serostatusas yra išsamiai aprašytas 5 papildomoje lentelėje. IgG UBR, S1, ir N,kuriai taip pat užfiksavome pasienio SOC veiklą, leidome a1 antigeno derinys, reaktyvumas SOC > 1, antrasis reaktyvumas SOC > riba. The final slenkstis ir teigiamas skambinti kriterijai leidžiama dėl diferenciacija iš dalinio (anksti serokonversija su tik IgM ir IgA atsakymus) į pilnas ser-          konversija (įskluding IgG atsakymus) (Papildomas Lentelė 5). Į papildymas, kriterijus žymi silpno reaktyvumo ir (arba) neapibrėžto reaktyvumo mėginius(5 papildoma lentelė).

Kad būtų lengviau palygintieen ABCORA 2.0 ir ABCORA 5.0 į tas patsslenkstis ABCORA 5 naudotos ribinės ribos.0. Mes nusprendėme nekurti konkrečios ribosHCV antikūnų reaktyvumo slenksčiai kaip an tikslūs definicija apie a neigiamasatsakas yra sudėtingas dėl plačiai paplitusio HCoV ir consi poveikioapgailėtinaskryžminė antikūnų reakcijatityvumas tarp juos. HCV atsakymus buvo tačiau įskaitant statistikojekal analizes kaip PFI-FOE vertybes.

Apibrėžimas apie SARS-CoV-2 seropozityvumas naudojant logistikos regresija klasifikacija.

Classifikatijonas apie seropozityvūs prieš seronegatyvus pavyzdžiai in ABCORA 2. 1 buvo realizuotasnaudojantlogistikos regresija. The identiški mokymas ir patvirtinimas duomenis naudojamas dėl į įsteigimas apie ABCORA 2.0 buvo naudojamas. Kaip į ABCORA 2.0 surišimo reaktyvumas buvo labai koreliuojami, į modelį įtraukėme šiuos kintamuosius (papildomas Fig. 6a): į reiškia vertė visų IgG MFI-FOE atsakų (RBD, S1, S2, N), reiškia vertė apie IgA MFI-FOE atsakas prieš UBR, S1 ir S2 ir vidurkis IgM MFI FOE atsakų į UBR, S1 ir S2 reikšmę. IgA ir IgM atsakass į N buvo atmesti, nes jie nesusidarė su kitais to paties I atsakymaisg klasė (Papildomas Fig. 6a). Įvertinimui ir prognozavimui buvo naudojama logistinė regresija tam tikros imties tikimybėe į būti teigiamas (p) kaip aprašyta in lygtis (1).

Parametrų  0, G, A, ir  M buvo įvertintas įjungta į mokymas duomenų rinkinys. A mėginys tada buvo apibrėžiamas kaip teigiamas, jei jo numatoma tikimybė būti teigiama buvo didesnėa slenkstis c/. Ši riba buvo nustatyta siekiant gauti bent 0,99 specifiškumą ir maksimalus treniruočių duomenų rinkinio jautrumas (panašiai to c dėl į atsitiktinis miškas). Įsantrauka, in ABCORA 2. 1, bet koks naujas mėginys apibrėžiamas kaip seropozityvus, jei jo tikimybė seropozityvumas, kaip įvertinta logistine regresija, yra didesnis nei c/. Analizuoja mesre atlikta R versijan 3.6.3. Apibrėžimas apie SARS-CoV-2 seropozityvumas naudojant atsitiktinis miškas klasifikacija.  Seropozityvių ve klasifikacijarusus seronegatyvus pavyzdžiai inįkontekste apie ANKORA 2.0 ir ABCORA 5.0 buvo reallizuotas naudojant a atsitiktinis miškas metodas sekantis įpagrindinė r sąrankaandom miškai kaip aprašyta in57. The atsitiktinis miškas pats buvo pastatytas iš 1000 klasifikacinių medžių, naudojant MFI-FOE atsakus (IgA, IgG,irIgM prieš UBR, S1, S2,N). The tikimybė apie a mėginys esamas teigiamas kaip išankstinis-  padiktuotas atsitiktinio miško yra p vidurkisapiplėšimai baigta visi 1000 medžiai. Galiausiai nustatomas pavyzdysned kaip teigiamas jeigu jos tikimybė apie esamas teigiamas yra aukščiau a threshold c, kurios yra defined kaip į gauti a specfimiestas apie adresu mažiausiai 0.99 ir a maksimalus jautrumas traukinyjeing duomenų rinkinys. Į santrauka, bet koks naujas mėginys yra defined kaipseropozityvus, jei its tikimybė apie esamas seropozityvūs kaip įvertintas pateikė į atsitiktinismiškas yra aukščiau threshold c. Mes atliekami a serija apie atsitiktinis miškas analizes kuri atsižvelgė tik į SARS-CoV-2 arba SARS-CoV-2 ir HCV   atsakymus in ABCORA 2.0 ir ABCORA 5.0: ABCORA 2.2 ir ABCORA 2.3 buvotreniruotas ir naudojamas dėl prognozė įjungta ABCORA 2.0 duomenis ir įskaitant tik SARS-  CoV-2 atsakymus arba SARS-CoV-2 ir HKU1 atsakymai atitinkamai. ANKORA 5.4 (tik SARS-CoV-2 atsakymai) ir ABCORA 5.5 (SARS-CoV-2 ir HCVatsakymus) buvo treniruotas įjungta ABCORA 5.0 duomenys. Išsami informacija apie duomenų įtraukimą pagarbus modeliai yra išvardyti in Papildomas Lentelė 3 ir Papildomas Lentelė 10. Analizės buvo atliktos R versijoje 3.6.3 naudojant paketąes atsitiktinis miškas ir     reindžeris58–61.

Siekdami užtikrinti savo išvadų patikimumą, atlikome sekjautrumas analizė atsitiktiniu būdu mokymo ir patvirtinimo duomenų rinkinius naudojant 5-kartų kryžminį patvirtinimąmetodas. Abu komplektaiapie teigiamas ir negatyvai pavyzdžiai buvo padalintas į five lygusdalys ir mes defined kad būdu five patvirtinimas rinkiniai (susidedančios apie į i-th rinkinys apieteigiamų irį i-th rinkinys apie negatyvai, i = 1.5). The poilsis apie į duomenis buvo naudojamas dėlmokymas į ABCORA 2.3 atsitiktinis miškas. Kiekvieno patvirtinimo rinkinio specifika irjautrumas apie į atsitiktinis miškas buvo apskaičiuotas įjungta į mokymas, patvirtinimas, ir mokymaspliusaspatvirtinimas rinkiniai (Papildomas 6 lentelė).

Patvirtinimas ir patikrinimas naudojant išorės valdikliai. Mes naudojamas į Anti-SARS-  CoV{0}} serologinių tyrimų tikrinimo grupė (NIBSC kodas: 20/B770, NIBSC) įpatikrinkite ABCORA 2.0 ir ABCORA 2.3 testų veikimą. Serumassampluaapie į verifikatijonas skydelis išmatuotas pateikė ABCORA 2.{1}}/2.3 kaip aprašyta ir rezultataipalyginti su komerciškai prieinamų tyrimų rezultatais, apie kuriuos pranešė NIBSC (32 ir 7 papildomą lentelę). Mes supykomeją verifired į jautrumas apie į ABCORA 2 bandymas in aptikti SARS-CoV-2 infekcija in tiesioginis palyginimas su komercinebandymai. AntibOdy statusą apie plazma iš SARS-CoV-2 teigiamas asmenys (N = 171) buvo analizuojamasd su į sekantis bandymas sistemos: Įskaitant bandymas sistemos tikslingai į N baltymas (Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 (Roche Diagnostics GmbH)), UBR regione apie į S baltymas (Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 S tyrimas (Roche Diagnostics GmbH)),ir į S1 subvienetas (EUROIMUNAS Anti-SARS-CoV-2 ELISA (IgG)) (Papildoma8 lentelė). Visi tyrimai buvo atlikti pagalį gamintojas's instrukcijas in į diagnostika vienetas apie į institutas apie Medicinos Virusologija, universitetas Ciurichas, Šveicarija.