6 dalis: Epigenominės ir transkriptominės sąveikos atmintis formuojantis ir atsimenant hipokampo engramų ansamblyje žemėlapis

ali.ma@wecistanche.com

Pls spustelėkite čia, kad pamatytumėte 5 dalį

Spustelėkite norėdamiCistanche stiebas gali pagerinti atmintį

Nuorodos

1. Alberini CM transkripcijos veiksniai ilgalaikėje perspektyvojeAtmintisir sinaptinis plastiškumas. Physiol. Rev 89, 1–46 (2014).

2. Josselyn SA, Köhler S & Frankland PW Engramos radimas. Nat. Rev. Neurosci 16, 521–534 (2015). [PubMed: 26289572]

3. Albo Z & GräffJ Engram Excitement. Neuron 101, 198–200 (2019). [Pubmed: 30653932]

4. Poo M. ming ir kt. Kas yraatmintis? Dabartinė engramos būsena. BMC Biol (2016). doi:10,1186/s12915-016-0261-6

5. Guenthner CJ, Miyamichi K, Yang HH, Heller HC ir Luo L Nuolatinė genetinė prieiga prie laikinai aktyvių neuronų per TRAP: tikslinės rekombinacijos neaktyvios populiacijos. Neuron 78, 773–784 (2013). [Pubmed: 23764283]

6. Denny CA ir kt. Hipokampasatmintispėdsakus skirtingai moduliuoja patirtis, laikas ir suaugusiųjų neurogenezė. Neuron 83, 189–201 (2014). [Pubmed: 24991962]

7. Ramirez S ir kt. Klaidos kūrimasAtmintisHipokampe. Mokslas (80-.). 341, 819–824 (2013).

8. Khalaf O ir kt. Atsiminimo sukeltų neuronų pakartotinis aktyvavimas prisideda prie nuotolinės baimėsatmintisslopinimas. Mokslas (80-.). 1242, 1239–1242 (2018).

9. Levenson JM & Sweatt JD Epigenetiniai mechanizmai inatmintisformavimas. Nat. Neurosci 6, 108–118 (2005). [Pubmed: 15654323]

10. Gräff J ir kt. Epigenetinis pradėjimasatmintisatnaujinama konsolidavimo metu, siekiant susilpninti tolimus baimės prisiminimus. Cell 156, 261–276 (2014). [Pubmed: 24439381]

11. Nguyen TA ir kt. Didelio našumo funkcinis promotoriaus ir stipriklio veiklos palyginimas. Genome Res 26, 1023–1033 (2016). [Pubmed: 27311442]

12. Malik AN ir kt. Funkcinių neuronų aktyvumo stiprintuvų genomo mastu identifikavimas ir apibūdinimas. Nat Neurosci 17, 1330–1339 (2015).

13. Su Y ir kt. Neuronų veikla keičia chromatino prieinamumo kraštovaizdį suaugusiųjų smegenyse. Nat.Neurosci 20, 476–483 (2017). [Pubmed: 28166220]

14. Rajarajan P, Gil SE, Brennand KJ & Akbarian S Erdvinio genomo organizavimas ir pažinimas. Nat. Rev. Neurosci 17, 681–691 (2016). [PubMed: 27708356]

15. Lieberman-Aiden E ir kt. Išsamus tolimųjų sąveikų žemėlapis atskleidžia žmogaus genomo lankstymo principus. Mokslas (80-.). (2009). doi:10.1126/mokslas.1181369

16. Dekker J ir kt. 4D branduolio projektas. Gamta (2017). doi:10.1038/nature23884

17. Yu M & Ren B Trimatė žinduolių genomų organizacija. Annu. Rev. Cell Dev. Biol (2017). doi:10.1146/annurevcellbio-100616-060531

18. Shlyueva D, Stampfel G & Stark A Transkripcijos stiprikliai: nuo savybių iki genomo masto prognozių. Nat. Rev. Genet 15, 272–286 (2014). [Pubmed: 24614317]

19. Nader K, Schafe GE & Le Doux JE Baimės prisiminimams reikalinga baltymų sintezė migdoliniame kūne, kad po atkūrimo vėl susijungtų. Gamta (2000). doi: 10.1038/35021052

20. Rao-Ruiz P ir kt. „Engram“ būdingas kontekstinio transkripto profiliavimasatmintiskonsolidacija. Nat. Bendruomenė (2019). doi: 10,1038/s41467-019-09960-x

21. Halder R ir kt. DNR metilinimo pokyčiai plastiškumo genuose lydi atminties formavimąsi ir palaikymą. Nat. Neurosci. 19, 102–110 (2015). [PubMed: 26656643]

22. Park CS, Rehrauer H & Mansuy IM H4K5 acetilinimo, susijusio su baime, genomo analizėatmintispelėse. BMC genomika (2013). doi:10.1186/1471-2164-14-539

23. Kim T ir kt. Plačiai paplitusi neuronų aktyvumo reguliuojamų stiprintuvų transkripcija. Nature 465, 182–187 (2010). [PubMed: 20393465]

24. Vierbuchen T ir kt. AP-1 transkripcijos faktoriai ir BAF kompleksinis tarpinio signalo priklausomo stipriklio pasirinkimas. Mol. Cell 68, 1134–1146.e6 (2017). [PubMed: 29225033]

25. Weintraub AS ir kt. YY1 yra stipriklio-promoterio kilpų struktūrinis reguliatorius. Ląstelė 171, 1573– 1588.e28 (2017). [Pubmed: 29224777]

26. Bonev B ir kt. Daugialypis 3D genomo perjungimas pelės nervinio vystymosi metu. Cell 171, 557–572.e24 (2017). [PubMed: 29053968]

Cistanche gali pagerinti atmintį

27. Fernandez-Albert J ir kt. Neatidėliotini ir atidėti epigenominiai in vivo neuronų aktyvacijos parašai pelės hipokampe. Nat. Neurosci (2019). doi:10.1038/s41593-019-0476-2

28. Yamada T ir kt. Jutimo patirtis pertvarko genomo architektūrą neuroninėje grandinėje, kad paskatintų motorinį mokymąsi. Gamta (2019). doi:10.1038/s41586-019-1190-7

29. Schoenfelder S ir kt. Pluripotentinė reguliavimo grandinė, jungianti promotorius su jų toli sąveikaujančiais elementais. Genome Res. 25, 582–597 (2015). [Pubmed: 25752748]

30. Sanyal A, Lajoie BR, Jain G & Dekker J Genų promotorių ilgalaikės sąveikos kraštovaizdis. Gamta (2012). doi: 10.1038/nature11279

31. Joo JY, Schaukowitch K, Farbiak L, Kilaru G & Kim TK Neuronų c-fos stiprintuvų specifinis kombinatorinis funkcionalumas. Nat. Neurosci (2015). doi:10.1038/nn.4170

32. Jaeger BN ir kt. Naujas aplinkos sukeltas transkripcijos parašas numato reaktyvumą vienos dantytos granulės neuronuose. Nat. Bendruomenė (2018). doi:10.1038/s41467-018-05418-8

33. Tyssowski KM ir kt. Skirtingi neuronų aktyvumo modeliai sukelia skirtingas genų ekspresijos programas. Neuronas (2018). doi:10.1016/j.neuron.2018.04.001

34. Gaidatzis D, Burger L, Florescu M & Stadler MB Introninių ir egzoninių skaitymų RNA-seq duomenų analizė apibūdina transkripcijos ir potranskripcijos reguliavimą. Nat. Biotechnologija (2015). doi:10.1038/nbt.3269

35. Chandra D ir kt. GABAA receptorių 4 subvienetai tarpininkauja ekstrasinapsiniam talamo ir danties slopinimui bei gaboksadolio veikimui. Proc. Natl. Akad. Sci (2006). doi:10.1073/ pans.0604304103

36. Pignatelli M ir kt. Engram ląstelių sužadinimo būsena lemia atminties atkūrimo efektyvumą. Neuron 101, 274–284.e5 (2019). [PubMed: 30551997]

37. Sun X ir kt. Funkciškai ryškūs neuronų ansambliai atminties engramoje. Ląstelė (2020). doi:10.1016/j.cell.2020.02.055

38. Yuan A & Nixon RA Specializuotas neurofilamentinių baltymų vaidmuo sinapsėse: svarba neuropsichiatriniams sutrikimams. Smegenų tyrimų biuletenis (2016). doi:10.1016/j.brainresbull.2016.09.002

39. Bramham CR & Wells DG Dendritinė mRNR: transportavimas, transliacija ir funkcija. Nat. Rev. Neurosci 8, 776–789 (2007). [Pubmed: 17848965]

40. Choi JH ir kt. Tarpregioniniai sinapsiniai žemėlapiai tarp engramų langelių yra pagrindasatmintisformavimas. Mokslas (80-.). (2018). doi: 10.1126/science.aas9204

41. Shi SH ir kt. Greitas stuburo pristatymas ir AMPA receptorių perskirstymas po sinapsinio NMDA receptorių aktyvavimo. Mokslas (80-.). (1999). doi:10.1126/science.284.5421.1811

42. Ostroff LE, Fiala JC, Allwardt B & Harris KM Poliribosomos persiskirsto iš dendritinių kotų į stuburus su išsiplėtusiomis sinapsėmis LTP metu besivystančiose žiurkių hipokampo pjūviuose. Neuronas (2002). doi:10.1016/S0896-6273(02)00785-7

43. Chung SH ir kt. Zac1 vaidina pagrindinį vaidmenį kuriant specifinius neuronų pogrupius pelių smegenyse. Neural Dev (2011). doi:10.1186/1749-8104-6-25

44. Ravasi T ir kt. Kombinatorinio transkripcijos reguliavimo atlasas pelėje ir žmoguje. Ląstelė (2010). doi:10.1016/j.cell.2010.01.044

45. Schlisio S, Halperin T, Vidal M ir Nevins JR YY1 sąveika su E2F, tarpininkaujant RYBP, suteikia E2F funkcijos specifiškumo mechanizmą. EMBO J 21, 5775–5786 (2002). [Pubmed: 12411495]

46. ​​Korb E, Wilkinson CL, Delgado RN, Lovero KL & Finkbeiner S Lankas branduolyje reguliuoja nuo PML priklausomą GluA1 transkripciją ir homeostatinį plastiškumą. Nat. Neurosci (2013). doi:10.1038/nn.3429

47. Prickett AR ir kt. Genomo ir tėvų alelių specifinė CTCF ir kohezino DNR surišimo pelių smegenyse analizė atskleidžia specifinį audinių surišimo modelį ir ryšį su įspaustais skirtingai metiluotais regionais. Genome Res 23, 1624–1635 (2013). [PubMed: 23804403]

48. Kinde B, Wu DY, Greenberg ME ir Gabel HW DNR metilinimas genų kūne įtakoja MeCP{1}}sukeliamas genų represijas. Proc. Natl. Akad. Sci 113, 15114–15119 (2016). [PubMed: 27965390]

49. Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY & Greenleaf WJ Natūralaus chromatino perkėlimas greitam ir jautriam atviro chromatino epigenominiam profiliavimui, DNR surišančių baltymų ir nukleosomų padėties nustatymui. Nat. Methods 10, 1213–1218 (2013). [PubMed: 24097267]

50. Langmead B & Salzberg SL Greito tarpo skaitymo lygiavimas su Bowtie 2. Nat. Metodai (2012). doi: 10.1038/nmeth.1923

51. Li H ir kt. Sekos lygiavimo / žemėlapio formatas ir SAMtools. Bioinformatika (2009). doi: 10.1093/bioinformatics/btp352

52. Zhang Y ir kt. Modeliu pagrįsta ChIP-Seq (MACS) analizė. Genome Biol (2008). doi: 10,1186 / GB-2008-9-9-r137

53. Stark R & Brown G DiffBind: ChIP-Seq smailių duomenų diferencinė surišimo analizė. Cancer Res (2011). doi: 10.1093/nar/gkv1191

54. Robinson MD & Oshlack AA mastelio normalizavimo metodas RNR-seq duomenų diferencinės ekspresijos analizei. Genome Biol (2010). doi: 10,1186 / GB -2010-11-3-r25

55. Thorvaldsdóttir H, Robinson JT ir Mesirov JP Integrative Genomics Viewer (IGV): didelio našumo genomikos duomenų vizualizavimas ir tyrinėjimas. Trumpai. Bioinform (2013). doi: 10.1093/bib/bbs017

56. Ernst J & Kellis M Chromatino būsenos atradimas ir genomo anotacija naudojant ChromHMM. Nat. Protoc. 12, 2478–2492 (2017). [Pubmed: 29120462]

57. Benner C, Heinz S & Glass CK HOMER – Programinė įranga, skirta motyvų atradimui ir naujos kartos sekos analizei. Http://Homer.Ucsd.Edu/ (2017).

58. Schep AN ir kt. Struktūriniai nukleozomų pirštų atspaudai leidžia didelės skiriamosios gebos atvaizduoti chromatino architektūrą reguliavimo regionuose. Genome Res (2015). doi:10.1101/gr.192294.115

59. Heinz S ir kt. Paprasti liniją lemiančių transkripcijos faktorių deriniai yra pagrindiniai cis-reguliaciniai elementai, reikalingi makrofagų ir B ląstelių tapatybei. Mol. Ląstelė (2010). doi:10.1016/ j.molcel.2010.05.004

60. Trapnell C ir kt. RNR-seq eksperimentų su TopHat ir Cufflinks diferencinė genų ir transkripto ekspresijos analizė. Nat. Protoc (2012). doi:10.1038/nprot.2012.016

61. Robinson MD, McCarthy DJ ir Smyth GK edgeR: Bioconductor paketas, skirtas skaitmeninių genų ekspresijos duomenų diferencinės ekspresijos analizei. Bioinformatika (2009). doi: 10.1093/ bioinformatika/btp616

62. Nagano T ir kt. Vienos ląstelės Hi-C, skirtas aptikti chromatino sąveiką, kuri vienu metu vyksta vienoje ląstelėje, visame genome. Nat. 10 protokolas, 1986–2003 (2015). [PubMed: 26540590]

63. Wingett SW ir kt. HiCUP: Hi-C duomenų atvaizdavimo ir apdorojimo vamzdynas. F1000Research (2015). doi:10.12688/f1000research.7334.1

64. Cairns J ir kt. Čikaga: patikimas DNR kilpų sąveikos aptikimas naudojant „Capture Hi-C“ duomenis. Genome Biol 17, 1–17 (2016). [PubMed: 26753840]

65. Kagey MH ir kt. Tarpininkas ir kohezinas sujungia genų ekspresiją ir chromatino architektūrą. Gamta (2010). doi: 10.1038/nature09380

1 pav. Laikinas ir erdvinis aktyvuotų ir reaktyvuotų engramų ląstelių identifikavimas.

a) Scheminis eksperimentinio projekto vaizdas. Iš pradžių TRAP pelės buvo treniruojamos, kai sąlyginis (kontekstas) ir nesąlyginis (šokas pėdai, FS) stimulas buvo suporuotas per trumpą 4-hidroksitamoksifeno (TAM) poveikio langą. Keturios skirtingos neuronų populiacijos (bazinė, aktyvuota – ankstyva, aktyvuota – vėlyvoji ir reaktyvuota) buvo surūšiuotos srauto citometru ir paruoštos bibliotekai nRNR-seq, ATAC-seq, Hi-C ir pc-HiC.

b) eYFP ir neuronų reprezentatyvūs vaizdai (DG) ir viso hipokampo kiekybiniai įvertinimai po TAM gydymo namų narve (naivus, n=4 pelių / 6 gabalai vienam gyvūnui), 1,5 val. (Suaktyvinta – anksti, n {{4) }} pelių/4 griežinėliai vienam gyvūnui) ir 5 dienas (aktyvuota – vėlai, n=4 pelių/8 griežinėliai vienam gyvūnui) po ekspozicijos po FS. Mastelio juosta reiškia 200 μm. Taškinė diagrama rodo vidurkio ir klaidų juostas (SEM), vienpusę ANOVA (parametrinę, nesuporuotą), F (2, 70)=240.3, P<0.0001. bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test;="" hc="" vs.="" early="" ***p="0.0007," hc="" vs.="" late****p="" <="" 0.0001,="" early="" vs.="" late="" ****p="" <="">

c) Hipokampo aktyvuotų vėlyvųjų ir reaktyvuotų neuronų kiekybinis įvertinimas dviejose eksperimentinėse grupėse; CFC su (CFC plius TAM, n {{0}} pelių / 8 griežinėliai vienam gyvūnui) arba be (CFC NO-TAM, n=4 pelių / 6 griežinėliai vienam gyvūnui) tamoksifeno. Taškinė diagrama rodo vidurkio ir klaidų juostas (SEM), dvipusį nesuporuotą Stjudento t-testą, Aktyvuota – vėluoja; t=25.65, df=47, iš naujo suaktyvinta; t=11.00, df=52, ****P <>

d) reprezentatyvūs vaizdai ir kiekybiniai įvertinimai iš skirtingų hipokampo regionų. Teigiamų branduolių skaičius buvo analizuojamas naudojant IMARIS (žr. metodus) iš DG, CA1 ir CA3. Mastelio juosta reiškia 100 μm. n=5 pelės/ Suaktyvinta – anksti: 6 skiltelės vienam gyvūnui, n=6 pelės/ Aktyvuota – vėlai: 6 Iš naujo suaktyvinta: 6 skiltelės vienam gyvūnui. Taškinė diagrama rodo vidurkio ir klaidų juostas (SEM), vienpusę ANOVA (parametrinę, nesuporuotą), ankstyvą; F (2, 42)=13.46. Vėlai; F (2, 95)=556.3. Iš naujo suaktyvinta; F (2, 89)=83.53. Visi Ps < 0,0001.="" bonferroni="" kelių="" palyginimų="" testas,="" *p="0.029," **p="0.0075," ***p="0.0009,">< 0.0001.="" (e)="" valuation="" of="" context="" effects="" on="" the="" number="" and="" the="" distribution="" of="" hippocampal="">atmintispėdsakų.

(f) Aktyvuotų vėlyvųjų ir pakartotinai suaktyvintų neuronų kiekybinis įvertinimas AB (n=6 pelių/6 skiltelės vienam gyvūnui), palyginti su AA (n=5 pelių/ 6 griežinėliai vienam gyvūnui) grupe. Taškinė diagrama rodo vidurkio ir klaidų juostas (SEM), dvipusį nesuporuotą Stjudento t-testą, Aktyvuota – vėlai; t=0.08292, df=59, P=0.9342. Iš naujo suaktyvinta; t=8.385, df=57, ****P< 0.0001.n.s="">

2 pav. Chromatino prieinamumo kraštovaizdis atminties formavimo ir atkūrimo metu.

(a) Skirtingi pasiekiami regionai (DAR) rodomi ugnikalnio diagramoje (poriniai palyginimai, FDR < 0,01;="" kartų="" pokyčiai=""> 1,5), n=3 biologiškai nepriklausomų mėginių. (b) Įprasto pasiekiamo regiono (stabilaus), gauto praėjus 90 minučių po FS (aktyvuota – anksti), analizė, kuri išlieka pasiekiama vėlyvoje konsolidavimo (aktyvuota – vėlai) ir atšaukimo (iš naujo suaktyvinta) būsena. Sutampantys stabilūs DAR buvo svarstomi tik tuo atveju, jei tam tikromis sąlygomis jie pasirodė bent 2 biologiniuose pakartojimuose.

c ) reprezentatyvūs Arc lokuso IGV genomo naršyklės takeliai.

d) visų DAR anotacijų analizė (HOMER įrankiai). Skaičiai y ašyje rodo stebimų lokusų (DAR skaičių) Log2 santykio reikšmes, palyginti su numatomu TTS, egzonų, intronų, tarpgeninių ir promotorių dydžiu (bp). P vertę apskaičiavo HOMER

įrankiai; Bazinis ir aktyvuotas -anksti (tarpgeninis *P=1.73 × 10-103), aktyvuotas -anksti vs. aktyvuotas -vėlys (TTS *P=0.0339, reklamuotojas *P {{9} }.48 × 10–39), Aktyvuota – vėlai ir vėl suaktyvinta (Reklamuotojas *P=2.48 × 10–6), stabilus (Intergenic *P=0.0358).

(e) Histonų modifikavimo emisijos būsenos (kairėje) ir sodrinimo analizė siūlo daugiau nei emisijas naudojant ChromHMM. Sulenkimo sodrinimo skalė (FE) {{0}}–30. Vertė ir p buvo nustatyta pagal z balo vertę (kaip apskaičiuota išplėstinių duomenų 2c pav.), Visa analizė pateikta 3 priedo lentelėje. *P < 0,00001,="" pateikta="" tik="" praturtintoms="" vertėms="">

f) Chip-qPCR. Mėginiai buvo imunoprecipituoti su antikūnais prieš H3K27ac arba H3K4me1 ir realaus laiko PGR su dviem pradmenų rinkiniais nustatytiems galimiems stiprintuvams. H3K27ac: n=4, H3K4me1 n=3, taškinė diagrama rodo vidurkio ir klaidų juostas (SEM), vienpusę ANOVA (parametrinę, nesuporuotą) su Dunnett kelių palyginimų testu, Enhancer 1; H3K27ac – F (3, 12)=4.664, P=0.02, (bazinis ir aktyvuotas-vėlyvas *P=0.0246, bazinis ir pakartotinai suaktyvintas * P=0.0232), H3K4me1 - F (3, 8)=0.845, P=0.506. 2 stipriklis; H3K27ac – F (3, 12)=5.221, P=0.0155, (bazinis vs. aktyvintas – vėlyvas **P=0.0059), H3K4me1 - F (3, 8)=1.719, P=0.24. 3 stipriklis; H3K27ac – F (3, 12)=29.91, P < 0,0001,="" h3k4me1="" -="" f="" (3,="" 8)="10.39," p="0.0039," (="" bazinis="" ir="" aktyvuotas="" -anksti="" *p="0.0298," bazinis="" vs.="" suaktyvintas="" -vėlyvas="" **p="0.0021," bazinis="" vs.="" aktyvuotas="" **p="0.0063)." 4="" stipriklis;="" h3k27ac="" –="" f="" (3,="" 12)="6.273," p="0.0083," (bazinis="" vs.="" suaktyvintas="" –="" vėlyvas="" **p="0.007," bazinis="" ir="" iš="" naujo="" suaktyvintas="" *p="" {="" {102}}.0152),="" h3k4me1="" -="" f="" (3,="" 8)="9.901," p="0.0045," (bazinis="" ir="" iš="" naujo="" suaktyvintas="" **p="0">

3 pav. Poskyrio perjungimas skirtingose ​​fazėseatmintisformavimas ir prisiminimas.

(a) Hi-C koreliacijos šilumos žemėlapis rodo chr6 suskirstymą bazinėms, aktyvintoms ankstyvoms ir aktyvintoms vėlyvoms ląstelėms. Skyriai, apskaičiuoti Juicer, esant 500 kb skiriamajai gebai (stebėtas ir tikimasi normalizuotas).

Aktyvuota – vėlai). Skyriaus jungiklis buvo svarstomas tik tuo atveju, jei neigiama vertė buvo transformuota į teigiamą ir atvirkščiai.

c) reprezentatyvūs vaizdai iš IGV naršyklės, rodantys stabilų skyriaus perjungimą iš A į B (viršutinis skydelis) ir B į A (apatinis skydelis) skirtinguoseatmintisfazės.

(d) DAR sutapimo analizė ankstyvoje fazėje (bazinis ir aktyvuotas – ankstyvas) ir stabiliai įjungtas skyrius. Kairėje Venno diagramoje rodomi įgyti DAR ir stabilus skyrius, perjungtas iš B į A. Dešinėje Venno diagramoje rodomi prarasti DAR ir stabilus skyrius, perjungtas iš A į B.

(e) Veiklos sukelto skyriaus jungiklio ir specifinės promotoriaus ir stiprintojų sąveikos iliustracija.

4 pav. Promotoriai dažniau sąveikauja su atskiru stiprintuvų pogrupiu kiekvieno metu

(a) Šilumos žemėlapis rodo kiekvienos populiacijos sąveikos balą, kaip apibrėžta Čikagoje. Bazinis: n=3, aktyvuotas -anksti, aktyvuotas -vėlai ir pakartotinai suaktyvintas: n=4 biologiškai nepriklausomi mėginiai.

(b) Smuiko brėžiniai rodo sąveikos pasiskirstymą ir intensyvumą (log10 skalę), kuri buvo unikali arba pasidalijusi bent 3 populiacijomis (bendra). Vienpusė ANOVA (parametrinė, nesuporuota), F (4, 57922)=2364, P < 0.0001.="" bonferroni="" kelių="" palyginimų="" testas,="" ns="nereikšmingas" (p="0.7659)," *p=""><>

c) promotoriaus ir stipriklio sąveikos dažnis, išmatuotas 3C-qPCR pasirinktuose lokusuose. Keturi pradmenų rinkiniai, apimantys sąveiką tarp promotoriaus-stiprintuvo (P/E) ir trijų atsitiktinių lokusų kilpos viduje (P/Ein), už kilpos ribų (P/Eout) ir promotoriuje (P/Pin).

Skaitymai buvo normalizuoti pagal namų tvarkymo geno Actin promotoriaus ir stipriklio sąveikos vertes. n=3 biologiškai nepriklausomų mėginių. Duomenys pateikiami kaip vidutinės reikšmės su klaidų juostomis rodo SEM, dvipusę ANOVA. Eif3d; populiacija × sąveikos vieta (F

(9, 32)=1.917, P=0.0851), tik sąveikos vietos poveikis (F (3, 32)=22.64, P < 0,0001).="" grik3;="" populiacija="" ×="" sąveikos="" vieta="" f="" (9,="" 32)="0.1716." bonferroni="" kelių="" palyginimų="" testas,="" p/e="" basal="" vs.="" reaktyvuotas="" **p="">

d) reprezentatyvūs Eif5a lokuso pradiniai įvykiai. „IGV Genome“ naršyklės takeliai, rodantys chromatino prieinamumo dinamiką (spalvoti takeliai) reklamuotoje (pilkas stačiakampis) ir stiprintuvuose (mėlynas stačiakampis). „WashU“ naršyklės takeliai rodo reikšmingą reklamuotojo ir stiprintuvo sąveiką per lankus (violetinė – bazinė, šviesiai žalia – aktyvuota – ankstyva, tamsiai žalia – aktyvuota – vėlai ir oranžinė – iš naujo suaktyvinta).

5 pav. Reaktyvuotų engramų neuronų transkripcijos parašas

a ) Hipokampo spąstų pelių, kurios buvo paveiktos CFC, DEG porinė analizė parodyta ugnikalnio diagramoje (FDR).<0.01; log2fc="" >="" 2).="" n="3" biologically="" independent="">

nesuporuotas), po to buvo atliktas Bonferroni daugkartinio palyginimo testas. Dw – Vėlyvas; F (3, 1032)=42.19, iki vėlumos; F (3, 280)=752.5, stabilus; F (3, 764)=92.28, Suaktyvinimas iš naujo; F (3, 1744) =597.4. Visi Ps < 0,0001.="" kelių="" palyginimų="" testas,="" ns="nereikšmingas," ***p="">< 0,0001.="" d)="" kiekvienoje="" klasteryje="" identifikuotų="" deg="" genų="" ontologijos="" (go)="" analizė="" (toppfun).="" e)="" reprezentatyvūs="" deg="" iš="" kiekvienos="" grupės.="" log2fc="" iš="" bazinės="" būsenos="" pateikiamas="" trimis="" biologiniais="" pakartojimais.="" linija="" rodo="" apskaičiuotą="" vidurkį.="" n="3" biologiškai="" nepriklausomi="" mėginiai,="" vienpusė="" anova="" (parametrinė,="" nesuporuota)="" su="" dunnett="" kelių="" palyginimų="" testu,="" ns="nereikšminga." gad1;="" f="" (3,="" 8)="4.387," p="0.04." *p="0.0268." gabrb3;="" f="" (3,="" 8)="6.184," p="0.0177." *p="0.0441." poilsis;="" f="" (3,="" 8)="23.23," p="0.0003." ***p="0.0268." žemėlapis4k4;="" f="" (3,="" 8)="6.244," p="0.0172." *p="0.0151." nefl;f="" (3,="" 8)="12.06," p="0.0024." **p="0.0059," **p="0.0014." nefh;="" f="" (3,="" 8)="21.50," p="0.0003." *p="0.016," ***p="0.0008," ***p="0.0002." eif5a;="" f="" (3,="" 8)="8.482," p="0.0072." **p="0.004." eif4h;="" f="" (3,="" 8)="26.58," p="0.0002." ***p="">

Cistanche gali pagerinti atmintį

(f) Reprezentatyvūs vaizdai ir Eif4e baltymo lygių kiekybinis nustatymas iš aktyvuoto ankstyvo, aktyvuoto vėlyvojo ir pakartotinio aktyvavimo. Kiekybiniam įvertinimui ant IMARIS buvo pastatyti du atskiri paviršiai; ląstelių soma ir dendritinis velenas. Eif4e taškų skaičius buvo matuojamas tik tose paviršių ribose. Dendritinio veleno duomenys pateikiami kaip skaičiaus ir ilgio (μM) santykis. Mastelio juosta reiškia 10 μm. n=4 pelių /5 pjūvis vienam gyvūnui, boxplot rodo vidurkį, tarpkvartilinį diapazoną ir mažiausią bei didžiausią, vienpusė ANOVA (parametrinė, nesuporuota), velenas; F (2, 28)=5.113, P=0.0128. Soma; F (2, 43)=3.026, P=0.0589. Bonferroni kelių palyginimų testas; velenas; Suaktyvinta – anksti ir iš naujo suaktyvinta *P=0.0324, suaktyvinta – vėlai ir iš naujo suaktyvinta *P=0.0324

(g) reprezentatyvūs Gria1 baltymų lygių vaizdai (kairysis skydelis) ir kiekybinis įvertinimas (dešinysis skydelis) įvairiais etapaisatmintis. Remiantis eYFP ir endogeninio lanko imunoreaktyvumu, buvo analizuojamos trys neuronų populiacijos (aktyvuotas ankstyvas, aktyvuotas vėlyvas ir vėl suaktyvintas). Kiekybiniam įvertinimui MARIS paviršiai buvo pastatyti ant dendrito veleno, o GRIA1 taškų skaičius buvo išmatuotas tik paviršiaus ribose (<1μm threshold).="" data="" is="" presented="" as="" a="" ratio="" between="" several="" puncta="" and="" the="" shaft="" length.="" the="" scale="" bar="" represents="" 10="" μm.="" n="4" mice="" section="" per="" animal,="" boxplot="" indicates="" the="" mean,="" interquartile="" range,="" and="" the="" minimum="" and="" maximum,="" one-way="" anova,="" f="" (2,="" 16)="15.22," p="0.0002." bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test,="" **p="0.002," ***p="">

6 pav. Nuoseklus chromatino prieinamumo perprogramavimas, promotoriaus ir stipriklio sąveika ir

Kiekvienos K vidurkių grupės linijinės diagramos rodo (a) transkripcijos pokyčių (p vertės, kaip parodyta 5c pav., n=3 biologiškai nepriklausomų mėginių vidurkis) vidurkį (log2 skalė) (b) chromatino prieinamumą ( normalizuotos RPKM reikšmės, n=3 biologiškai nepriklausomų mėginių vidurkis) ir (c) promotoriaus ir stipriklio sąveikos balai (paskaičiuoti Čikagoje, vidutinis bazinis: n=3, aktyvuotas – anksti, aktyvuotas – vėlai ir pakartotinai suaktyvintas : n=4 biologiškai nepriklausomi mėginiai) Pakartotiniai vienpusio ANOVA matavimai (tarp grupių).

638,7. Stabilus; F (2,437, 4504)=717.9. Reaktyvavimas; F (2,434, 8481) {{10}}. Visi Ps < 0.0001.="" sąveikos="" balai;="" dw-late;="" f="" (2.833,="" 7054)="46.86." iki="" vėlumos;="" f="" (2,94,="" 5442)="14.87." stabilus;="" f="" (2,91,="" 5702)="21.5." reaktyvavimas;="" f="" (2.86,="" 11188)="44.94." visi="" ps="">< 0,0001.="" bonferroni="" kelių="" palyginimų="" testas,="" ***p=""><>

(de) Motyvų sodrinimo apibūdinimas sąveikaujančiuose stiprikliuose kiekvienoje klasteryje. ChromHMM buvo naudojamas kuriant emisijos būsenas naudojant HOEMR motyvų duomenų bazę (Egr1, Ap1, Slug, Plagl1, Hic2, Rest, CTCF, Yy1, Mecp2) ir anksčiau paskelbtus ChIP-seq duomenis (Ap1-Junb12, CTCF47, Mecp248). Buvo nustatytos keturios būsenos kaip i) kontrolė – atsitiktinis genomo mėginių ėmimas, ii) stiprūs represoriai iii) dvivalentės iv) stiprus aktyvatorius. Sulenkimo sodrinimo skalė (FE)

0.15–20.