DNR metilomas ir transkriptas, nustatyti pagrindiniai genai ir būdai, susiję su dėmėtų kiaušinių lukštų susidarymu senų dedeklių vištoms

Abstraktus

Fonas

Paukštienos kiaušinių lukštų kokybė glaudžiai susijusi su kiaušinių gamybos pelningumu. Kiaušinių lukštų dėmės atspindi svarbią kokybės savybę, kuri įtakoja kiaušinių išvaizdą ir klientų pageidavimus. Tačiau dėmių susidarymo mechanizmas vis dar menkai suprantamas. Šiame tyrime sistemingai lyginome dėmėtus ir normalius kiaušinius dedančių vištų imuninius ir antioksidacinius rodiklius serume. Kiaušinio lukšto dėmių susidarymo mechanizmui išsiaiškinti buvo naudojamos transkripto ir metilomo analizės.

cistanche nauda vyrams - stiprina imuninę sistemą

Spustelėkite čia norėdami pamatyti Cistanche Enhance Immunity produktus

【Klauskite daugiau】 El. paštas:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Rezultatai

Rezultatai parodė, kad tarp normalių ir dėmių grupių buvo nustatyti septyni skirtingai išreikšti genai (DEG). Genų rinkinio sodrinimo analizė (GSEA) atskleidė, kad išreikšti genai daugiausia buvo praturtinti kalcio signalizacijos keliu, židinio adhezija ir MAPK signalizacijos keliu. Be to, buvo aptikti 282 skirtingai metilinti genai (DMG), iš kurių 15 genų buvo susiję su senėjimu, įskaitant ARNTL, CAV1 ir GCLC. Kelio analizė parodė, kad DMG buvo susiję su T ląstelių sukeltu imunitetu, atsaku į oksidacinį stresą ir ląstelių atsaku į DNR pažeidimo stimulą. Integruota transkripto ir DNR metilinimo duomenų analizė nustatė, kad BFSP2 yra vienintelis persidengiantis genas, kuris buvo išreikštas žemu lygiu ir hipometilintas dėmių grupėje.

Išvados

Apskritai šie rezultatai rodo, kad su senėjimu ir imunitetu susiję genai ir keliai vaidina lemiamą vaidmenį formuojant dėmėtus kiaušinių lukštus, o tai suteikia naudingos informacijos, kaip pagerinti kiaušinių lukštų kokybę.

cistanche tubulosa - stiprina imuninę sistemą

Raktažodžiai

Vištos dedeklės, dėmėti kiaušiniai, transkriptas, DNR metilinimas, imunitetas

Fonas

Paukštienos kiaušiniai yra vienas iš svarbiausių baltymų šaltinių, o dėl palyginti mažos kainos jie yra populiarūs tarp vartotojų. Per pastaruosius keturis dešimtmečius kiaušinių gamyba labai pagerėjo dėl specializuotų kiaušinių veislių kūrimo ir genetinės atrankos, siekiant „Šerti vištas dedekles iki 100 savaitės, kad būtų pagaminta 500 kiaušinių“ [ 1, 2]. Tačiau šio tikslo pasiekimą ribojo laipsniškas kiaušinių lukštų kokybės ir fiziologijos, susijusios su vištų senėjimu, blogėjimas, dėl kurio padidėjo kiaušinių lukštų svoris, šviesesnė kiaušinių lukštų spalva ir dėmėti kiaušinių lukštai [3]. Raudonai rudos dėmės – svarbus kiaušinio lukšto kokybės požymis – dažnai atsiranda ant buko rudo kiaušinio lukšto galo, o tai daro didelę įtaką kiaušinių išvaizdai ir klientų pageidavimams. Kiaušinio lukšto dėmėtumo laipsnis vertinamas balų metodu. Dėmės gali būti vertinamos pagal pigmento intensyvumą, pasiskirstymą ir dėmės dydį [4]. Be to, dėmėtų kiaušinių lukštų paveldimumas svyruoja nuo 0,15 iki 0,2, o tai rodo genetinį apibrėžimą [5]. Be to, ankstesnis tyrimas parodė, kad pagyvenusių vištų kiaušinių lukštų skaičius yra didesnis nei jaunesnių, o sulaukus 60 savaičių – 20 % [6]. Kiaušinio lukšto liauka yra kiaušinių formavimo organas, kuris atlieka svarbų vaidmenį formuojant kiaušinių lukštų struktūrą ir spalvą. Kiaušinių formavimosi metu trynys keliauja per infundibulum, magnum, sąsmauka ir pasiekia kiaušinio lukšto liauką, kuri išskiria daug kalcio, pigmento, odelių ir kitų medžiagų, suformuoja išbaigtą kiaušinio lukšto struktūrą ir išorinę odelę [7–9 ]. Bet koks kiaušinio lukšto liaukos pakeitimas ar pažeidimas turi įtakos kiaušinio lukšto struktūros formavimuisi ir pigmentacijai [10–12]. DNR metilinimas yra vienas iš ankstyviausių žinomų modifikavimo būdų ir apima metilo grupių perkėlimą į penktąją citozino anglies vietą, kad susidarytų 5-metilcitozinas [13]. DNR metilinimas vaidina svarbų vaidmenį gyvūnų senėjimo procese, reguliuoja su amžiumi susijusią genų ekspresiją ir neurologinių, imunologinių ir medžiagų apykaitos ligų etiologijas [14–17]. Be to, DNR metilinimas kartu su aplinkos veiksniais senėjimo metu gali sukelti skirtingus fenotipus [18]. Keletas sudėtingų gyvulių fenotipų buvo susieti su DNR metilinimu [19, 20]. Pastaruoju metu RNR sekos nustatymas (RNR-seq) buvo naudingas atskleidžiant genus ir būdus, pagrindžiančius bruožus transkripcijos lygiu [21–24], tokius kaip embriono raumenų vystymasis, pašarų efektyvumas ir vados dydis. Mūsų ankstesnis tyrimas parodė, kad nors dėmėtų kiaušinių lukštų atsiradimas neturi įtakos vištų dedeklių našumui (neskelbti duomenys), dėmės gali paveikti kiaušinių išvaizdą ir gerokai sumažinti jų ekonominę vertę. Be to, dėmėtų kiaušinių formavimosi molekuliniai mechanizmai yra menkai suprantami. Todėl šiuo tyrimu buvo siekiama išsiaiškinti dėmėto kiaušinio lukšto susidarymo mechanizmą naudojant transkriptominius ir DNR metilinimo metodus. Kadangi dėmėti kiaušinių lukštai yra paveldimi ir susiję su amžiumi, mes panaudojome transkriptominės ir DNR metilinimo analizės derinį, kad ištirtume pagrindinius genus ir būdus, susijusius su dėmėtų kiaušinių lukštų susidarymu. Tikimasi, kad šio tyrimo išvados pagerins supratimą apie kiaušinių lukštų požymių formavimosi molekulinį mechanizmą, kuris būtų naudingas gyvūnų veisimui.

1 pav. Normalūs ir dėmėti senų dedeklių vištų kiaušiniai. A Normalus kiaušinis, B Dėmėtas kiaušinis

1 lentelė Normalios ir dėmių grupių serumo biocheminiai parametrai

Rezultatai

Serumo biocheminiai parametrai

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) antioksidantų parametruose tarp normalios ir dėmės grupių.

Kiaušinio lukšto liaukos transkriptinis profilis

Iš dėmių ir normalių grupių buvo sukurtos šešios cDNR bibliotekos. Atlikus kokybės kontrolę, iš viso buvo gauti 615 170 158 neapdoroti nuskaitymai ir 604 275 600 švarių nuskaitymų (98,22 % neapdorotų nuskaitymų). Suderinus naudojant HISAT2 programinę įrangą, kartografavimo greitis buvo 90, 75–93, 18%, o unikalus atvaizdavimo greitis visuose mėginiuose buvo didesnis nei 73, 47% (papildoma S3 lentelė). Genų ekspresijos lygiai iliustruojami naudojant klasterio šilumos žemėlapį ir pagrindinių komponentų analizę (PCA). Nebuvo reikšmingų skirtumų tarp dėmių ir normalių grupių mėginių genų ekspresijos profilių, nes mėginiai nesudarė atskirų grupių (2A, B pav.). Iš viso buvo nustatyti septyni skirtingai išreikšti genai (DEG) tarp normalių ir dėmių grupių (p<0.05, |log2 Fold Change|>1), įskaitant du padidintus ir penkis sumažintus genus (2 lentelė). Genų rinkinio praturtinimo analizė (GSEA) parodė, kad keturi būdai buvo žymiai praturtinti išreikštais genais (papildoma lentelė S4). Neigiami normalizuoti praturtinimo balai (NES) parodė žemesnius ekspresijos lygius kai kuriuose normalios grupės keliuose, palyginti su taškelių grupėje, kai kalcio signalizacijos kelias, neuroaktyvaus ligandų ir receptorių sąveika, židinio adhezija ir MAPK signalizacijos kelias yra taškai. žemiausia išraiška (2C pav.). Medžių DEG (BFSP2, IQSEC, TMOD4), identifikuoti pagal RNA-seq, buvo patikrinti naudojant kiekybinę realaus laiko PGR (qRT-PCR). Panaši trijų genų ekspresija buvo akivaizdi naudojant RNR-Seq ir qRT-PGR, o determinacijos koeficientas (R2 ) pasiekė 0,93 (2D pav.), o tai rodo, kad RNR-seq duomenys buvo patikimi.

2 lentelė Skirtingai išreikšti genai (DEG) tarp vištų, kurios padėjo dėmelius, ir normalius kiaušinius

2 pav. Kiaušinio lukšto liaukos transkripto profilis. A Genų ekspresijos lygių šilumos žemėlapis, B Visų genų pagrindinių komponentų analizė naudojant DEseq2 normalizuotas ekspresijos reikšmes, C Trys reprezentatyvūs genų rinkiniai iš genų rinkinio praturtinimo analizės rezultatų, D Skirtingai išreikštų genų qPCR patikros rezultatai

Kiaušinio lukšto liaukos DNR metilinimo profilis

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (3A pav.). PCA parodė, kad abiejų grupių mėginiai reikšmingai nesiskyrė, nes nesudarė atskirų grupių (3B pav.). Tarp dviejų grupių CG, CHG ir CHH metilinimo lygių reikšmingų skirtumų nebuvo (3C pav.). Tačiau taškelių grupė parodė aukštesnį CG metilinimo lygį nei įprasta grupė. Te kartojimo ir egzono regionuose buvo didžiausias CG metilinimo lygis, o 5′ UTR regione CG metilinimo lygis buvo žemiausias (3D pav.). Iš viso buvo nustatyti 2788 skirtingai metilinti regionai (DMR) tarp normalių ir dėmių grupių. DMR daugiausia buvo intronuose (47,45%), po to sekė tarpgeninis regionas (36,05%), egzonas (8,29%), promotorius (5,95%), 3′-UTR (1,18%) ir 5′-UTR. 0,97 proc. regionuose (4 pav.). Be to, buvo nustatyti 282 skirtingai metilinti genai (DMG), įskaitant 172 hipermetilintus ir 74 hipometilintus genus promotoriaus srityje. Be to, genų kūne buvo rasti 36 DMG, įskaitant 30 hipermetilintų genų ir šešis hipometilintus genus. Mes pavertėme DMG į jų žmogaus ortologus ir gavome 158 genų simbolius, kurie buvo įkelti į Metascape funkcinei anotacijai, genų ontologijai (GO) ir kelio analizei. Genai buvo praturtinti 176 GO biologiniais procesais, įskaitant ląstelių atsako į augimo faktoriaus stimulą ir T ląstelių sukelto imuniteto reguliavimą, atsaką į oksidacinį stresą ir ląstelių atsaką į DNR pažeidimo stimulą.

3 pav. Bendras metilinimo lygis vištoms, dedančioms dėmėtus ir normalius kiaušinius. Dviejų grupių mėginių metilinimo lygių koreliacinė analizė. B Visų mėginių metilinimo lygio pagrindinių komponentų analizė. C Citozino vietos metilinimo lygio histograma dviejose grupėse. D Įvairių genominių regionų metilinimo lygių linijinė diagrama. Kiekvieno geno genominės sritys buvo suskirstytos į 20 dėžių; tada buvo apskaičiuotas visų genų atitinkamų funkcinių sričių citozino vietos metilinimo lygis.

4 pav. Diferencialiai metilintų regionų (DMR) anotacijos histograma genominėse funkcinėse srityse

5 pav. DMG GO sąlygos. B Ryšys tarp genų ekspresijos ir DNR metilinimo lygių dėmių grupėje. C Ryšys tarp genų ekspresijos ir DNR metilinimo lygių normalioje grupėje. D Venn diagrama, kurioje sutampa genai tarp DEG ir DMG

Kelio analizė parodė, kad genai buvo praturtinti 19 Kioto genų ir genomų enciklopedijos (KEGG) būdų, įskaitant RNR skaidymą, TRP kanalų uždegiminio mediatoriaus reguliavimą ir TNF signalizacijos kelią. Be to, buvo aptikti 25 genų rinkiniai, įskaitant Rho GTPazių signalizaciją, RHO GTPazės ciklą ir CDC42 GTPazės ciklą. 20 geriausių praturtintų ontologijos grupių parodytos 5A pav. Iš 158 homologinių žmogaus genų 15 buvo susiję su senėjimu ar ilgaamžiškumu (papildoma S6 lentelė). Buvo atlikta viso genomo bisulfito sekos (WGBS) ir RNR-seq duomenų integracinė analizė, siekiant nustatyti ryšį tarp DNR metilinimo ir genų ekspresijos lygių (5B ir C pav.). Buvo neigiama koreliacija tarp DNR metilinimo ir genų ekspresijos lygių prieš transkripcijos pradžios vietą (TSS) ir pasroviui nuo transkripcijos pabaigos vietos (TTS); tačiau nebuvo jokios koreliacijos tarp DNR metilinimo ir genų ekspresijos lygių genų kūne. Venno diagrama parodė, kad BFSP2 buvo vienintelis sutampantis genas tarp DMG ir DEG (5D pav.).

Diskusija

Keletą metų atlikti tyrimai parodė, kad dėmių susidarymas ant kiaušinių lukštų yra paveldimas, o senos vištos dedeklės gamina daugiau dėmėtų kiaušinių lukštų nei jaunesnės [6]. Vištų dedeklių senėjimą dažnai lydi lėtinis uždegimas ir oksidacinis stresas [25, 26]. Gyvūnų kraujo parametrai atspindi jų fiziologinę ir mitybos būklę. SOD, GSH-PX, GSH, CAT ir T-AOC yra antioksidacinės gynybos sistemos komponentai. Šio tyrimo rezultatai rodo, kad senų vištų antioksidacinės savybės tarp dėmių ir normalių grupių reikšmingai nesiskyrė, o tai prieštarauja Moreno ir Osorno išvadoms [27]. Moreno pranešė, kad paukščiai, dedantys kiaušinius dėmėtais lukštais, gali patirti fiziologinį stresą dėl pagrindinės dėmės komponento prooksidacinės funkcijos ir turi didesnį oksidacinio streso toleranciją [28]. Rezultatų skirtumai gali būti siejami su skirtingomis tyrimuose naudotomis rūšimis.

cistanche tubulosa - stiprina imuninę sistemą

Imunoglobulinai yra baltymai, dalyvaujantys priešuždegiminiuose procesuose ir atliekantys uždegiminių reakcijų reguliavimo vaidmenį [29]. Ankstesnis tyrimas parodė, kad mėlynųjų zylių paukščiai, dedantys dėmėtus kiaušinius, turi mažą bendrą imunoglobulino kiekį [30]. Panašiai, šio tyrimo rezultatai parodė, kad dėmių grupės paukščių serumo IgA lygis buvo žymiai mažesnis, palyginti su normalios grupės paukščiais, o tai rodo, kad dėmių grupės vištos gali turėti mažesnį priešuždegiminį gebėjimą, o tai atitinka Martínez ir Merino radiniai [30]. IgA, kaip vienas iš svarbių rodiklių vertinant naminių paukščių humoralinę imuninę funkciją, turi antivirusinių, antibakterinių ir antitoksininių funkcijų [31]. Tyrimai parodė, kad mielės-gliukano papildymas gali padidinti IgA kiekį serume. Padidėjęs IgA kiekis gali padidinti asmens gebėjimą palaikyti imuninę homeostazę, o tai gali turėti naudos sveikatai [32]. Tyrimai taip pat parodė, kad senstant vištų dedeklei mažėja jų atsparumas išoriniams patogenams [33]. Ligos sukėlėjams patekus į pagyvenusių vištų dedeklių organizmą, dėl kartu sumažėjusio imuniteto gali būti pažeista kiaušialąsčių audinių gleivinės gynybinė sistema [34]. Tačiau didesnis IgA kiekis gali padidinti organizmo gebėjimą palaikyti imuninę homeostazę, užkertant kelią patogenų invazijai į poodinį kiaušidės audinį, taip išlaikant gerą kiaušinio lukšto kokybę. Be to, RNR-seq analizė nustatė septynis DEG tarp dėmių ir normalių grupių, įskaitant IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK ir pseudogeną. IQSEC3, brefeldinui A atsparių ARF guanino nukleotidų mainų faktorių (GEF) šeimos narys [35, 36], jungdamasis su gefirinu, skatina slopinamųjų sinapsių vystymąsi [37]. IQSEC3 yra funkciškai svarbus palaikant tinklo veiklą in vivo. IQSEC3 numušimas graužikų hipokampo krumplyne sumažina GABAerginių sinapsių tankį ir padidina jautrumą sunkiems priepuoliams [38]. Tačiau tyrimų apie IQSEC3 funkciją naminiams paukščiams nėra.

Gama-aminosviesto rūgštis (GABA) yra pagrindinis slopinantis neuromediatorius stuburinių gyvūnų centrinėje nervų sistemoje [39] ir gali pakeisti receptoriaus struktūrą bei atitinkamo receptoriaus jonų pralaidumą [40]. GABA gali tiesiogiai veikti vamzdines lygiųjų raumenų ląsteles per GABAA-R arba GABAB-R, kurios yra ant kiaušintakio sienelės ir dalyvauja reguliuojant triušių [39], žmonių [41] ir žiurkių [42] kanalėlių susitraukimą. Tyrimai parodė, kad GABRA1 vaidina svarbų vaidmenį kiaušinių gamyboje. Aukštas GABRA1 ekspresijos lygis gali slopinti granulozės ląstelių dauginimąsi, sustiprinti ląstelių apoptozę ir slopinti progesterono sintezę bei sekreciją, todėl sumažėja kiaušinėlių gamyba [43–45]. Vištų dedeklių kiaušinių dėjimo ritmas yra neuromoduliacinis procesas [46, 47]. Remdamiesi šiais rezultatais, spėliojame, kad yra subtilus ryšys tarp kiaušinio lukšto dėmių susidarymo ir nervų sistemos, nors tikslią sąsają reikia toliau tirti.

TMOD4, baltymų, uždengiančių smailius aktino gijų galus [48], šeimos narys, ekspresuojamas skeleto raumenyse ir širdyje [49, 50]. Tyrimai parodė, kad TMOD4 yra suaugusių vištų lęšiuose, eritrocituose ir greitai susitraukiančiose skeleto raumenų skaidulose [51]. Nustatyta, kad TMOD4 dalyvauja miofibrilių surinkime, raumenų susitraukime ir diferenciacijoje [52–54]. Kiaušintakio raumeniui susitraukus kiaušinis sukasi gimdoje, todėl pigmentas tolygiai nusėda ant kiaušinio lukšto paviršiaus. Spėjame, kad dėmėtų kiaušinėlių susidarymas gali būti susijęs su kiaušidės raumenų susitraukimu, tačiau reikalingi tolesni tyrimai. GSEA buvo naudojamas visų išreikštų genų biologinei funkcijoms analizuoti, kad būtų išvengta kai kurių įdomių genų rinkinių praradimo taikant beribio strategiją. Išreikšti genai daugiausia buvo praturtinti kalcio signalizacijos keliu, židinio adhezija, MAPK signalizacijos keliu ir neuroaktyviojo ligandų ir receptorių sąveika. Buvo pranešta, kad kiaušinių lukštų mineralizacijos procese su kalcio signalizacijos keliu susiję genai dalyvauja kalcio ir karbonato jonų absorbcijos procese iš kraujo ir per kiaušidės epitelio ląsteles yra pernešami į gimdos skystį, kad dalyvautų kiaušinio lukšte. mineralizacija [46, 55]. Kai kalcio ir karbonato jonai toliau mineralizuojasi kiaušinio lukšte, kiaušinis nuolat sukasi gimdoje, o kiaušinio lukšto pigmentas protoporfirinas-IX gali tolygiai nusodinti ant kiaušinio lukšto paviršiaus [56]. Mes spėliojame, kad dėl karbonato ir kalcio jonų tiekimo skirtumo tarp dviejų grupių pigmentas galėjo pasiskirstyti netolygiai nusėdimo procese ant kiaušinio lukšto paviršiaus, dėl ko atsirado kiaušinių lukštų dėmės.

cistanche tubulosa - stiprina imuninę sistemą

Židininės adhezijos yra makromolekulinės struktūros, kurios sudaro mechaninius ryšius tarp tarpląstelinio aktino citoskeleto ir tarpląstelinės matricos komponentų [57]. Buvo įrodyta, kad židinio sukibimas vaidina gyvybiškai svarbų vaidmenį palaikant kiniškų rudųjų varlių kiaušintakio morfologiją ir funkciją [58], o židinio sukibimas taip pat buvo susijęs su kiaušinių gamybos skirtumų mechanizmu Jinghai Yellow viščiukuose ir Nandan-Yao. naminių vištų [59, 60]. Dabartiniame tyrime židinio sukibimas buvo susijęs su kiaušinių lukštų dėmių susidarymu, tačiau specifinis dalyvavimo mechanizmas vis dar reikalauja tolesnio tyrimo. MAPK kelias turi tris svarbius narius: p38 mitogeno aktyvuotą baltymų kinazę (p38 MAPK), Jun N-galinę kinazę (JNK) ir ekstraląstelinio atsako kinazę (ERK), kurios kartu reguliuoja ląstelių augimą, diferenciaciją, apoptozę, uždegimą ir kt. svarbios fiziologinės reakcijos [61]. Įrodyta, kad ERK 1/2 MAPK kelias vaidina svarbų vaidmenį kiaušidės ir gimdos augimui, vystymuisi ir diferenciacijai [62]. Wang ir kt. panaudojo vanadį, kad paskatintų kiaušialąsčių epitelio ląsteles, ir nustatė, kad MAPK šeimos nariai buvo aktyvuoti, o tai sukėlė oksidacinį kiaušidės stresą, sumažino ląstelių aktyvumą ir ląstelių apoptozę [63]. Dabartiniame tyrime nustatėme, kad MAPK signalo kelias dėmėtojoje grupėje buvo iš esmės praturtintas, todėl spėjame, kad vištos, dedančios dėmėtus kiaušinius, galėjo patirti tam tikrą stresą, o tai turėjo tam tikrą poveikį kiaušintakiui. Neuroaktyvių ligandų ir receptorių sąveika yra susijusi su steroidinių hormonų sinteze lytiniuose liaukose. Jie atlieka esminį vaidmenį reguliuojant naminių paukščių kiaušinių gamybą ir kiaušidžių funkciją [59, 64]. Skirtingai išreikštas genas GABRA2 taip pat priklauso neuroaktyvaus ligandų ir receptorių sąveikos keliui. Kadangi kiaušinių lukštų dėmės atsiranda dėl kiaušinių gamybos, o kiaušinių gamyba yra ritmiškas procesas, dėl reikšmingo neuroaktyvių ligandų ir receptorių sąveikos sustiprėjimo dėmėtoje grupėje galime spėti, kad vištų, dedančių dėmėtus kiaušinius, kiaušinių gamybos našumas gali skirtis. ir vištų, dedančių normalius kiaušinius, tačiau tai reikalauja tolesnių tyrinėjimų.

Aplinkos veiksniai gali turėti įtakos genų ekspresijai per epigenetines modifikacijas. Genetinių ir epigenetinių modifikacijų derinys gali būti naudingas paaiškinant sudėtingų bruožų formavimosi mechanizmą [19, 65]. Ryšys tarp viso genomo DNR metilinimo ir genų ekspresijos buvo tiriamas daugelį metų [66, 67]. Paprastai DNR metilinimas slopina genų ekspresiją [68]. Šio tyrimo rezultatai atitinka ankstesnes išvadas, nes aukštas genų ekspresijos lygis yra susijęs su mažu DNR metilinimu promotoriaus srityje [67, 68]. Tačiau akivaizdžių tendencijų genų kūno regione nepastebėta, nes tai gali būti todėl, kad genų ekspresijos modelius taip pat reguliuoja kiti veiksniai [69, 70]. Funkcinė praturtinimo analizė atskleidė, kad DMG daugiausia buvo praturtinti T ląstelių sukeliamu imunitetu, atsaku į oksidacinį stresą ir ląstelių atsaku į DNR pažeidimo dirgiklius, o dauguma būdų yra susiję su senėjimu [71–73]. Taip pat buvo nustatyti kiti su senėjimu susiję genai, įskaitant GCLC [74], CAV1 [75] ir LYN [76]. Transkripto ir DNR metilinimo duomenų derinys parodė, kad BFSP2 buvo vienintelis sutampantis genas ir buvo reikšmingai išreikštas tiek DNR metilinimo, tiek transkriptominiu lygiu. BFSP2 buvo hipometilintas, o jo ekspresijos lygis buvo žemas taškelių grupėje, o tai rodo, kad genų ekspresiją, be metilinimo modifikacijos, reguliuoja ir kiti transkripcijos faktoriai. Be to, BFSP2 buvo nustatytas kaip genas kandidatas sergant autosomiškai dominuojančia įgimta katarakta [77] ir progresuojančia kataraktos liga [78]. Nors buvo įrodyta, kad BFSP2 yra susijęs su viščiukų akių vystymusi [79], kitų viščiukų funkcijų tyrimai yra riboti. Todėl reikia atlikti tolesnius tyrimus, siekiant išsiaiškinti jo vaidmenį dėmėtų kiaušinių lukštų formavime.

cistanche nauda vyrams - stiprina imuninę sistemą

Išvados

Apibendrinant galima pasakyti, kad serumo imuniniai indeksai rodo, kad IgA kiekis dėmėtoje grupėje buvo žymiai mažesnis nei normalioje grupėje, ir mes spėliojame, kad sumažėjusi imuninė funkcija yra glaudžiai susijusi su kiaušinių lukštų dėmių susidarymu. Transkripto analizė aptiko septynis DEG tarp dėmėtų ir normalių grupių, iš kurių IQSEC3, GABRA2 ir BFSP2 buvo nustatyti kaip potencialiai svarbūs genai, susiję su dėmėtų kiaušinių susidarymu. DNR metilinimo analizė nustatė DMG, susijusius su T ląstelių sukeltu imunitetu, atsaku į oksidacinį stresą ir ląstelių atsaku į DNR pažeidimo stimulą. Iš 282 nustatytų DMG 15 buvo susiję su senėjimu. Integrali transkripto ir DNR metilinimo analizė atskleidė, kad vienintelis sutampantis genas buvo BFSP2, kuris buvo vos ištirtas su viščiukais. Čia pateikti duomenys rodo, kad vištų dedeklių imunitetas ir senėjimo keliai gali prisidėti prie dėmėto kiaušinio lukšto susidarymo, o tai pagerina mūsų supratimą apie kiaušinių lukštų dėmių susidarymo mechanizmą.

Nuorodos

1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Didesnis dėjimo patvarumas ir kiaušinių kokybės stabilizavimas ilgesnių dėjimo ciklų metu. Kokie yra iššūkiai? Br Poult Sci. 2016;57(3):330–8.

2. Pottgüter R. Vištų dedeklių šėrimas iki 100 savaičių amžiaus. Lohmann Inf. 2016;50:18–21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Kiaušinių kokybės savybių pokyčiai paskutiniame gamybos etape: ar yra galimybė pailginti dėjimo ciklą? Br Poult Sci. 2016;57(6):842–7.

4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Kodėl paukščių kiaušiniai dėmėti? Ecol Lett. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Ryšys tarp lukšto spalvos ir dėmių atsiradimo rudose kiaušinių linijose. In: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. p. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Strazdanų kiaušinėlių kokybė ir ją įtakojantys veiksniai. Chinese Poult Sci. 2019;41(19):6–9 (kinų k.).

7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Kiaušinio lukštas: struktūra, sudėtis ir mineralizacija. Front Biosci (Landmark Edit). 2012;17(4):1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Kiaušinių lukšto spalva ruda kiaušinių dedeklėse – apžvalga. Poult Sci. 2015;94(10):2566–75.

9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Paukščių kiaušinių odelių susidarymo kiaušintakyje supratimas: jo kilmės ir nusėdimo tyrimas. Biol Reprod. 2017;97(1):39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Dietinis kadmio chloridas pablogina lukštų biomineralizaciją, nes sutrikdo dedeklių vištų kiaušinių lukštų liaukos metabolizmą. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Vištų dedeklių, eksperimentiškai užkrėstų paukščių gripo virusu H9N2, kiaušinių lukštų kokybės pablogėjimas. Vet Res. 2016;47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin-3-galatas apsaugotas vanadžio sukeltas kiaušinių lukštų depigmentacija per P38MAPK-Nrf2/HO-1 signalizacijos kelias vištoms dedeklėms. Poult Sci. 2018;97(9):3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Cheminės medžiagos, sukeliančios pneumokokų tipų transformaciją, prigimties tyrimai: transformacijos indukcija dezoksiribonukleino rūgšties frakcija, išskirta iš II tipo pneumokoko. J Exp Med. 1944;79(2):137–58.

14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Su amžiumi susijęs epigenomo DNR metilinimas ir hidroksimetilinimas išilginiame pelės kraujyje. Epigenetika. 2018;13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. DNR metilinimas reguliuoja genų ekspresiją organų fibrozėje. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. Ehrlich M. DNR hipermetilinimas sergant ligomis: mechanizmai ir klinikinė reikšmė. Epigenetika. 2019;14(12):1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Žmogaus nutukimo ir 2 tipo diabeto epigenetika. Ląstelės metab. 2019;29(5):1028–44.

18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Motinos etanolio vartojimas keičia epigenotipą ir palikuonių fenotipą pelės modelyje. PLoS Genet. 2010;6(1):e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Genome Wide Detection of Key Genes and Epigenetic Markers for Chicken Fatty Liver. Int J Mol Sci. 2020;21(5):1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J ir kt. DNR metilinimo modeliai ir genų ekspresija, susiję su vados dydžiu Berkshire kiaulių placentoje. PLoS ONE. 2017;12(9):e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Song X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B ir kt. Transkripto seka atskleidžia genus, susijusius su kadmio sukeltu oksidaciniu stresu vištienos širdyje. Poult Sci. 2021;100(3):100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Vištienos intraepitelinių limfocitų natūralių žudikų ląstelių, užkrėstų labai virulentiniu infekcinės bursalinės ligos virusu, transkripto analizė. Sci Rep. 2020;10(1):18348.

23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Transkripto analizė embriono raumenų vystymosi Chengkou Mountain Chicken. BMC genomika. 2021;22(1):431.

24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Kininių mėsinių galvijų, kurių pašarų efektyvumas skiriasi, apibūdinimas ir dvylikapirštės žarnos transkripto analizė naudojant RNR-Seq. Front Genet. 2021;12:741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S ir kt. Oksidacinio streso poveikis vištienos kiaušidėms: mikrobiotos ir melatonino įsikišimas. Antioksidantai (Bazelis). 2021;10(9):1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Kalcio ir cholekalciferolio lygis vėlyvosiose vištų dedeklės fazėse: poveikis produktyvumui, kiaušinių kokybei, kraujo biochemijai ir imuniniam atsakui. Front Vet Sci. 2020; 7:389.

27. Moreno J, Osorno JL. Paukščių kiaušinių spalva ir seksualinė atranka: ar kiaušinių lukštų pigmentacija atspindi patelės būklę ir genetinę kokybę? Ecol Lett. 2003;6(9):803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporfirinas IX ir oksidacinis stresas. Nemokama Radic Res. 1999;31(3):161–70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Natūralūs antikūnai, intraveninis imunoglobulinas ir jų vaidmuo autoimunitei, vėžiui ir uždegimams. Clin Exp Immunol. 2009; 158 (1 priedas): 43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Ar mėlynųjų zylių Cyanistes caeruleus kiaušinių lukštų dėmėtumas ir spalva rodo sveikatos ir būklės rodiklius? J Avian Biol. 2007;38(3):377–84.

31. Fagarasan S, Honjo T. Žarnyno IgA sintezė: priekinės kūno apsaugos reguliavimas. Nat Rev Immunol. 2003;3(1):63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Dietiniai mielių beta gliukano papildai pagerina kiaušinių lukštų spalvą ir vaisingų kiaušinių perėjimą, taip pat sustiprina selekcininko imunines funkcijas. vištos dedeklės. Int J Biol Macromol. 2020;159:607–21.

33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Su amžiumi susijęs su amžiumi susijęs dedeklių vištų dedeklių imuninės sistemos ir gimdos gleivinės įgimtos imuninės gynybos sistemos moduliavimas. Poult Sci. 2019;98(7):3022–8.

34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Tri-orto-krezilo fosfato poveikis lemia mažą kiaušinių gamybą ir blogą kiaušinių lukštų kokybę, nes sutrinka dedeklių vištų folikulų vystymasis ir lukšto liaukų funkcija. Ecotoxicol Environ Saf. 2021; 225: 112771.

35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M ir kt. SynArfGEF yra Arf6 guanino nukleotidų mainų faktorius ir dažniausiai lokalizuojasi slopinančių sinapsių postsinapsinėse specializacijose. J Neurochem. 2011;116(6):1122–37.

36. Hm, JW. ADP-ribosilinimo faktoriaus guanino nukleotidų mainų faktorių IQSEC šeimos sinapsinės funkcijos. Neurosci Res. 2017;116:54–9.

37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y ir kt. IQ motyvas ir SEC7 domeną turintis baltymas 3 (IQSEC3) sąveikauja su gefirinu, skatindamas slopinančių sinapsių susidarymą. J Biol Chem. 2016;291(19):10119–30.

38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J ir kt. IQSEC3 praradimas sutrikdo GABAerginės sinapsės palaikymą ir sumažina somatostatino ekspresiją hipokampe. Cell Rep. 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB receptor-mediated stimulation of kontraktilumo izoliuoto triušio kiaušintakis. Eur J Pharmacol. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. GABA metabolizmas ir transportavimas: poveikis sinapsiniam efektyvumui. Neuroninis plastikas. 2012; 2012: 805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. High density of specific GABA ribing sites in the human fallopian tube. Neurosci Lett. 1983;42(2):155–60.

42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Didesnė GABA koncentracija kiaušintakyje nei žiurkės smegenyse. J Neurochem. 1982;38(4):1174–6.

43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Lyginamoji kiaušidžių folikulų analizė atskleidžia pagrindinius genus ir signalizacijos kelius, susijusius su vištų kiaušinių gamyba. BMC genomika. 2021;22(1):899.

44. Chen X, Sun X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Kiaušidžių folikulų transkripto analizė atskleidžia galimus pagrindinius genus, susijusius su padidėjusiu ir sumažėjusiu vištienos kiaušinių gamybos greičiu. Front Genet. 2021;12:622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Transkripto profiliavimas identifikuoja skirtingai išreikštus genus Huoyan žąsų kiaušidėse tarp dėjimo laikotarpio ir pasibaigusio laikotarpio. PLoS ONE. 2014;9(11):e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y ir kt. Cirkadinis miR-449c-5p reguliuoja Ca(2+) pernešimą į gimdą vištų kiaušinių lukštų kalcifikacijos metu. BMC genomika. 2021;22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M ir kt. Transkripto analizė atskleidžia skirtingai išreikštus genus, susijusius su dideliu kiaušinių gamybos greičiu vištienos pagumburio hipofizės-kiaušidžių ašyje. Sci Rep. 2020;10(1):5976.

48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. 2 ir 4 tropomodulinų genominė organizacija ir neįprastas tarpgeninis ir intraekzoninis YL-1 ir tropomodulino 4 sujungimas. BMC genomika. 2001; 2:7.

49. Cox PR, Zoghbi HY. Trijų unikalių žmogaus tropomodulino genų ir jų pelių ortologų sekos nustatymas, ekspresijos analizė ir kartografavimas. Genomika. 2000;63(1):97–107.

50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Tropomodulinai: smailaus galo dangtelis baltymai, reguliuojantys aktino gijų architektūrą įvairių tipų ląstelėse. Citoskeletas (Hoboken). 2012;69(6):337–70.

51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Naujos tropomodulino izoformos, skeleto tropomodulino, kuris uždengia smailius aktino gijų galus greituose skeleto raumenyse, identifikavimas. J Biol Chem. 1999;274(40):28466–75.

52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. LncRNAs sekvenavimas ir apibūdinimas Gushi ir Arbor Acres vištų krūties raumenyse. Genomas. 2018;61(5):337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L ir kt. Su vaisiaus svoriu susijusių genų bendros ekspresijos analizė avių skeleto raumenyse vidutinio ir vėlyvojo vaisiaus vystymosi etapuose. Int J Biol Sci. 2014;10(9):1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Transkripto analizė atskleidžia nikotinamido ir natrio butirato molekulinį supratimą apie broilerių mėsos kokybę esant dideliam gyvulių tankumui. BMC genomika. 2020;21(1):412.

55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Integruoti transkripto, proteomų ir QTL duomenis, siekiant atrasti funkciškai svarbius genus ančių kiaušinių lukštų ir baltymų susidarymui. Genomika. 2020;112(5):3687–95.

56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Paukščių kiaušinių lukštų mineralizacija: biocheminis ir funkcinis matricos baltymų apibūdinimas. CR Palevol. 2004;3(6–7):549–62.

57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Ląstelių forma užtikrina visuotinę židinio sukibimo agregato kontrolę. Biochem Biophys Res Commun. 2003;307(2):355–61.

58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Rana chensinensis kiaušialąstės lyginamoji proteominė analizė. Molekulės. 2018;23(6):1384.

59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Kiaušidės transkripto analizė santykinai didesniame ir mažesniame kiaušinėlių produkte Jinghai Yellow Chicken. Anim Reprod Sci. 2019; 208:106114.

60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Transkripto analizė atskleidžia pagrindinius genus ir kelius, susijusius su Nandan-Yao naminių vištų kiaušinių gamyba. Comp Biochem Physiol D dalis Genomika Proteomika. 2021;40:100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Granuliozinių ląstelių apoptozė: MAPK signalizacijos modulių vaidmens apžvalga. „Reprod Domest Anim“. 2003;38(3):209–13.

62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 tarpininkauja estrogenų sukeltas ERK1/2 MAPK ląstelių signalizavimas ir mikroRNR reguliavimas, siekiant paveikti funkcinius paukščių kiaušintakio aspektus. PLoS ONE. 2012;7(11):e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Vanadatų oksidacinį ir apoptotinį poveikį sąlygoja MAPK-Nrf2 kelias sluoksnio kiaušintakio magnum epitelio ląstelėse. Metalomika. 2017;9(11):1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Daug ir mažai kiaušinius gaminančių ančių kiaušidžių lyginamoji transkriptominė analizė. Poult Sci. 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Transkriptominis ir epigenetinis genetinės lytinės tapatybės išsaugojimas estrogenais feminizuotose vištienos embrioninėse lytinėse liaukose. Endokrinologija. 2021;162(1):bqaa208.

66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X ir kt. Viso genomo DNR metilinimo profiliai ir jų ryšiai su mRNR ir mikroRNR transkriptu galvijų raumenų audinyje (Bos taurine). Sci Rep. 2014;4:6546.

67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Integruota vištų, sergančių riebiųjų kepenų hemoraginiu sindromu, metilo ir transkripto analizė. BMC genomika. 2021;22(1):8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M ir kt. Integruota trijų kiaulių veislių metilomo, transkripto ir miRNAome analizė. Epigenomika. 2018;10(5):597–612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Šoninis mąstymas: kaip histono modifikacijos reguliuoja genų ekspresiją. Tendencijos Genet. 2016;32(1):42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Post-transkripcijos genų reguliavimas mRNR modifikacijomis. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017;18(1):31–42.

71. Chakravarti B, Abraham GN. Senėjimas ir T-ląstelių sukeltas imunitetas. Mech Aging Dev. 1999;108(3):183–206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. Senėjimas ir oksidacinis stresas: kai kurių genų, susijusių su senėjimu ir atsaku į oksidacinį stresą, tyrimai. Respir Physiol. 2001;128(3):393–401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Sisteminės DNR pažeidimo atsakai senėjimo ir ligų metu. Semin Cancer Biol. 2016;37–38:26–35.

74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Per didelis glutamato-cisteino ligazės ekspresija pailgina Drosophila melanogaster gyvenimo trukmę. J Biol Chem. 2005;280(45):37331–8.

75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B ir kt. Caveolin-1 null (-/-) pelių gyvenimo trukmė smarkiai sutrumpėja. Biochemija. 2003;42(51):15124–31.

76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH ir kt. Kandidatų genų polimorfizmai sergant cukriniu diabetu, širdies ir kraujagyslių ligomis bei vėžiu korėjiečiams siejami su ilgaamžiškumu. Exp Mol Med. 2009;41(11):772–81.

77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Autosominė dominuojanti įgimta katarakta, susijusi su žmogaus granulių gijų baltymo geno BFSP2 delecijos mutacija. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE ir kt. Jaunatviškai prasidėjęs progresuojantis kataraktos lokusas 3q21-q22 chromosomoje yra susijęs su struktūrinio baltymo su granulėmis struktūrinio baltymo missense mutacija-2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1426–31.

79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Įkalčių surinkimas iš genomo transkripto analizės, siekiant ištirti talidomido sukeliamas anomalijas viščiuko embriono vystymuisi akimis: oksidas ištaiso talidomido sukeltas anomalijas, grąžindamas sistemą atgal į įprastą transkripto modelį. Biochimie. 2016;121:253–67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: itin greitas viskas viename FASTQ pirminis procesorius. Bioinformatika. 2018;34(17):i884–90.

81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Grafiku pagrįstas genomo derinimas ir genotipų nustatymas su HISAT2 ir HISAT genotipu. Nat Biotechnol. 2019;37(8):907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Genome Project Data Processing S. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatika. 2009;25(16):2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: efektyvi bendrosios paskirties programa, skirta genominiams požymiams priskirti sekos skaitymus. Bioinformatika. 2014;30(7):923–30.

84. Love MI, Huber W, Anders S. Vidutinis kartos pokyčio ir dispersijos įvertinimas RNR-seq duomenims naudojant DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550.

85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES ir kt. Genų rinkinio praturtinimo analizė: žiniomis pagrįstas metodas interpretuoti genomo masto ekspresijos profilius. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.

86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: lankstus lygintuvas ir metilinimo skambutis, skirtas Bisulfte-Seq programoms. Bioinformatika. 2011;27(11):1571–2.

87. Jones PA. DNR metilinimo funkcijos: salos, pradžios vietos, genų kūnai ir ne tik. Nat Rev Genet. 2012;13(7):484–92.

88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: išsamus R paketas, skirtas viso genomo DNR metilinimo procesų analizei. Genome Biol. 2012;13(10):R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. „Metascape“ yra į biologą orientuotas šaltinis sistemos lygio duomenų rinkiniams analizuoti. Nat Commun. 2019;10(1):1523.