Nei afrikietiškas S47, nei P72 TP53 variantas nėra susijęs su sumažėjusia febrilinės maliarijos rizika Malio kohortos tyrime

Fonas. Įrodyta, kad TP53 vaidina svarbų vaidmenį uždegiminiuose procesuose, įskaitant maliariją. Anksčiau mes nustatėme, kad p53 susilpnina parazitų sukeltą uždegimą ir prognozuoja klinikinę apsaugą nuo Plasmodium falciparum infekcijos Malio vaikams. Čia mes ištyrėme, ar p53 kodono 47 ir 72 polimorfizmai yra susiję su skirtinga P. falciparum infekcijos ir nekomplikuotos maliarijos rizika perspektyviame kohortiniame imuniteto maliarijos tyrime.

Metodai. p53 kodono 47 ir 72 polimorfizmai buvo nustatyti sekvenuojant TP53 egzoną 4 631 Malio vaikui ir suaugusiam, įtrauktam į Kalifabougou kohortos tyrimą. Šių polimorfizmų poveikis numatomai febrilinės maliarijos, atsitiktinės parazitemijos rizikai ir laikui iki karščiavimo po incidento parazitemijos per 6 mėnesius nuo intensyvaus maliarijos perdavimo buvo įvertintas naudojant Cox proporcingų pavojų modelius.

Ką daro cistanche žolė - Anti-uždegiminis

Rezultatai. Maliarijos rizikos veiksniai, įskaitant amžių ir hemoglobino S arba C, buvo panašūs tarp asmenų, turinčių arba be p53 S47 ir R72 polimorfizmų. Palyginti su atitinkamais įprastais variantais, nei S47, nei R72 nebuvo susiję su būsimos febrilinės maliarijos, atsitiktinės parazitemijos ar febrilinės maliarijos po parazitemijos rizikos skirtumais.

Išvados. Šie radiniai rodo, kad p53 kodono 47 ir 72 polimorfizmai nėra susiję su apsauga nuo atsitiktinės P. ​​falciparum parazitemijos ar nekomplikuotos febrilinės maliarijos.

Cistanche papildo pranašumai – anti-uždegiminis

Raktažodžiai. maliarija; P47S; p53 polimorfizmai; P72R; perspektyvinis kohortinis tyrimas.

Kliniškai reikšmingiausias maliarijos sukėlėjas Afrikoje, Plasmodium falciparum, užsikrėtė žmones beveik 10,{1}} metų [1]. Per tą laiką didelis mirtingumas nuo sunkios falciparum maliarijos padarė didelį selektyvų spaudimą žmogaus genomui [2]. Taigi specifiniai eritrocitų polimorfizmai, kurie kitu atveju gali būti žalingi šeimininkui (pvz., pjautuvo pavidalo hemoglobino [HbS] mutacija, sukelianti pjautuvinių ląstelių ligą), išliko maliarijos endeminėse populiacijose, nes šios mutacijos suteikia atsparumą maliarijai, todėl eritrocitai tampa mažiau svetingi. invazinis parazitas [3–5]. Viso genomo asociacijos tyrimais buvo nustatyti papildomi polimorfizmai, nesusiję su eritrocitų funkcija, apsaugantys nuo sunkios maliarijos, tačiau net 89% jautrumo sunkiai maliarijai dar turi būti priskirti specifiniams genomo lokusams [6–9]. Be to, trūksta įrodymų apie pinigų eritrocitų šeimininko polimorfizmus, kurie gali apsaugoti nuo nekomplikuotos (nesunkios) maliarijos. Ankstesni tyrimai parodė, kad naviko slopintuvas p53 kontroliuoja maliarijos infekciją. Įrodyta, kad padidėjęs šeimininko p53 kiekis sumažina Plasmodium kepenų stadijos naštą pelėms [10]. Mūsų grupė anksčiau parodė padidėjusią TP53 ir p53 tikslinių genų ekspresiją neinfekuotų Malio vaikų, kuriems vėliau pasireiškė asimptominė P. falciparum parazitemija, kraujyje, palyginti su tais, kurie vėliau sirgo febrili maliarija [11]. Dėl šių stebėjimų kilo klausimas, ar TP53 polimorfizmai gali lemti šiuos klinikinio fenotipo skirtumus. TP53 yra dažniausiai mutavęs genas sergant žmogaus vėžiu, o dauguma missense mutacijų atsiranda karštuose taškuose, kuriuose gausu prolino (55–100 aminorūgštys) arba DNR surišimo domene (102–192 aminorūgštys) [12, 13]. Dažniausiai natūraliai atsirandanti mutacija įvyksta 72 kodone (rs1042522), atsirandanti dėl vieno nukleotido polimorfizmo (SNP) 4 egzone [14, 15]. Prolino liekana šioje padėtyje (P72), laikoma protėvių forma, dažniausiai randama afrikiečių kilmės individams, o arginino liekana (R72) dažniau pasitaiko ne ispanų kilmės baltiesiems amerikiečiams ir europiečiams, o dažnis didėja tiesiškai didėjant platumai. 16, 17]. Nors prolino pakeitimas argininu sukelia reikšmingus struktūrinius ir funkcinius pokyčius [18], manoma, kad abu likučiai veikia pakankamai, kad apsaugotų nuo įvairių vėžio formų, su kuriomis asmenys gali susidurti atitinkamose platumose (apžvelgta [13]). Pažymėtina, kad R72 variantas yra susijęs su šalta temperatūra ir mažu UV intensyvumu [19], tačiau tyrimai, vertinantys kodono 72 polimorfizmų ryšį su odos vėžiu, davė nenuoseklių išvadų [20–23]. Nepaisant padidėjusio P72 dažnio tarp afrikiečių, palyginti su europiečiais [17], kiti pasiūlė, kad R72 variantas gali apsaugoti žmones nuo maliarijos infekcijos [24], remiantis įrodymais, kad R72 padidino apoptotinį potencialą, palyginti su P72. 25] ir kad apoptozė yra mechanizmas, kuriuo šeimininkas pašalina parazituojamus hepatocitus kepenyse [10]. Antras pagal dažnumą p53 koduojantis SNP taip pat atsiranda 4 egzone ir yra lokalizuotas regione, koduojančiame N-galo transaktyvacijos domeną 47 kodone (rs1800371) [26], kur labiau paplitęs prolinas (P47) gali būti pakeistas serinu (S47). ) [27]. Priešingai nei labai dažnas 72 kodono polimorfizmas, S47 variantas žmonėms yra gana retas, o Afrikos populiacijose alelių dažnis yra 2–4 ​​% [26, 27]. Kadangi S47 dar nebuvo aptiktas ne afrikietiškos kilmės amerikiečiams [28], šis polimorfizmas literatūroje buvo vadinamas į afrikietišką variantą. S47 variantas gali sukelti atsparumą nuo geležies priklausomai užprogramuotai ląstelių mirčiai (ferroptozei), todėl padidėja savaiminio vėžio rizika [27, 29]. S47 pelėms ši defektinė ferroptozė gali sukelti geležies kaupimąsi ir priešuždegiminį atsaką į maliarijos pigmento hemozoiną, todėl galima spėlioti, kad S47 variantas gali apriboti maliarijos sukeltą uždegimą ir taip pagerinti asmenų, gyvenančių vietovėse, kuriose intensyviai plinta maliarija, išgyvenamumą. 30]. Žmonių p53 polimorfizmų ir jautrumo maliarijai tyrimai iki šiol buvo riboti. Dviejuose tyrimuose buvo ištirtas ryšys tarp 72 kodono variantų ir maliarijos rizikos žmonėms, kurių rezultatai prieštaringi [24, 31]. Tačiau, mūsų žiniomis, ryšys tarp p53 kodono 47 polimorfizmų ir maliarijos rizikos dar turi būti ištirtas žmonėms. Šiame tyrime mes ištyrėme, ar p53 kodono 47 ir 72 polimorfizmai turi įtakos P. falciparum infekcijos ir klinikinės maliarijos rizikai būsimoje Malio vaikų ir suaugusiųjų grupėje.

cistanche tubulosa – priešuždegiminis

Spustelėkite čia norėdami pamatyti Cistanche produktus

【Paprašyk daugiau】El. paštas:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

METODAI

Studijų planas ir dalyviai

Tyrimo vieta ir tyrimo populiacija aprašyta kitur [32]. Trumpai tariant, tyrimas buvo atliktas Kalifabougou kaime, Malyje, kur P. falciparum maliarijos plitimas yra intensyvus ir sezoninis, vykstantis nuo birželio iki gruodžio [32]. 2011 m. gegužės mėn. įtraukėme 695 sveikus vaikus ir suaugusiuosius nuo 3 mėnesių iki 25 metų į išilginį stebėjimo kohortinį tyrimą, skirtą imunitetui nuo maliarijos tirti, kurio metu kas dvi savaites buvo vykdoma aktyvi maliarijos priežiūra, kas savaitę atliekami patikrinimai namuose ir pasyvus savęs stebėjimas. - kreipimasis. Išskyrimo kriterijai registruojant buvo įtraukti hemoglobino lygis<7 g/dL, axillary temperature >37.5°C, acute systemic illness, underlying chronic disease, use of antimalarial or immunosuppressive medications in the past 30 days, and pregnancy. Malaria episodes were defined as parasitemia of >2500 parazitų viename mikrolitre, pažasties temperatūra yra didesnė nei 37,5 laipsnio per 24 valandas ir nėra jokios kitos karščiavimo priežasties, nenustatytos atliekant fizinį patikrinimą. Epizodai buvo aptikti perspektyviai savarankiškai kreipiantis į tyrimo kliniką ir kassavaitiniais aktyviais klinikinės priežiūros vizitais. Visi asmenys, turintys maliarijos požymių ir simptomų bei bet kokio lygio parazitemiją, aptiktą mikroskopu, buvo gydomi pagal Malio nacionalinės maliarijos kontrolės programos gaires. Numatytų vizitų klinikoje metu kraujas buvo renkamas pirštu kas 2 savaites, kad būtų galima atlikti kraujo tepinėlių ir džiovintų kraujo dėmių (DBS) ant filtravimo popieriaus. Besimptomės P. ​​falciparum infekcijos buvo aptiktos mikroskopu tiriant kraujo tepinėlius ir atlikus polimerazės grandininės reakcijos (PGR) kraujo dėmių analizę stebėjimo laikotarpio pabaigoje. Pirmosios P. falciparum infekcijos buvo aptiktos retrospektyviai naudojant išilgai surinktų DBS PGR, kaip aprašyta kitur [32]. Pirmieji maliarijos epizodai buvo nustatyti pagal klinikinio vizito duomenis. Hemoglobino vertės, išmatuotos HemoCue analizatoriumi, buvo naudojamos anemijos būklei nustatyti, remiantis Pasaulio sveikatos organizacijos kriterijais. Hemoglobino tipavimas HbS buvo atliktas naudojant D-10 hemoglobino tyrimo sistemą (Bio-Rad). Trys klinikinės klasės su skirtingu klinikinio imuniteto lygiu buvo aprašytos kitur [11].

DNR išskyrimas ir sekos nustatymas

Genominė DNR buvo išskirta iš viso kraujo mėginių 3 metodais: (1) iš viso kraujo granulių (100 μL), naudojant QIAamp 96 DNA Blood Kit (Qiagen), pagal gamintojo protokolą; (2) iš DBS naudojant QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) pagal gamintojo protokolą; arba (3) iš DBS naudojant pasirinktinį didelio našumo ekstrahavimo metodą, kaip aprašyta kitur [33]. Išgryninta genominė DNR buvo panaudota TP53 4 egzonui amplifikuoti PGR, naudojant šiuos anksčiau paskelbtus pradmenis [34]: 5′-TGAGGACCTGGTCCTCTGAC- 3′ (pirmyn) ir atvirkštinis 5′-AGAGGAATCCCAAAGTTC CA{18}}′. atvirkštinis). PGR amplifikacija buvo atlikta naudojant HotStarTaq Plus Master Mix Kit (Qiagen) 60 laipsnių atkaitinimo temperatūroje pagal gamintojo rekomenduojamą protokolą. Amplifikuoti PGR produktai buvo išgryninti ir sekvenuoti naudojant grandinės nutraukimo metodą Quintara Biosciences. Gauti sekos failai buvo analizuojami naudojant „Benchling“ programinę įrangą (2022.2.3 leidimas; https://benchling.com) ir suderinti su TP53 etalonine seka (geno identifikatorius 7157; Nacionalinis biotechnologijos informacijos centras). Baziniai iškvietimai, apie kuriuos pranešė programinė įranga, buvo rankiniu būdu patikrinti pagal chromatogramas. Sugeneruotas sekas bus galima rasti „GenBank“ (prieigos Nr. OP593553–OP594185).

Statistinė analizė

Kaplan-Meier kreivės buvo naudojamos siekiant įvertinti atitinkamas tikimybes, kad nebus (1) klinikinės maliarijos, (2) P. falciparum parazitemijos arba (3) febrilinės maliarijos, kai ji buvo parazitinė. Laikas iki febrilinės maliarijos, kuri buvo parazitinė, kaip pradžios laikas buvo naudojamas atsitiktinės parazitemijos laikas, apskaičiuotas kaip vidurio taškas tarp paskutinio neigiamo P. falciparum PGR rezultato ir pirmojo teigiamo P. falciparum PGR rezultato. Kokso proporcingų pavojų modeliai buvo naudojami siekiant įvertinti Wald statistiką, skirtą laiko skirtumų tarp TP53 variantų, esančių 47 arba 72 kodone, reikšmingumui patikrinti atliekant vienmačius tyrimus arba analizėse, kuriose buvo naudojami kovariacijos, kaip nurodyta lentelėse. Kruskal-Wallis rangų sumos testas buvo naudojamas siekiant palyginti grupių skirtumus, siekiant gauti nuolatinius rezultatus. Kategoriniams kintamiesiems buvo atliktas grupių palyginimas naudojant χ 2 testus. Statistinis reikšmingumas buvo apibrėžtas kaip 2-sudėtinė P reikšmė<.05. All analyses were performed using R software (version 4.2.0).

cistanche augalą stiprinanti imuninė sistema

Etinis patvirtinimas

Kalifabougou kohortos tyrimą patvirtino Bamako mokslų universiteto Medicinos, farmacijos ir odontologijos fakulteto etikos komitetas, Technika ir technologija bei Nacionalinio alergijos ir infekcinių ligų instituto institucinė peržiūros taryba, Nacionaliniai sveikatos institutai. . Rašytinis informuotas sutikimas buvo gautas iš suaugusių dalyvių ir dalyvaujančių vaikų tėvų ar globėjų. Šį tyrimą Indianos universiteto Institucinė peržiūros taryba patvirtino kaip neapmokestinamų žmonių tyrimą (protokolas 2005922267).

REZULTATAI

TP53 polimorfizmų dažnis tarp tyrimo dalyvių

Iš 695 asmenų, iš pradžių įtrauktų į Kalifabougou kohortą, 631 turėjo pakankamai genominės DNR TP53 4 egzono sekai nustatyti. Sekos derinimas atskleidė 40 individus (6,3 %) su S47 polimorfizmais, iš kurių 33 buvo heterozigotiniai ir 7 homozigotiniai (1 lentelė). R72 polimorfizmai pastebėti 327 asmenims (51,8 %), iš kurių 206 (32,6 %) buvo heterozigotiniai ir 121 (19,2 %) homozigotiniai (1 lentelė). Nei kodono 47, nei kodono 72 polimorfizmai nebuvo Hardy-Weinberg pusiausvyroje (Haldane'o tikslus testas, atitinkamai P=6,5 × 10-6 ir P=1,0 × 10-12). Galimų maliarijos rizikos modifikatorių pasiskirstymas (amžius, lytis, HbS arba hemoglobinas, esama P. falciparum parazitemija ir anemija) reikšmingai nesiskyrė TP53 variantų grupėse nei S47, nei R72 (1 lentelė). Visi 6 asmenys, kurie buvo heterozigotiniai tiek S47, tiek R72 alelių atžvilgiu, buvo vyrai ir PGR teigiamas P. falciparum (1 lentelė).

Nėra ryšio tarp TP53 kodono 47 ir kodono 72 polimorfizmų su mažesne klinikinių maliarijos epizodų ar P. falciparum incidento rizikaParazitemija

Buvo atlikta laiko iki įvykio analizė, siekiant ištirti ryšį tarp S47 ir P72 variantų ir febrilinės maliarijos riziką. Pradinė analizė tarp P47 / P47, P47 / S47 ir S47 / S47 neparodė reikšmingo maliarijos rizikos skirtumo (duomenys nerodomi), tikriausiai dėl mažų heterozigotinių P47 / S47 ir homozigotinių S47 / S47 genotipų mėginių dydžių. Taigi šie genotipai buvo suskirstyti į vieną sluoksnį. 72 kodono heterozigotiniai ir homozigotiniai genotipai buvo išlaikyti kaip 3 atskiri sluoksniai. Nebuvo reikšmingų skirtumų tarp laiko iki pirmojo klinikinio maliarijos epizodo tarp P47/P47 (mediana [95% pasikliautinasis intervalas], 184 [165-210] dienos) ir S47 varianto (151 [133-210] diena) genotipų arba tarp P72/P72 (183 [59–210] dienų) ir P72/R72 (210 [160–210] dienų) arba R72/R72 (159 [142–210] dienų) genotipai, atliekant bet kurią iš vienmačių analizių (1A ir 1B pav. ) arba pakoreguotos analizės, apimančios amžių, lytį, pradinę parazitemiją, anemiją ir HbS buvimą kaip kovariatus (1 papildoma lentelė). Asmenys, kuriems buvo P47 / S47 ir P72 / R72, parodė panašią klinikinės maliarijos riziką kaip ir P47 / P47 ir P72 / P72 homozigotiniai asmenys (1 papildomas paveikslas). Įrodyta, kad padidėjęs p53 sumažina Plasmodium kepenų stadijos naštą pelių modeliuose [10]. Todėl nustatėme, ar TP53 polimorfizmai buvo susiję su skirtinga atsitiktinių P. falciparum infekcijų rizika, kaip nustatyta intensyvios, aktyvios PGR stebėjimu asmenims, pradėjusiems tyrimą P. falciparum PGR neigiamai (n=330). Mes nenustatėme reikšmingo laiko skirtumo iki pirmosios PGR aptinkamos P. falciparum infekcijos tarp P47/P47 (mediana [95 % pasikliautinasis intervalas], 85 [81–91] dienos) ir S47 varianto (85 [58–124]). dienų) genotipų arba tarp P72/P72 (88 [80–95] dienų) ir P72/R72 (81 [72–91] dienų) arba R72/R72 (91 [80–116] dienų) genotipų, atliekant bet kurią iš vienmačių analizių ( 1C ir 1D paveikslai) arba pakoreguotos analizės, apimančios atitinkamus kintamuosius (2 papildoma lentelė).

Nėra ryšio tarp TP53 polimorfizmų ir apsaugos nuo febrilinės maliarijos po P. falciparum parazitemijos arba genų ekspresijos skirtumų

Mūsų grupė anksčiau nustatė Kalifabougou kohortos vaikų pogrupį, kurie incidento metu buvo karščiuojantys, PGR patvirtinta P. falciparum parazitemija [11]. Šie vaikai buvo klasifikuojami kaip „uždelstas karščiavimas“ arba „imuninis“, atsižvelgiant į tai, ar jie progresavo iki karščiavimo po 2–14 dienų, ar išliko besimptomiai likusią maliarijos sezono dalį. Šie 2 pogrupiai parodė padidėjusią TP53 ir TP53 tikslinių genų ekspresiją prieš infekciją, palyginti su vaikais, kurie buvo karščiuojantys P. falciparum parazitemijos („ankstyvosios karštligės“) metu [11]. Norėdami nustatyti, ar TP53 polimorfizmai buvo susiję su uždelstu karščiavimu ar imuniniais fenotipais, ištyrėme S47 ir R72 polimorfizmų pasiskirstymą šiuose pogrupiuose, tačiau nepastebėjome jokių reikšmingų skirtumų tarp 3 klinikinių fenotipų (2 lentelė). Pakartotinai ištyrus TP53 ekspresiją RNR-seq transkriptuose, gautuose kiekvieno vaiko sveikoje pradinėje linijoje (n=80) [11], naudojant 47 ir 72 kodono polimorfizmus, įprastų polimorfizmų ir atitinkamų jų variantų skirtumų nerasta (2 pav.). Norėdami nustatyti, ar S47 arba P72 variantai yra susiję su apsauga nuo maliarijos karštligės, kuri buvo parazitinė tėvų grupėje, nustatėme febrilinės maliarijos riziką, kaip pradžios laiką naudodami pirmosios parazitemijos laiką. Čia įtraukėme visus asmenis, kurie P. falciparum tyrimą pradėjo neigiamu PGR ir vėliau turėjo PGR patvirtintą P. falciparum parazitemiją (n=292). Pogrupiuose, turinčiuose S47 arba P72 polimorfizmą, nepastebėta jokių reikšmingų laiko iki pirmojo karščiavimo skirtumų, kai buvo užsikrėtę parazitais, palyginti su jų atitinkamais įprastais genotipais, atliekant vienmačius tyrimus (3A ir 3B paveikslai). Nors buvo tendencija didinti febrilinės maliarijos riziką, kadaise parazituojant S47, palyginti su P47 / P47 (3A pav.), šis skirtumas tapo statistiškai nereikšmingas, kai buvo pakoreguota pagal atitinkamus kintamuosius, tokius kaip amžius ir HbS (3 papildoma lentelė).

DISKUSIJA

Priešingai nei sunki maliarija, šeimininko genetiniai polimorfizmai, susiję su atsparumu nekomplikuotai maliarijai, pirmiausia buvo susiję su eritrocitų genų variantais [2, 5]. Nors keli ne eritrocitų genai buvo siejami su apsauga nuo sunkios maliarijos [6, 7, 9], tik keli genai, dalyvaujantys uždegiminiame atsake, būtent NOS2 ir TNF, buvo konkrečiai susiję su skirtinga nekomplikuotos ar lengvos maliarijos rizika. [2, 35–38]. Transkripcijos faktorius p53 palaiko ląstelių homeostazę, reaguodamas į streso signalus, reguliuodamas platų spektrą pasroviui taikinių, įskaitant uždegiminius kelius, kurie kartu slopina onkogeninius procesus [39]. Lėtinio uždegimo onkogeninis potencialas yra gerai žinomas [40], ir vis daugėja įrodymų, kad p53 gali moduliuoti šeimininko uždegimą patogenų kontekste [41, 42]. Pagrįsdama tai, mūsų grupė anksčiau pastebėjo, kad padidėjusi TP53 ir jo pasroviui skirtų taikinių ekspresija buvo susijusi su apsauga nuo karščiavimo P. falciparum parazitemijos metu, o tai rodo, kad p53 iš pradžių galėjo slopinti febrilinį atsaką maliarijos infekcijos metu [11]. Ankstesniame tyrime pelėms, turinčioms p53 S47 variantą, pasireiškė priešuždegiminis atsakas į maliarijos pigmento hemozoiną, o tai rodo, kad specifiniai p53 polimorfizmai gali apriboti uždegimą maliarijos infekcijų metu žmonėms [30]. Uždegiminio poveikio lipopolisacharidu kontekste pelių, turinčių p53 R72 polimorfizmą, išgyvenamumas padidėjo, palyginti su P72 pelėmis, o tai reiškia, kad R72 variantas gali apsaugoti nuo patologinių atsakų į gramneigiamas bakterijas [43]. Čia įvertinome, ar 47 ar 72 kodono polimorfizmai turi įtakos P. falciparum maliarijos rizikai numatomoje išilginėje kohortoje ir parodė, kad nė vienas iš šių polimorfizmų nėra susijęs su skirtinga atsitiktinės parazitemijos ar karščiuojančios maliarijos rizika. Be to, nė vienas iš šių TP53 polimorfizmų nebuvo per daug atstovaujamas tarp vaikų, kurie buvo apsaugoti nuo maliarinės karštligės ir kurie parodė padidėjusią TP53 ir jo taikinių ekspresiją prieš infekciją ankstesniame mūsų grupės tyrime [11]. Mūsų išvados atitinka ankstyvųjų Ganos moterų (n=314) ir Ruandos vaikų (n=545) skerspjūvio tyrimus, kurie neparodė jokio ryšio tarp R72 polimorfizmo ir P. falciparum infekcijos paplitimo ar parazitų intensyvumo. [31]. Vienintelis kitas paskelbtas p53 polimorfizmų sergant maliarija tyrimas buvo naujagimių tyrimas Sardinijoje, kurio metu nustatytas didesnis numanomo nuo maliarijos apsauginio R72 homozigotinio genotipo dažnis srityje, kurioje anksčiau buvo didesnis maliarijos endemiškumas (n=46), palyginti su vietovė, kurioje anksčiau buvo mažesnė maliarijos endemija (n=47) [24]. Remdamiesi prielaida, kad p53 R72 variantas turi sustiprintą apoptotinį potencialą [25] ir todėl gali užkirsti kelią kepenų stadijos infekcijai per parazituotų hepatocitų apoptozę [10], autoriai teigė, kad maliarijos endemiškumas galėjo būti teigiamai atrinktas R72 polimorfizmui [24]. ]. Tačiau šios hipotezės nepatvirtina mūsų duomenys, rodantys, kad laikas iki PGR patvirtintos parazitemijos tarp 72 kodono genotipų nesiskiria. Be to, nuo maliarijos apsaugantis R72 polimorfizmas negalėjo paaiškinti, kodėl P72 alelis yra labiau paplitęs afrikiečiams nei europiečiams [17], o tai reikštų, kad P72 yra alelis, parinktas išlaikyti maliarijos endeminėse populiacijose pagal " maliarijos hipotezė“ [8]. Gali būti, kad R72 suteikiamas funkcinis aktyvumas nėra susijęs su febrilinės maliarijos rizika. Kaip minėta pirmiau, nors R72 variantas gali apsaugoti peles nuo lipopolisacharidų poveikio [43], tyrimų su pelėmis metu buvo įrodyta, kad jis taip pat skatina uždegimą laikantis riebios dietos [44] arba krūties vėžio [45]. Taigi, kaip R72 polimorfizmas veikia uždegiminį atsaką, gali priklausyti nuo sutrikimo tipo ir aštrumo.

1 lentelė. Galimi maliarijos rizikos ir TP53 genotipų veiksniai

Figure 1. p53 Codon 47 and 72 polymorphisms and malaria risk in the Kalifabougou cohort during the 2011 malaria season. Kaplan-Meier curves of time to first febrile malaria episode (defined as >2500 parasites per microliter by blood smear and axillary temperature >37,5 laipsnio ) (A, B) ir laikas iki pirmosios polimerazės grandininės reakcijos (PGR) – patvirtinta Plasmodium falciparum parazitemija (C, D), suskirstyta pagal nurodytus p53 varianto genotipus. C ir D analizė apėmė tik tuos asmenis, kuriems maliarijos sezonas buvo neigiamas P. falciparum PGR. Reikšmė buvo nustatyta pagal Cox proporcingą pavojų, naudojant Wald testo statistiką. Lentelėse nurodytas rizikos grupėje esančių asmenų skaičius nurodytomis dienomis nuo įregistravimo. Santrumpa: HR, pavojaus santykis.

2 lentelė. TP53 genotipų pasiskirstymas tarp vaikų, turinčių diferencinį jautrumą febrilinei maliarijai po pirminės Plasmodium falciparum parazitemijos

2 pav. TP53 ekspresija 47 ir 72 kodono polimorfizmais. TP53 ekspresija nurodytais p53 kodonais 47 (A) ir 72 (B) polimorfizmais 80 Malio vaikų viso kraujo mėginiuose, esant sveikiems, neužkrėstiems pradiniams 2011 m. gegužės mėn., prieš maliarijos sezoną [11]. Reikšmė buvo nustatyta naudojant Wilcoxon testą (A) arba dispersijos analizę (B). Genų ekspresija pranešama kaip log2 skaičius milijonui (MUT).

Ryšio tarp 47 arba 72 kodono variantų ir apsaugos nuo maliarijos nebuvimas taip pat gali būti paaiškintas tuo, kad jie neturi įtakos p53 ekspresijai, kaip matyti iš mūsų duomenų (2 pav.) ir ankstesniuose tyrimuose [27, 46]. Viena iš pagrindinių mūsų grupės ankstesnio tyrimo išvadų buvo ta, kad p53 ekspresija ir jo pasroviui taikiniai buvo padidinta vaikams, kurie buvo apsaugoti nuo ankstyvos karščiavimo incidento parazitemijos metu [11], o tai rodo, kad uždegimui kontroliuoti gali prireikti p53 ekspresijos indukcijos. Nors S47 variantas sumažina gebėjimą sukelti apoptozę, palyginti su P47, p53 baltymo ekspresija ląstelėje vis tiek išlieka panašiai [27]. Tai kartu su pastebėjimu, kad nė vienas labiausiai apsaugotos „imuninės“ grupės vaikas neturėjo S47 varianto, rodo, kad apoptozės sumažėjimas dėl šio polimorfizmo yra mažai tikėtinas mechanizmas, kuriuo p53 veikia maliarinę karštligę. Panašiai R72 polimorfizmas yra funkciškai reikšmingas, bet nebūtinai padidina p53 ekspresiją [25, 46]. Atrankinės jėgos laikui bėgant gali padidinti palankių alelių dažnį. S47 alelis buvo 6,3% įvertintų dalyvių, iš kurių 1,1% buvo homozigotiniai, todėl alelių dažnis buvo 3,7%, o tai atitinka anksčiau nurodytą 2–4% afrikiečių iš Afrikos į pietus nuo Sacharos [28]. Ir atvirkščiai, R72 alelis buvo 51,8% dalyvių (19,2% homozigotinių), todėl alelių dažnis šioje populiacijoje buvo 35,5%. P72 alelio vyravimas Malio kohortoje atitinka padidėjusį šio alelio dažnį platumose, esančiose arčiau pusiaujo, o tai buvo priskiriama natūraliai atrankai [17].

cistanche nauda vyrams - stiprina imuninę sistemą

Kyla pagunda spėlioti, kodėl S47 alelis tarp afrikiečių išlaikomas toks mažas. Atsižvelgiant į tai, kad S47 sumažino apoptotinį potencialą, palyginti su P47 [27], mažas S47 alelio dažnis gali būti paaiškintas tinkamumo išlaidomis, susijusiomis su jo priežiūra dėl selektyvių trūkumų, nesusijusių su patologiniu uždegimu maliarijos metu, pavyzdžiui, padidėjusi krūties vėžio rizika prieš menopauzę. [47]. Tačiau S47 variantas, ribodamas hemozoino sukeltą uždegiminį atsaką [30], vis tiek gali apsaugoti nuo sunkesnės maliarijos. Kadangi dabartiniame tyrime buvo vertinama tik nekomplikuota P. falciparum maliarija, jame nebuvo nagrinėjama, ar kuris nors iš šių polimorfizmų buvo susijęs su sunkios maliarijos rizikos sumažėjimu. Verta paminėti nežymų ryšį tarp dvigubo heterozigotiškumo (P47/S47 ir P72/R72) ir besimptomės P. ​​falciparum parazitemijos gegužės mėn. registruojantis (1 lentelė). Intensyvios, sezoninės maliarijos zonose lėtinė besimptomė P. falciparum infekcija sausojo sezono pabaigoje rodo didesnį kumuliacinį imunitetą maliarijai [48]. Kadangi šių 6 dvigubų heterozigotinių asmenų amžiaus vidurkis yra didesnis, palyginti su kitomis grupėmis, per didelis asimptominės parazitemijos skaičius šiame genotipe gali būti tiesiog atsitiktinė praeitos maliarijos poveikio funkcija, o ne p53 polimorfizmų pasekmė. Norint patvirtinti dvigubo heterozigoto genotipo reikšmę, reikėtų atlikti papildomus kohortinius 47 ir 72 kodonų p53 polimorfizmų ir maliarijos rizikos tyrimus. Reikia pažymėti daugiau šio tyrimo apribojimų. Nors mūsų tyrimas yra vienas iš didesnių iki šiol atliktų p53 polimorfizmų ir maliarijos rizikos tyrimų, tik 7 iš 631 dalyvio buvo homozigotiniai S47 atžvilgiu, o tai ribojo mūsų galimybes aptikti ryšį. Be to, mes įvertinome tik p53 polimorfizmus 4 egzone ir todėl galėjome nepastebėti kitų potencialiai svarbių mutacijų, įskaitant 3KR mutacijas (K117R + K161R + K162R), apimančias p53 acetilinimo vietas [49]. Pažymėtina, kad įvertinome 117 kodoną, esantį 4 egzone, ir nustatėme, kad yra tik lizinas. Taip pat neįvertinome polimorfizmų TP53 nekoduojančiuose regionuose arba p53 reguliatoriuose, kurie gali turėti įtakos p53 baltymų lygiu, pavyzdžiui, MDM2 [28, 50]. Naujos kartos sekos nustatymo metodai, kurie visapusiškai įvertina polimorfizmus 5 'ir 3' neverčiamuose regionuose, taip pat visuose TP53 ir p53 reguliatorių koduojančiuose regionuose, galėtų išspręsti šiuos apribojimus. Galiausiai nenustatėme, ar p53 genotipai skiriasi savo p53 ekspresija ląstelių lygiu, o tai galėjo suteikti svarbių įžvalgų, ar 47 ir 72 kodono polimorfizmas gali paveikti p{51}}reguliuojamus kelius. Apibendrinant, dabartinis tyrimas pateikia įrodymų, kad nei 47 kodono, nei 72 kodono p53 variantai neapsaugo nuo maliarijos, matuojant pagal laiką iki P. falciparum parazitemijos ir nekomplikuotos febrilinės maliarijos. Atsižvelgiant į žemesnį S47 alelio dažnį šioje populiacijoje, reikėtų atlikti didesnius tyrimus, kad būtų patvirtinta, kad S47 variantas nėra susijęs su maliarijos rizika.

3 pav. p53 kodono 47 ir 72 polimorfizmai ir febrilinės maliarijos rizika po parazitemijos. Kaplan-Meier nubrėžia laiką iki pirmosios karščiuojančios maliarijos, naudojant pirmąją polimerazės grandininę reakciją, patvirtintą Plasmodium falciparum kraujo stadijos infekciją, kaip pradžios laiką, stratifikuotą p53 kodono 47 (A) arba kodono 72 (B) varianto polimorfizmais. Reikšmė buvo nustatyta pagal Cox proporcingą pavojų, naudojant Wald testo statistiką. Lentelėse parodytas rizikos grupėje esančių asmenų skaičius nurodytu laiku nuo įregistravimo. Santrumpa: HR, pavojaus santykis.

Papildomi duomenys

Papildomos medžiagos galima rasti internete The Journal of Infectious Diseases. Skelbiama medžiaga, sudaryta iš autorių pateiktų duomenų, kad būtų naudinga skaitytojui, nėra kopijuojama ir už ją atsako tik autoriai, todėl klausimai ar komentarai turėtų būti adresuojami atitinkamam autoriui.

Pastabos

Padėkos. Norėtume padėkoti tyrimo dalyviams ir tyrimų pagalbiniam personalui Kalifabugu ir Bamake, Malyje. Taip pat esame dėkingi Shanping Li, Emily LaVerriere ir Daniel E. Neafsey už genominės medžiagos ir techninių nurodymų teikimą.

Autoriaus indėlis. PDC ir TMT sumanė projektą. SD, KK, AO, BT, PDC ir TMT sukūrė pradinį kohortos tyrimą, o SD, KK, AO ir BT jį įgyvendino. ELG atliko eksperimentus. JB, AU, ELG ir TMT atliko duomenų analizę. PDC suteikė papildomų išteklių. JB, PDC ir TMT parašė rankraštį. Visi autoriai perskaitė ir patvirtino rankraštį.

Atsisakymas. Už turinį atsako tik autoriai ir jis nebūtinai atspindi oficialią Nacionalinių sveikatos institutų nuomonę.

Finansinė parama. Šį darbą palaikė Nacionalinis alergijos ir infekcinių ligų institutas (NIAID) ir Nacionaliniai sveikatos institutai (subsidijos R01AI158719 ir K08AI125682 TMT). Kalifabougou kohortos tyrimą remia NIAID Intramural tyrimų skyrius.

Galimi interesų konfliktai. Visi autoriai: nepranešta apie konfliktus. Visi autoriai pateikė ICMJE formą galimiems interesų konfliktams atskleisti. Konfliktai, kuriuos redaktoriai laiko reikšmingais rankraščio turiniui, buvo atskleisti.

Nuorodos

1. Sundararaman SA, Plenderleith LJ, Liu W ir kt. Paslaptingų šimpanzių Plasmodium rūšių genomai atskleidžia pagrindinius evoliucijos įvykius, sukeliančius žmogaus maliariją. Nat Commun 2016; 7:11078.

2. Kwiatkowski DP. Kaip maliarija paveikė žmogaus genomą ir ką apie maliariją gali išmokyti žmogaus genetika. Am J Hum Genet 2005; 77:171–92.

3. Allison AC. Apsauga, kurią suteikia pjautuvo pavidalo ląstelių savybė nuo subtertinės maliarijos infekcijos. Br Med J 1954; 1:290–4.

4. Lell B, May J, Schmidt-Ott RJ ir kt. Raudonųjų kraujo kūnelių polimorfizmų vaidmuo atsparumui ir jautrumui maliarijai. Clin Infect Dis 1999; 28:794–9.

5. Lopera-Mesa TM, Doumbia S, Konate D ir kt. Raudonųjų kraujo kūnelių variantų poveikis vaikystės maliarijai Malyje: perspektyvus kohortos tyrimas. Lancet Haematol 2015; 2: e140–9.

6. Ravenhall M, Campino S, Sepulveda N ir kt. Nauji genetiniai polimorfizmai, susiję su sunkia maliarija ir esant selektyviam slėgiui šiaurės rytų Tanzanijoje. PLoS Genet 2018; 14:e1007172.

7. Ndila CM, Uyoga S, Macharia AW ir kt. Žmogaus kandidato genų polimorfizmai ir sunkios maliarijos rizika vaikams Kilifyje, Kenijoje: atvejo kontrolės asociacijos tyrimas. Lancet Haematol 2018; 5:e333–45.

8. Ebel ER, Uricchio LH, Petrov DA, Egan ES. Maliarijos hipotezės peržiūra: poligeniškumo ir pleiotropijos įvertinimas. Trends Parasitol 2022; 38:290–301.

9. Maliarijos genominės epidemiologijos tinklas. Įžvalgos apie jautrumą maliarijai naudojant genomo duomenis apie 17,{3}} asmenų iš Afrikos, Azijos ir Okeanijos. Nat Commun 2019; 10:5732.

10. Kaushansky A, Ye AS, Austin LS ir kt. Šeimininko p53 slopinimas yra labai svarbus Plasmodium kepenų stadijos infekcijai. Cell Rep 2013; 3:630–7.

11. Tran TM, Guha R, Portugal S ir kt. Molekulinis parašas kraujyje atskleidžia p53 vaidmenį reguliuojant maliarijos sukeltą uždegimą. Imunitetas 2019 m.; 51:750–65.e10.

12. Baugh EH, Ke H, Levine AJ, Bonneau RA, Chan CS. Kodėl sergant žmogaus vėžiu yra TP53 geno hotspot mutacijų? Ląstelių mirties skirtumas 2018 m.; 25:154–60.

13. Hoyos D, Greenbaum B, Levine AJ. Missense mutacijų genotipai ir fenotipai p53 baltymo prolino domene. Ląstelių mirties skirtumas 2022 m.; 29:938–45.

14. Harris N, Brill E, Shohat O ir kt. Žmogaus p53 baltymo heterogeniškumo molekulinis pagrindas. Mol Cell Biol 1986; 6:4650–6.

15. Matlashewski GJ, Tuck S, Pim D, Lamb P, Schneider J, Crawford LV. Pirminės struktūros polimorfizmas žmogaus p53 72 aminorūgščių liekanoje. Mol Cell Biol 1987; 7: 961–3.

16. Katkoori VR, Jia X, Shanmugam C ir kt. Prognozinė p53 kodono 72 polimorfizmo reikšmė skiriasi priklausomai nuo gaubtinės ir tiesiosios žarnos adenokarcinomos rasės. Clin Cancer Res 2009; 15: 2406–16.

17. Beckman G, Birgander R, Sjalander A ir kt. Ar p53 polimorfizmą palaiko natūrali atranka? Hum Hered 1994; 44:266–70.

18. Thomas M, Kalita A, Labrecque S, Pim D, Banks L, Matlashewski G. Du laukinio tipo p53 polimorfiniai variantai skiriasi biochemiškai ir biologiškai. Mol Cell Biol 1999; 19:1092–100. 19. Shi H, Tan SJ, Zhong H ir kt. Žiemos temperatūra ir UV yra glaudžiai susiję su genetiniais p53 naviko slopinimo kelio pokyčiais Rytų Azijoje. Am J Hum Genet 2009; 84:534–41.

20. McGregor JM, Harwood CA, Brooks L ir kt. Ryšys tarp p53 kodono 72 polimorfizmo ir jautrumo saulės nudegimui ir odos vėžiui. J Invest Dermatol 2002; 119: 84–90.

21. Nan H, Qureshi AA, Hunter DJ, Han J. Sąveika tarp p53 kodono 72 polimorfizmo ir melanokortino 1 receptorių variantų dėl atsako į įdegį ir odos melanomos rizikos. Br J Dermatol 2008; 159:314–21.

22. Cotignola J, Chou JF, Roy P ir kt. MDM2 SNP309 ir TP53 Arg72Pro polimorfizmų įtakos odos melanomos atsiradimo amžiui tyrimas. J Invest Dermatol 2012; 132:1471–8.

23. Liu T, Lei Z, Pan Z ir kt. Genetinis ryšys tarp p53 kodono 72 polimorfizmo ir odos plokščiųjų ląstelių karcinomos rizikos. Tumor Biol 2014; 35:3899–903.

24. Gloria-Bottini FMG, Saccucci P, Bottini E. P53 kodonas 72 ir buvęs sergamumas maliarija Sardinijoje. Malar Chemoth Cont elimination 2013; 2(1):107.

25. Dumont P, Leu JI, Della Pietra AC 3rd, George DL, Murphy M. 72 kodono polimorfiniai p53 variantai turi ryškiai skirtingą apoptotinį potencialą. Nat Genet 2003; 33:357–65. 26. Felley-Bosco E, Weston A, Cawley HM, Bennett WP, Harris CC. P53 geno 47 kodono gemalo linijos polimorfizmo funkciniai tyrimai. Am J Hum Genet 1993; 53:752–9.

27. Li X, Dumont P, Della Pietra A, Shetler C, Murphy ME. 47 kodono polimorfizmas p53 yra funkciniu požiūriu reikšmingas. J Biol Chem 2005; 280:24245–51.

28. Barnoud T, Parris JLD, Murphy ME. Dažni genetiniai variantai TP53 kelyje ir jų poveikis vėžiui. J Mol Cell Biol 2019; 11:578–85.

29. Jennis M, Kung CP, Basu S ir kt. Afrikai būdingas TP53 geno polimorfizmas pažeidžia p53 naviko slopinimo funkciją pelės modelyje. Genes Dev 2016; 30: 918–30.

30. Singh KS, Leu JI, Barnoud T ir kt. Į Afriką orientuotas TP53 variantas padidina geležies kaupimąsi ir bakterijų patogenezę, bet pagerina atsaką į maliarijos toksiną. Nat Commun 2020; 11:473.

31. Gai PP, Meese S, Bedu-Addo G, Gahutu JB, Mockenhaupt FP. Ganos primiparae ir Ruandos vaikams p53 kodono 72 polimorfizmas nesusijęs su maliarija. Am J Trop Med Hyg 2014; 90:1133–4.

32. Tran TM, Li S, Doumbo S ir kt. Intensyvus išilginis kohortos tyrimas, kuriame dalyvavo Malio vaikai ir suaugusieji, neparodė įgyto imuniteto Plasmodium falciparum infekcijai įrodymų. Clin Infect Dis 2013; 57:40–7.

33. LaVerriere E, Schwabl P, Carrasquilla M ir kt. Multipleksinių amplikonų sekos plokščių, skirtų infekcinės ligos genominei epidemiologijai, projektavimas ir įgyvendinimas: maliarijos atvejo tyrimas. Mol Ecol Resour 2022; 22: 2285–303.

34. Kawaguchi H, Ohno S, Araki K ir kt. p53 Su žmogaus papilomos virusu susijusio stemplės vėžio polimorfizmas. Cancer Res 2000; 60:2753–5.

35. Kun JF, Mordmuller B, Perkins DJ ir kt. Azoto oksido sintazė 2Lambaréné (G-954C), padidina azoto oksido gamybą ir apsaugo nuo maliarijos. J Infect Dis 2001; 184:330–6.

36. Flori L, Delahaye NF, Irako FA, Hernandez-Valladares M, Fumoux F, Rihet P. TNF kaip maliarijos kandidato genas: lengvo maliarijos priepuolio ir parazitemijos Burkina Fase polimorfizmo atranka ir šeima pagrįsta asociacijos analizė. Genes Immun 2005; 6:472–80.

37. Fugtagbi G, Otu PS, Abdul-Rahman M ir kt. TNF-alfa, MBL2, NOS2 ir G6PD susiejimas su maliarijos pasekmėmis žmonėms Pietų Ganoje. Genet Res (Camb) 2022 m.; 2022: 6686406.

38. Meyer CG, May J, Luty AJ, Lell B, Kremsner PG. TNFalpha-308A yra susijęs su trumpesniais Plasmodium falciparum pakartotinės infekcijos intervalais. Audinių antigenai 2002; 59:287–92.

39. Cooks T, Harris CC, Oren M. Pateko į kryžminę ugnį: p53 uždegimas. Kancerogenezė 2014 m.; 35:1680–90.

40. Coussens LM, Werb Z. Uždegimas ir vėžys. Gamta 2002; 420:860–7.

41. Madenspacher JH, Azzam KM, Gowdy KM ir kt. p53 Integruoja šeimininko gynybą ir ląstelių likimą bakterinės pneumonijos metu. J Exp Med 2013; 210:891–904.

42. Menendez D, Shatz M, Azzam K, Garantziotis S, Fessler MB, Resnick MA. Toll tipo receptorių genų šeima yra integruota į žmogaus DNR pažeidimus ir p53 tinklus. PLoS Genet 2011; 7:e1001360.

43. Frank AK, Leu JI, Zhou Y ir kt. P53 kodono 72 polimorfizmas reguliuoja sąveiką su NF-κB ir genų, susijusių su imunitetu ir uždegimu, transaktyvaciją. Mol Cell Biol 2011; 31:1201–13.

44. Kung CP, Leu JI, Basu S ir kt. P53 P72R polimorfizmas skatina nutukimą ir medžiagų apykaitos sutrikimus. Cell Rep 2016; 14:2413–25.

45. Gunaratna RT, Santos A, Luo L ir kt. Dinaminis kodono 72 p53 vieno nukleotido polimorfizmo vaidmuo pieno liaukos navikogenezėje humanizuotame pelės modelyje. Onkogenas 2019; 38:3535–50.

46. ​​Kim BY, Lee SY, Chung SK. Diferencinis polimorfinio p53 kodono 72 transkripcijos reguliavimas metabolizmo keliuose. Int J Mol Sci 2021; 22:10793.

47. Murphy ME, Liu S, Yao S ir kt. Funkciškai reikšmingas SNP TP53 ir krūties vėžio rizika afroamerikiečių moterims. NPJ krūties vėžys 2017 m.; 3:5.

48. Portugal S, Tran TM, Ongoiba A ir kt. Lėtinės besimptomės Plasmodium falciparum infekcijos gydymas nedidina klinikinės maliarijos rizikos pakartotinai užsikrėtus. Clin Infect Dis 2017; 64:645–53.

49. Li T, Kon N, Jiang L ir kt. Naviko slopinimas nesant p53-tarpininkaujamo ląstelių ciklo sustabdymo, apoptozės ir senėjimo. Ląstelė 2012; 149:1269–83.

50. Grochola LF, Zeron-Medina J, Meriaux S, Bond GL. Vieno nukleotido polimorfizmai p53 signalizacijos kelyje. Cold Spring Harb Perspect Biol 2010; 2:a001032.