Genetinių tyrimų vaidmuo atliekant inkstų ligomis sergančių vaikų diagnostikos darbą: vienos institucijos patirtis Ⅱ

CES ir šeimų segregacijos tyrimai leido nustatyti priežastinius variantus reikšmingai pacientų daliai

Visiems pacientams buvo atlikta CES ir buvo išanalizuotas variantų prioritetas ir anotacija pagal aukščiau aprašytus kriterijus (1 pav.). Iš viso variantai buvo nustatyti 154 pacientams (80,6 %), o 37 pacientams (19,4 %) variantų nebuvo. Nustatyta(-ų) varianto(-ų) Sangerio patvirtinimas ir šeimos segregacijos tyrimai iki šiol buvo atlikti 90 iš 154 pacientų (58,4 proc.). Šis metodas leido mums (i) visais atvejais patvirtinti CES nustatytus variantus, (ii) patvirtinti jų atskyrimą nuo fenotipo ir (iii) nustatyti de novo variantus. Iš pacientų grupės, kuriai CES nustatė variantus, įtikinama genetinė ataskaita buvo gauta 71 (46,1 %; 49 pacientams variantai buvo patvirtinti Sangerio sekos nustatymo ir šeimos segregacijos tyrimais), o 22 (14,3 %) ir 61 ( 39,6 proc. pacientų liko neaiški genetinė diagnozė arba buvo atitinkamai priskirti prie neaiškių (3 pav.).

Apskritai, CES taikymas ir, kai tik įmanoma, šeimos segregacijos tyrimai leido mums pasiekti genetinę diagnozę daugeliu atvejų. Diagnostikos rezultatai yra nevienalyti, kai atsižvelgiama į skirtingas ligų makrokategorijas su ciliopatijomis, kurių diagnostikos dažnis yra didesnis (74,4 % diagnozuotų pacientų), po to seka nefrolitiazė ir tubulopatijos (atitinkamai 45,5 % ir 45 %), glomerulopatijos ir CAKUT (24,2 ir 20,6). %). Makrokategorija „kiti“ buvo pati nevienalyčiausia ir pateikė mažiausią diagnostinį rezultatą, tik 1 pacientui buvo nustatyta genetinė diagnozė iš 14 (7,1 %; 1 lentelė). Nenuostabu, kad vertinant teigiamą ir neigiamą šeimą, ankstesnė pacientų grupė parodė didesnį diagnostikos rodiklį – diagnozuota 59,5 % pacientų (1 lentelė).

SPAUSKITE ČIA, KAD GAUTI AUKŠČIAUSIAS KOKYBĖS CISTANCHE UŽGLOMERULIŲ LIGOS

Variantų pasiskirstymas ir charakteristikos diagnozuotoje pacientų grupėje

Žvelgiant į pacientus, turinčius galutinę genetinę ataskaitą, buvo nustatyti 96 variantai 32 genuose ir išvardyti pacientų genetinėse ataskaitose (4a pav. ir 1 papildoma byla: S1–S6 lentelės). Analizuojant duomenis galima atsižvelgti į keletą svarstymų: (i) Keli pacientai, turintys daugiau nei vieną variantą tame pačiame arba skirtinguose genuose, neatsižvelgiant į sudėtinius heterozigotinius variantus recesyviniuose genuose (pvz., #41, #43, #). 109; 4a pav. ir 1 papildoma byla: S2, S3 lentelės). Didelė šių atvejų dalis priklauso ciliopatijų makrokategorijai ir konkrečiaipolicistinė inkstų liga, keliantis klausimą, ar papildomi PKD1 geno variantai gali turėti klinikinį poveikį, dėl kurio galima diagnozuoti anksčiau (rankraštis ruošiamas). (ii) Labiausiai pasikartojantys genai kohortoje buvo COL4A5 ir PKD1, atitinkantys Alport ir autosominės dominuojančios policistinės inkstų ligos (ADPKD) ligos dažnį. (iii) Dauguma nustatytų variantų yra netiesioginės mutacijos (n=53; 55,2 %), po kurių seka kadrų poslinkis (n=15; 15,6 %), nesąmonė (n=14; 145,6 %) , ir sujungimo variantai (n=9; 9,4 %). Be to, buvo pranešta apie 5 skirtingus CNV, susijusius su genais, sukeliančiais CAKUT arba glomerulų ligas (5, 2%; 4a pav. ir 1 papildomas lapelis: S1–S6 lentelės). (iv) Nefrolitiazė ir tubulopatijos sukėlė daugiausiai C5 variantų (atitinkamai n=6 ir n=4) ir mažiausiai C3 mutacijų (kiekviena n=1), kurios buvo priešingai, labai būdinga ciliopatijai (n=20). C4 variantai reprezentavo daugiausiai mutacijų tarp visų ligų makrokategorijų (4b pav.).

v) Remiantis įtikinamais genetiniais pranešimais, CES leido nustatyti patogeninius C5 variantus 17 pacientų (24 %), galimus patogeninius C4 variantus 34 (47,9 %), nežinomos reikšmės variantus – VUS C3 16 asmenų (22,5 %). ir 4 atvejais variantai, klasifikuojami C3/C4 (5,6%). Žvelgiant į variantų tipą / dažnį pacientams ir paveldėjimo būdą, dauguma C5 variantų buvo heterozigotinės mutacijos (n=8), po kurių seka homozigotinės (n=6) ir sudėtinės heterozigotinės (n) =2) variantai. C5 CNV buvo šios kategorijos dalis. Panašus pasiskirstymo modelis pasirodė ir C4 ir C3 variantams, dažniausiai heterozigotinės mutacijos (atitinkamai n=23 ir n=9; 4c pav.).

(vi) Svarstant Europos ir ne Europos tiriamuosius, reikšmingų diagnostikos rodiklių skirtumų nebuvo pabrėžta, nors reikia turėti omenyje, kad pirmoji grupė sudarė didžiąją kohortos dalį. Galiausiai (vii) nepriklausomai nuo nagrinėjamos ligos kategorijos, dauguma nustatytų variantų jau buvo paskelbti ir susiję su specifiniais klinikiniais fenotipais (4d pav.). Ciliopatijos, ypač policistinė inkstų liga, buvo vienintelis įtarimas, rodantis didelį nepaskelbtų variantų skaičių (13 iš 46), tikriausiai dėl didesnio nustatytų variantų skaičiaus, palyginti su kitomis ligų kategorijomis. Visi nustatyti variantai yra išsamiai aprašyti 1 papildomame faile: S1–S6 lentelėse.

Diskusija

Sunkus retas vaikams,CKDdaro didelę neigiamą įtaką normaliam augimui ir vystymuisi, kenkia gyvenimo kiekiui ir kokybei. Naujausi suaugusiųjų ir vaikų, kuriems buvo persodintas inkstas arba kurie yra įtraukti į transplantacijos laukiančiųjų sąrašą arba yra Europos inkstų asociacijos – Europos dializės ir transplantacijos asociacijos (ERA-EDTA) registruose, analizė rodo, kad iki 27 % jų transplantacijos metu nediagnozuojami [7]. Remiantis šiais duomenimis, išanalizavę Italijos nacionalinio transplantacijos centro transplantacijų registrą, neseniai pranešėme, kad maždaug 17,2 % vaikų grupės neturėjo aiškios klinikinės diagnozės [6]. Be to, nagrinėjant skirtingas ligų kategorijas, didžioji dauguma buvo paveikta retų ligų ir iki 50 % – monogeninės ligos [6]. Šie rezultatai rodo, kad genetinis patikrinimas gali būti vertingas priedas didinant diagnostikos greitį. Tai taip pat yra galinga priemonė patvirtinti klinikinę diagnozę, taip pat suprasti genetiką, pabrėžiančią sudėtingesnes ar sindromines ligas, galiausiai įtakojančią prognozę, valdymą ir pacientų gydymą.

Čia pateikiame sistemingo galingo genetinio tyrimo, tokio CES, naudojimo nefropatijų paveiktų vaikų diagnostikos darbe rezultatus. Apskritai, galutinis genetinis testas, pagrįstas CES, o po to Sangerio segregacijos tyrimais, buvo atliktas 37, 1% pacientų, o atsižvelgiant į skirtingas ligų makrokategorijas, buvo nustatytas tam tikras nevienalytiškumas. Kaip ir tikėtasi, remiantis klinikiniu vaizdu, didžiausias aptikimo rodiklis buvo ciliopatijos (74,4 %), po to sekė nefrolitiazė (45,5 %) ir kanalėlių ligos (45%), o dauguma glomerulų ligų ir CAKUT liko nenustatyti. Glomerulų ligų atveju neigiamas genetinis testas yra svarbus pats savaime, nes jis atmeta struktūrinę ligos priežastį, o tai turi reikšmingos įtakos klinikiniam valdymui ir transplantacijos rezultatams.

Šie duomenys atitinka anksčiau paskelbtus rezultatus, nors kai kurie skirtumai gali būti užregistruoti atsižvelgiant į pacientų grupę, ypač labai homogeniškoms kohortoms, daugiausia pagrįstoms ta pačia etnine grupe (2 lentelė). Reikia pažymėti, kad daugelis šeimų, kuriose buvo nustatytas VUS, šiuo metu yra tiriamos dėl variantų segregacijos, o tai greičiausiai pagerina šiuos rezultatus.

Šie rezultatai pabrėžia NGS pagrįsto genetinio testo svarbą kartu su šeimos atskyrimo tyrimais ir (arba) papildomais testais (pvz., MLPA, masyvo-CGH), kaip įprastos diagnostikos darbo eigos dalimi. Be diagnozės svarbos, šie testai leidžia mums nustatyti kitus šeimos narius, kurie gali turėti tuos pačius patogeninius variantus, taip pat įvertinti ligos pasikartojimo riziką. Be to, atsižvelgiant į tai, kad nemaža dalis šiųpacientams reikalinga inkstų transplantacijaTam tikru momentu galimybė atlikti genetinį testą, kad būtų galima patikrinti šeimos narius, turi svarbių pasekmių renkantis gyvą donorą šeimoje.

Antras dalykas, kurį reikia aptarti, yra tam tikrų ligų genetinių ir negenetinių priežasčių skirtumo svarba. Pavyzdžiui, esant vaikui, sergančiam steroidams atspariu nefroziniu sindromu (SRNS), būtina atmesti sąlygas, kurias sukelia genų, koduojančių podocitų struktūrinius baltymus, mutacijos. Tai gali padėti tobulinti terapiją, nes vaikai, turintys patogeninius podocitų genų variantus, paprastai neturi naudos iš imunosupresinio gydymo ar prognozuojamų prognozių, nes „imunologinis“ SRNS dažniau pasikartos po transplantacijos. Genetinė diagnozė taip pat gali lemti mažiauinkstų biopsijos, ypač pacientams, sergantiems glomerulopatija.

Trečias svarbus genetinių tyrimų aspektas vaikų klinikinės diagnostikos darbo eigoje yra genetinių variantų identifikavimo transliacinis poveikis. Iš tiesų, yra veiksmingų genų, o tai reiškia, kad atitinkamos ligos sąlygos gali būti gydomos atsižvelgiant į patogeninių variantų buvimą, pavyzdžiui, renino ir angiotenzino blokados atveju pacientams, turintiems patogeninius COL4A3 / COL4A4 / COL4A5 genų variantus. Taip pat, turėdami genetinę ataskaitą, galite išvengti nenaudingo ar net žalingo gydymo, pavyzdžiui, imunosupresinio gydymo pacientams, turintiems kolageną koduojančių genų mutacijas [5]. Be to, jis gali būti naudingas pacientams stratifikuojant ir įvertinant galimą pasikartojimo riziką po inksto persodinimo. Pavyzdžiui, pacientams, kuriems diagnozuotas netipinis hemolizinis ureminis sindromas ir kurių genetinė ataskaita yra teigiama, identifikuojantys patogeninius CFH, C3 arba CFB genų variantus, po transplantacijos yra vidutinė arba didelė pasikartojimo rizika [28]. Jiems ekulizumabo skyrimas parodė reikšmingus teigiamus rezultatus, kai retais atvejais nebuvo atkryčio ar atkryčio, o pacientams, kuriems yra nedidelė rizika, jo vartojimo galima išvengti [28–30].

Ketvirtas dalykas yra susijęs su šeimos planavimu, nes kalbame apie vaikų populiaciją, kurios tėvai gali norėti turėti papildomų vaikų. Galimybė nustatyti genetinę diagnozę gali būti labai naudinga konsultuojant genetinę problemą, siūlant porai visas galimas būsimo nėštumo galimybes. Atsižvelgiant į tai, atsižvelgiant į dabartinę kohortą, 2 skirtingais atvejais prenatalinė diagnozė buvo atlikta naudojant Sangerio seką, patikrinant vaisius dėl specifinio varianto, kurį CES iš pradžių nustatė probandoje.

Ketvirtas dalykas, kurį reikia pabrėžti, yra susijęs su NGS nustatytų C3-VUS variantų skaičiumi, kuris visada kelia rimtą dilemą dėl jų vaidmens ligos pradžioje ir progresavime ir kaip apie juos galima pranešti genetinės konsultacijos metu. Pastaraisiais metais ši tema buvo nagrinėjama kuriant ir kuriant naujas skaičiavimo metodikas, kuriose atsižvelgiama ne tik į nukleotidų išsaugojimą ir baltymų poveikį, bet ir į genų asociacijos tinklus bei kelių jungtis. Papildomos užuominos, kaip iššifruoti tikrąją C3 variantų prasmę, gali būti gaunamos iš transkriptominės analizės, nustatant nenormalią raišką ar aberrantinius sujungimo mechanizmus, taip pat funkcinio patvirtinimo tyrimai [31, 32]. Galiausiai svarbu pabrėžti periodinės pakartotinės neigiamų ar neįtikinamų genetinių ataskaitų analizės ir periodinio C3 variantų pakartotinio vertinimo svarbą. Toks požiūris grindžiamas i) naujų genų ir (arba) ligos variantų asociacijų atradimu, (ii) atnaujinta informacija iš viešai prieinamų duomenų bazių, (iii) genetinių variantų klasifikavimu, pagrįstu funkciniais įrodymais, (iv) gerinimu. in silico įrankiai, naudojami duomenų derinimui ir variantų anotacijai [33]. Iki šiol Italijos žmogaus genetikos draugija (SIGU) arba Amerikos medicinos genetikos ir genomikos koledžo gairės nepateikė aiškaus laiko intervalo, po kurio neigiami / neįtikinami atvejai arba C3 variantai turi būti iš naujo išanalizuoti, nurodymo. Tačiau abi šios institucijos siūlo peržiūrėti neigiamus atvejus arba variantų klasifikaciją, remiantis naujais laboratorijos arba išorinių šaltinių (pvz., literatūros ar duomenų bazių) išvadomis arba pagal gydytojų prašymus [34–36]. Atsižvelgiant į šį paskutinį diskusijos tašką, verta paminėti, kad kai kuriais atvejais buvo rastas vienas recesyvinių genų variantas, labai suderinamas su klinikiniu fenotipu. Nors per se šie variantai negali paaiškinti klinikinio pateikimo, svarbu iš naujo išanalizuoti ir galbūt iš naujo suderinti pradinius sekos duomenis, siekiant nustatyti, ar galima rasti antrą priežastinį variantą.

Paskutinis dalykas, kurį reikia aptarti, yra finansinis šių testų poveikis nacionalinei sveikatos priežiūros sistemai. Italijos sistemoje CES, po kurio atliekama riboto skaičiaus genų analizė (<8) is in the range of 1200 euros, all included, while larger panels are approximately double the amount. While these costs may seem elevated, a timely diagnosis may avoid unnecessary additional tests, including biopsies and may lead to optimized patient care and to early identification of family members with the same disease or at risk of developing the same disease. Family segregation studies are in the range of 150 euros per variant tested per person. In our view, to make this diagnostic work efficient and sustainable, it is necessary to identify local/ regional "reference hubs" that can centralize these analyses, reducing costs and accumulating essential experience in variant calling and interpretation.

Apskritai šie rezultatai patvirtina, kad svarbu įtraukti įprastus genetinius tyrimus ir konsultacijas į vaikų, sergančių nefropatijomis, diagnostikos darbo eigą, kai įtariama monogeninė būklė arba kurių šeimos istorija teigiama. Šių pacientų genetiniai tyrimai turėtų būti svarstomi diagnostinės kelionės pradžioje, nes tai gali pagerinti klinikinį valdymą, sutaupyti nereikalingo gydymo ar diagnostinių procedūrų, nustatyti kitus šeimos narius, kuriems gali kilti tų pačių genetinių variantų rizika, ir, jeiinkstų persodinimas, lemia optimalų gyvų donorų pasirinkimą.

Nuorodos

1. Singh P, Harris PC, Sas DJ, Lieske JC. Inkstų akmenligės genetika

2. ir nefrokalcinozė. Nat Rev Nephrol. 2022;18(4):224–40. Raina R, Vijayvargiya N, Khooblall A, Melachuri M, Deshpande S, Sharma D, Mathur K, Arora M, Sethi SK, Sandhu S. Vaikų netipinė hemolizė

3. progresuoja ureminis sindromas. Ląstelės. 2021;10(12):3580. Kagan M, Pleniceanu O, Vivante A. Įgimtų inkstų ir šlapimo takų anomalijų genetinis pagrindas. Pediatr Nephrol. 2022; 37:2231. 4. Torra R, Furlano M, Ortiz A, Ars E. Genetinės inkstų ligos kaip nepakankamai pripažinta lėtinės inkstų ligos priežastis: pagrindinis tarptautinio registro ataskaitų vaidmuo. Clin Kidney J. 2021;14(8):1879–85.

5. Dalyviai KC. Lėtinės inkstų ligos genetika: inkstų ligos išvados: pasaulinių rezultatų gerinimas (KDIGO) ginčų konferencija. Kidney Int. 2022;101(6):1126–41.

6. Vaisitti T, Peritore D, Magistroni P, Ricci A, Lombardini L, Gringeri E, Catalano S, Spada M, Sciveres M, Di Giorgio A ir kt. Retų ir monogeninių ligų dažnis vaikų organų transplantacijos gavėjams Italijoje. Orphanet J Retas Dis. 2021;16(1):374.

7. Kramer A, Boenink R, Stel VS, Santiuste de Pablos C, Tomovic F, Golan E, Kerschbaum J, Seyahi N, Ioanou K, Beltran P ir kt. ERA-EDTA registro 2018 m. metinė ataskaita: santrauka. Clin Kidney J. 2021;14(1):107–23.

8. Domingo-Gallego A, Pybus M, Bullich G, Furlano M, Ejarque-Vila L, Lor ente-Grandoso L, Ruiz P, Fraga G, Lopez Gonzalez M, Pinero-Fernandez JA ir kt. Klinikinis genetinių tyrimų naudingumas sergant ankstyva inkstų liga: pagrindiniai veikėjai yra septyni genai. Nephrol Dial Transpl. 2022;37(4):687–96.

9. Tullus K, Webb H, Bagga A. Steroidams atsparaus nefrozinio sindromo gydymas vaikams ir paaugliams. Lancet Child Adolesc Health. 2018;2(12):880–90. 10. Kienzl-Wagner K, Waldegger S, Schneeberger S. Ligos pasikartojimas – damoklo kardas persodinant inkstus dėl pirminės židininės segmentinės glomerulosklerozės. Priekinis imunolis. 2019; 10:1669

„Wecistanche“ – didžiausio cistansų eksportuotojo Kinijoje – pagalbinė tarnyba:

El. paštas:wallence.suen@wecistanche.com

WhatsApp / Tel.:+86 15292862950

Įsigykite daugiau specifikacijų:

https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop

SPAUSKITE ČIA, norėdami GAUTI NATŪRALĮ ORGANINIŲ CISTANČIŲ EKSTRAKTĄ, SU 25% ECHINAKOZIDU IR 9% AKTEOZIDU NAUDOJANT INKŠTŲ INFEKCIJĄ